RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G456370
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 116188582-116190327 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

558 bp · TkA02G456370|TK1151|cDNA

ATGTATTTTGATTTTGTTAGGTTACTTCATTTGGAGCCACATTGCGCGAAGCACCGTAAGTCTTCGATTGTAGAATCAAAAGATGTGTTGCTACACTTAGGGCTTATTAAAGACTTGGAGGATGAACCTGAAGATGAGCTTGATGAGGAGGATTTTAATGAGGAACAAATTTGGTTTGTCGCAATTACAAAATCAAGATGGAGATGTGGCTGGAGAAGAGGATCCAACAACACCACTAAGAAGATTTTTCAGCTTCTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

558 bp · TkA02G456370|TK1151|CDS

ATGTATTTTGATTTTGTTAGGTTACTTCATTTGGAGCCACATTGCGCGAAGCACCGTAAGTCTTCGATTGTAGAATCAAAAGATGTGTTGCTACACTTAGGGCTTATTAAAGACTTGGAGGATGAACCTGAAGATGAGCTTGATGAGGAGGATTTTAATGAGGAACAAATTTGGTTTGTCGCAATTACAAAATCAAGATGGAGATGTGGCTGGAGAAGAGGATCCAACAACACCACTAAGAAGATTTTTCAGCTTCTGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

185 aa · TkA02G456370|TK1151|PROTEIN

MYFDFVRLLHLEPHCAKHRKSSIVESKDVLLHLGLIKDLEDEPEDELDEEDFNEEQIWFVAITKSRWRCGWRRGSNNTTKKIFQLLNQTIEVLSYVPAPELALRLYLQYAEYSAKLLKKPDQCRAVYACSHLFWVDDQDEIKDGERYLYYFEKGNPQITSGAIQGPIELIKTEMQSDTATPIKTS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G456370
TK1151 IDTkA02G456370
OH-1004 IDLXL04_024679
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)34.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 77.838 / OH-1004 37.168
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G456370
位置Chr02:116188582-116190327 (-)
描述Similar to VPS35B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g75850 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
At3g51310 在囊泡蛋白分选中发挥作用。 暂无已核实直接文献
At2g17790 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Loss-of-function mutations of retromer large subunit genes suppress the phenotype of an Arabidopsis zig mutant that lacks Qb-SNARE VTI11.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.069294

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006624 vacuolar protein processing 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0007040 lysosome organization 生物过程
GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程
GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程
GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程
GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0032463 negative regulation of protein homooligomerization 生物过程
GO:0036010 protein localization to endosome 生物过程
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G75850
ath:AT2G17790
ath:AT3G51310
bta:521864
mmu:65114
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.523
排名 1 · TkA02G456370 · TK1151
细胞质0.400
排名 2 · TkA02G456370 · TK1151
线粒体0.081
排名 3 · TkA02G456370 · TK1151
内质网0.061
排名 4 · TkA02G456370 · TK1151
细胞膜0.052
排名 5 · TkA02G456370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03847TFIID_20kDa14-33 aa
PF03635Vps3572-111 aa
PF25223DUF784178-151 aa
PF03635Vps35109-147 aa
PF03635Vps35145-172 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G456370PF03847TFIID_20kDa14330.0005121.1
TkA02G456370PF03635Vps35721113.4e-1866.3
TkA02G456370PF25223DUF7841781510.2112.5
TkA02G456370PF03635Vps351091473.4e-1866.3
TkA02G456370PF03635Vps351451723.4e-1866.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4I0P8拟南芥sp|F4I0P8|VP35B_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35B39.800%Swiss-Prot中等置信
A8R7K9拟南芥sp|A8R7K9|VP35C_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35C31.700%Swiss-Prot中等置信
Q7X659拟南芥sp|Q7X659|VP35A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35A43.400%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看