TkA02G397300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G397300

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 100910463-100913929 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2299 bp · TkA02G397300|TK1151|cDNA

CAAAAACCAAAATCCCGCGAAACCATAAATTAGTTTTCCGCTTCCCCCAATCCCCGACTTTCGCGTACCAAATTAAGAGCCCTTCAGTAGAAAACTCAATCCATCTCCTCTTCCGTTCTACTTGGTGAATTTCAGAGAGACAAATCGAAGGAAGCGGGAATGAGAGTGTGTATGTGTGTGTTTATAAGTTAATGACTGATATTCATCATTACGTATACGAAGCATTCATCAGTGGTATCATGGAATACGATGGTCCTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1902 bp · TkA02G397300|TK1151|CDS

ATGACTGATATTCATCATTACGTATACGAAGCATTCATCAGTGGTATCATGGAATACGATGGTCCTGACGGAGTCATTGAAATTGAAGACCAGGACGACGAAGAGTATGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAAAGTGATGATGATGGTGATTCCGAAGAGGAGGAGTTGATTCCGCCGGTTGTGCCGTCACCTAGGGTTTCAAATGTGGTTTCGCGGTCTGGCAATTCGCAGGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

633 aa · TkA02G397300|TK1151|PROTEIN

MTDIHHYVYEAFISGIMEYDGPDGVIEIEDQDDEEYEEEEEEEEEEEEEEEESDDDGDSEEEELIPPVVPSPRVSNVVSRSGNSQEAAVLHDDLVDESSRKKLCKGNSGSQENGTDDGDVEKFNGGEIDGLFCPICIEAWTSGGKHQICCLPCGHIYGLSCIKKWLRQRQSSGKCPQCNRKCTLKDIRVLYASRLCVVDAELEKQVRSLEAECASLRKENADCCKKQVEAQTRETNLHYKIKQLTEKEKYLERLLEDKQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G397300`
TK1151 ID	TkA02G397300
OH-1004 ID	LXL04_014780
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	89.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.684 / OH-1004 23.185 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G397300`
位置	Chr02:100910463-100913929 (-)
描述	Similar to Transposon TX1 uncharacterized 149 kDa protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014780` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031297 replication fork processing 生物过程 GO:0031571 mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling 生物过程 GO:0032197 retrotransposition 生物过程 GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程 GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程 GO:2000001 regulation of DNA damage checkpoint 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:55159 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.849

排名 1 · TkA02G397300 · TK1151

细胞质0.216

排名 2 · TkA02G397300 · TK1151

细胞膜0.034

排名 3 · TkA02G397300 · TK1151

线粒体0.024

排名 4 · TkA02G397300 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA02G397300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15227zf-C3HC4_4132-141 aa

PF11793FANCL_C132-185 aa

PF13639zf-RING_2133-179 aa

PF13445zf-RING_UBOX133-176 aa

PF12861zf-ANAPC11133-185 aa

PF00097zf-C3HC4133-178 aa

PF13923zf-C3HC4_2133-178 aa

PF14634zf-RING_5133-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G397300	`PF15227`	zf-C3HC4_4	132	141	0.026	15.3
TkA02G397300	`PF11793`	FANCL_C	132	185	9.8	7.3
TkA02G397300	`PF13639`	zf-RING_2	133	179	3.8e-08	34.2
TkA02G397300	`PF13445`	zf-RING_UBOX	133	176	5.3e-05	23.8
TkA02G397300	`PF12861`	zf-ANAPC11	133	185	0.00029	21.5
TkA02G397300	`PF00097`	zf-C3HC4	133	178	0.00036	21.1
TkA02G397300	`PF13923`	zf-C3HC4_2	133	178	0.0063	17.0
TkA02G397300	`PF14634`	zf-RING_5	133	180	0.027	15.1
TkA02G397300	`PF23555`	zf-RING_Vps41	133	178	0.57	10.6
TkA02G397300	`PF17123`	zf-RING_11	133	162	4.9	7.7
TkA02G397300	`PF12678`	zf-rbx1	136	179	0.0038	18.2
TkA02G397300	`PF15227`	zf-C3HC4_4	149	178	0.026	15.3
TkA02G397300	`PF29252`	LRR_NLRC4	179	264	1.5	8.6
TkA02G397300	`PF25566`	RIMB1_N	199	270	0.0021	18.6
TkA02G397300	`PF29997`	SPC25_N	201	286	0.0024	18.9
TkA02G397300	`PF17060`	MPS2	203	268	0.36	10.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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