RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G424520
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 107826342-107828177 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

651 bp · TkA02G424520|TK1151|cDNA

TTACAATTCAACTTAAACAGGTACACAGATACGTTATTCTTATCTGACAGAGAAGTAAACAGAATTACTATATTTGTGAATAATGATGTATTTAAAGGTGAAGAACAGAAGCCTGTTTCCACCAGCAATGTGACGACAGCCTTGTCCGGAAACTATGAACTGAGGCAAAAATCGAAAGATGAGAATGGTGAATTTGAGACATTAGAAGTTACTGGTTATGACTACTTTGTGAATTACTGCAAGATTGATCTCCGATATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · TkA02G424520|TK1151|CDS

TTACAATTCAACTTAAACAGGTACACAGATACGTTATTCTTATCTGACAGAGAAGTAAACAGAATTACTATATTTGTGAATAATGATGTATTTAAAGGTGAAGAACAGAAGCCTGTTTCCACCAGCAATGTGACGACAGCCTTGTCCGGAAACTATGAACTGAGGCAAAAATCGAAAGATGAGAATGGTGAATTTGAGACATTAGAAGTTACTGGTTATGACTACTTTGTGAATTACTGCAAGATTGATCTCCGATATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

216 aa · TkA02G424520|TK1151|PROTEIN

LQFNLNRYTDTLFLSDREVNRITIFVNNDVFKGEEQKPVSTSNVTTALSGNYELRQKSKDENGEFETLEVTGYDYFVNYCKIDLRYSVCSLVSLQRYTKALNTMQRASLVEKSRQKPQERMRVLTDALKLNNYDAEPLLKSCGISINSGFTQVEGCVLPAPRLKVGYSCMCTPYFGENLEDHAQVNDVLAEMGTYFQMQVNIMIDDYLDCFGAPDS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G424520
TK1151 IDTkA02G424520
OH-1004 IDLXL04_008230
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)76.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 78.241 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G424520
位置Chr02:107826342-107828177 (-)
描述Similar to FDS-2: Farnesyl diphosphate synthase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g27040 与 RDM3 一起，是通过 DNA 甲基化和几个染色质位点的抑制性组蛋白修饰 实现转录基因沉默 所必需的。
ARGONAUTE4 control of locus-specific siRNA accumulation and DNA and histone methylation.2003 · DOI: 10.1126/science.1079695
Role of Arabidopsis ARGONAUTE4 in RNA-directed DNA methylation triggered by inverted repeats.2004 · DOI: 10.1016/j.cub.2004.06.055
The Arabidopsis chromatin-modifying nuclear siRNA pathway involves a nucleolar RNA processing center.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.05.031
An ARGONAUTE4-containing nuclear processing center colocalized with Cajal bodies in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.05.032
Distinct catalytic and non-catalytic roles of ARGONAUTE4 in RNA-directed DNA methylation.2006 · DOI: 10.1038/nature05198
Reiterated WG/GW motifs form functionally and evolutionarily conserved ARGONAUTE-binding platforms in RNAi-related components.2007 · DOI: 10.1101/gad.451207
ARGONAUTE4 is required for resistance to Pseudomonas syringae in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054494
Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.02.034
Viral genome methylation as an epigenetic defense against geminiviruses.2008 · DOI: 10.1128/jvi.00719-08
RNA polymerase V transcription guides ARGONAUTE4 to chromatin.2009 · DOI: 10.1038/ng.365
The Arabidopsis RNA-directed DNA methylation argonautes functionally diverge based on their expression and interaction with target loci.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.072199
Independent chromatin binding of ARGONAUTE4 and SPT5L/KTF1 mediates transcriptional gene silencing.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002120
At5g21030 参与 RNA 介导的转录后基因沉默 (PTGS)。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0275600 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os04g0151800 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os07g0265600 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008230 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程
GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0000791 euchromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27040
ath:AT5G21030
dosa:Os01g0275600
dosa:Os04g0151800
dosa:Os07g0265600
osa:4324438
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.452
排名 1 · TkA02G424520 · TK1151
细胞质0.439
排名 2 · TkA02G424520 · TK1151
线粒体0.119
排名 3 · TkA02G424520 · TK1151
细胞膜0.070
排名 4 · TkA02G424520 · TK1151
内质网0.058
排名 5 · TkA02G424520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02170PAZ61-87 aa
PF05197TRIC75-112 aa
PF00348polyprenyl_synt85-111 aa
PF02170PAZ88-109 aa
PF16488ArgoL2119-164 aa
PF00348polyprenyl_synt169-215 aa
PF09628YvfG171-208 aa
PF02170PAZ194-206 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G424520PF02170PAZ61870.1213.1
TkA02G424520PF05197TRIC751120.04514.0
TkA02G424520PF00348polyprenyl_synt851110.0005320.0
TkA02G424520PF02170PAZ881090.1213.1
TkA02G424520PF16488ArgoL21191641.8e-1144.8
TkA02G424520PF00348polyprenyl_synt1692150.0005320.0
TkA02G424520PF09628YvfG1712080.1113.6
TkA02G424520PF02170PAZ1942060.1213.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZVD5拟南芥sp|Q9ZVD5|AGO4_ARATH Protein argonaute 447.600%Swiss-Prot中等置信
Q3E984拟南芥sp|Q3E984|AGO8_ARATH Protein argonaute 846.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SDG8水稻sp|Q9SDG8|AGO4A_ORYSJ Protein argonaute 4A55.600%Swiss-Prot中等置信
Q0JF58水稻sp|Q0JF58|AGO4B_ORYSJ Protein argonaute 4B53.300%Swiss-Prot中等置信
Q6YSJ5水稻sp|Q6YSJ5|AGO16_ORYSJ Protein argonaute 1648.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看