TkA02G406410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G406410

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103333516-103333971 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

456 bp · TkA02G406410|TK1151|cDNA

ATGAAAAAAGTGATCCCTGCAAATGGAAAAATCTCAAAAGACGCTAAAGAGACGGTCCAAGAATGTGTCTCAGAATTCATTAGCTTCATCACCGGAGAAGCCTCAGATAAATGCCAACAAGAGAAACGAAAGACGATCAACGGTGATGACATAATTTGGGCGATCACAACGTTAGGGTTTGATGAATACGTGGACCCGCTCCAAAAATATCATAGCAAGTATAAGGAATCAGATGAAAATAAGGGTAATAATCATGGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

456 bp · TkA02G406410|TK1151|CDS

ATGAAAAAAGTGATCCCTGCAAATGGAAAAATCTCAAAAGACGCTAAAGAGACGGTCCAAGAATGTGTCTCAGAATTCATTAGCTTCATCACCGGAGAAGCCTCAGATAAATGCCAACAAGAGAAACGAAAGACGATCAACGGTGATGACATAATTTGGGCGATCACAACGTTAGGGTTTGATGAATACGTGGACCCGCTCCAAAAATATCATAGCAAGTATAAGGAATCAGATGAAAATAAGGGTAATAATCATGGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

151 aa · TkA02G406410|TK1151|PROTEIN

MKKVIPANGKISKDAKETVQECVSEFISFITGEASDKCQQEKRKTINGDDIIWAITTLGFDEYVDPLQKYHSKYKESDENKGNNHGPKQQQQQQHQQQQHNTTNNLPYENVYSSSSAASILSQSYGLPFSPGSIQTQIHPQESINSAGGHW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G406410`
TK1151 ID	TkA02G406410
OH-1004 ID	LXL04_033537
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.013 / OH-1004 77.949 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G406410

位置 Chr02:103333516-103333971 (-)

描述 Similar to NFYB7: Nuclear transcription factor Y subunit B-7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g13570`	NF-Y/HAP 转录因子复合物的组分（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g14540`	NF-Y/HAP 转录因子复合物的组分（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0413000`	NF-Y/HAP转录因子复合物的组成部分。	暂无已核实直接文献
`Os05g0573500`	NF-Y/HAP转录因子复合物的组成部分。	OsHAP3 genes regulate chloroplast biogenesis in rice.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01897.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033537 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048574 long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016602 CCAAT-binding factor complex 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G13570

ath:AT4G14540

ath:AT5G47640

osa:9268669

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.943

排名 1 · TkA02G406410 · TK1151

细胞质0.235

排名 2 · TkA02G406410 · TK1151

线粒体0.016

排名 3 · TkA02G406410 · TK1151

细胞膜0.014

排名 4 · TkA02G406410 · TK1151

溶酶体／液泡0.009

排名 5 · TkA02G406410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00808CBFD_NFYB_HMF1-55 aa

PF00125Histone2-55 aa

PF15165REC114-like13-92 aa

PF07524Bromo_TP14-61 aa

PF02269TFIID-18kDa15-55 aa

PF28395RglB_N41-95 aa

PF19558DUF608051-103 aa

PF00125Histone89-102 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G406410	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	1	55	4.1e-21	75.7
TkA02G406410	`PF00125`	Histone	2	55	6.5e-05	24.0
TkA02G406410	`PF15165`	REC114-like	13	92	3.4	8.1
TkA02G406410	`PF07524`	Bromo_TP	14	61	0.098	13.4
TkA02G406410	`PF02269`	TFIID-18kDa	15	55	0.22	12.3
TkA02G406410	`PF28395`	RglB_N	41	95	0.096	13.7
TkA02G406410	`PF19558`	DUF6080	51	103	0.24	10.7
TkA02G406410	`PF00125`	Histone	89	102	6.5e-05	24.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIT9`	拟南芥	sp\|Q9SIT9\|NFYB7_ARATH Nuclear transcription factor Y subunit B-7	78.300%	Swiss-Prot	中等置信
`O23310`	拟南芥	sp\|O23310\|NFYB3_ARATH Nuclear transcription factor Y subunit B-3	80.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q75IZ7`	水稻	sp\|Q75IZ7\|NFYB8_ORYSJ Nuclear transcription factor Y subunit B-8	80.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q60EQ4`	水稻	sp\|Q60EQ4\|NFYB3_ORYSJ Nuclear transcription factor Y subunit B-3	77.600%	Swiss-Prot	中等置信

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