TkA02G444650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G444650

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 112974009-112983149 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6888 bp · TkA02G444650|TK1151|cDNA

AAACATCTATATTAGCAATCAGTTGCAATCAATAAGTATCATAGCGTTTATAGAATCTTTATTTTCATGAAGGGTAAAAAAAGCTAAAGGAAAAGCAAAACGCAGGCTGCAAATATAAAAAGATAGGAAATGCAGCAGGCAGAAAGCAGTTGATATGATCATGAGAAGAAGGGAAAGGCCGCTCTTTCTCTTTCTGTAGACATGGAAGTCGAAGGAGGAAAACATGAATAAAGGGAAGTCTTTGTGGAGAGAGAGAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

6036 bp · TkA02G444650|TK1151|CDS

ATGAAACATTTGGATCAAAAAATGAAGAATAATAACGAATCGTCAACTAGTGATGTCATAAATGGAAATTGGGTTTTGAAACGTAAGCGGAAAAAGACGTCTTTTGGTCAAGTCAAAGTCAACTCAAATGGAAACAAACAAGATTCTACACCATCAGAGTCTCATACAAGTACATCCTCTAAATGCAAGATTGAAAAAGAGAATTCTTCCGATAGATCCCCTTCCAAAAAGAAAGGAAATGATGGGTCCTACTTTGAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2011 aa · TkA02G444650|TK1151|PROTEIN

MKHLDQKMKNNNESSTSDVINGNWVLKRKRKKTSFGQVKVNSNGNKQDSTPSESHTSTSSKCKIEKENSSDRSPSKKKGNDGSYFECVICDVGGDLLCCDGCPKTYHIGCLDPPLKKIPNGKWRCPNCCSETNSVEVVEKPETTSKRARTKVTSGKSKSKSKTSKTDKVSRILRSTGVKKKSSSKSKSSSLGPKVDISAIDGSLENSSSLLDIQKEKETDLELEETKPTSPEKDIKNEEKPKRKRERDRSKVKKDAHVSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G444650`
TK1151 ID	TkA02G444650
OH-1004 ID	LXL04_014255
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G444650

位置 Chr02:112974009-112983149 (-)

描述 Similar to CHR4: Protein CHROMATIN REMODELING 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44800`	染色质重塑蛋白，通过组蛋白结合DNA并调控基因转录。	暂无已核实直接文献
`At2g25170`	染色质重塑因子，在种子萌发期间及萌发后抑制胚性状基因（如 NFYB9/LEC1）的表达，从而实现向萌发后生长的发育转换。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014255 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009992 intracellular water homeostasis 生物过程

GO:0035092 sperm DNA condensation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25170

ath:AT5G44800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.978

排名 1 · TkA02G444650 · TK1151

细胞质0.066

排名 2 · TkA02G444650 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA02G444650 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA02G444650 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA02G444650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628PHD87-128 aa

PF23011PHD-1st_NSD87-128 aa

PF23004PHDvar_NSD89-122 aa

PF11496HDA2-3145-191 aa

PF00385Chromo473-532 aa

PF23615Chromo_MIT1473-515 aa

PF00385Chromo548-600 aa

PF23615Chromo_MIT1562-585 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G444650	`PF00628`	PHD	87	128	1.5e-09	38.5
TkA02G444650	`PF23011`	PHD-1st_NSD	87	128	0.0055	17.5
TkA02G444650	`PF23004`	PHDvar_NSD	89	122	1.3	9.7
TkA02G444650	`PF11496`	HDA2-3	145	191	6.4e-12	45.9
TkA02G444650	`PF00385`	Chromo	473	532	2.2e-17	63.5
TkA02G444650	`PF23615`	Chromo_MIT1	473	515	0.002	19.3
TkA02G444650	`PF00385`	Chromo	548	600	2.2e-17	63.5
TkA02G444650	`PF23615`	Chromo_MIT1	562	585	0.002	19.3
TkA02G444650	`PF04851`	ResIII	639	811	4.8e-10	40.3
TkA02G444650	`PF00270`	DEAD	642	812	2.3e-05	24.9
TkA02G444650	`PF00176`	SNF2-rel_dom	643	932	4.9e-77	259.6
TkA02G444650	`PF13401`	AAA_22	666	811	0.28	12.2
TkA02G444650	`PF11496`	HDA2-3	880	1096	6.4e-12	45.9
TkA02G444650	`PF00271`	Helicase_C	956	1070	8.2e-24	84.7
TkA02G444650	`PF06465`	DUF1087	1243	1295	3.4e-07	31.0
TkA02G444650	`PF00385`	Chromo	1267	1277	2.2e-17	63.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KBP5`	拟南芥	sp\|F4KBP5\|CHR4_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 4	47.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S775`	拟南芥	sp\|Q9S775\|PKL_ARATH CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE	39.700%	Swiss-Prot	低置信

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