RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G380650
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 96765663-96772121 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

512 bp · TkA02G380650|TK1151|cDNA

TACACATTGAGTCGACTCAGTTGAGTCGGGGGAAGGGAAGAAACTAGGGACGTAGTTGTCATTTTCCTTAGACCTACCGCAGCTTTAAGTAGGAGAGAGAGATTGTGGGGGAATTTACTAAGAAAGAGGAAAAGATAAAAACAACTGTTTGAGCTGCCATAATGGTGAGGAAGAAGAGGACTGAAACTTCAGGGGAGGGCTCTCAGCCTCAGGAGTTTGCTTCTGGACAAGGTAGTGGTGCTCAAAGGCCGCCACCTCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3264 bp · TkA02G380650|TK1151|CDS

ATGGTGAGGAAGAAGAGGACTGAAACTTCAGGGGAGGGCTCTCAGCCTCAGGAGTTTGCTTCTGGACAAGGTAGTGGTGCTCAAAGGCCGCCACCTCAGCAACAACAGCAGGGTGGTGGTGGTGGTTACCAGGGAAGAGGACAGGGTGGTTATCAAGGCAGAGGGCAGGGTGGTGGTTATCAAGGAGGACAAGGACAAGGCGGTGGTTACCAAGGTGGTTACCAAGGCGGACCACCTCAAGGTGGTGGTGGTTACCAAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1087 aa · TkA02G380650|TK1151|PROTEIN

MVRKKRTETSGEGSQPQEFASGQGSGAQRPPPQQQQQGGGGGYQGRGQGGYQGRGQGGGYQGGQGQGGGYQGGYQGGPPQGGGGYQGGQQPQGGRGWVQRGGPPPQRGGPPQQYYGGPPDQGQQQRPPRGTAPPQRRGGPSRPSVPELYQATQTPQQPVATLQPTPHADVHHGESSSMSSTDQMADESAAQFQQLSVQQEEPLPIQAPPASSKSMRFPQRPGKGSTGIRCIVKANHFFAELPDKDLHQYDVTITPEVTSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G380650
TK1151 IDTkA02G380650
OH-1004 IDLXL04_014961
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G380650
位置Chr02:96765663-96772121 (+)
描述Similar to AGO1B: Protein argonaute 1B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g48410 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Arabidopsis ARGONAUTE1 is an RNA Slicer that selectively recruits microRNAs and short interfering RNAs.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0505461102
Cucumber mosaic virus-encoded 2b suppressor inhibits Arabidopsis Argonaute1 cleavage activity to counter plant defense.2006 · DOI: 10.1101/gad.1495506
Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.02.034
Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105
Redundant and specific roles of the ARGONAUTE proteins AGO1 and ZLL in development and small RNA-directed gene silencing.2009 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000646
The Arabidopsis thaliana double-stranded RNA binding protein DRB1 directs guide strand selection from microRNA duplexes.2009 · DOI: 10.1261/rna.1646909
Unique functionality of 22-nt miRNAs in triggering RDR6-dependent siRNA biogenesis from target transcripts in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1038/nsmb.1866
AGO1 defines a novel locus of Arabidopsis controlling leaf development.1998 · DOI: 10.1093/emboj/17.1.170

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0566500 参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。 暂无已核实直接文献
Os02g0672200 参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。 暂无已核实直接文献
Os02g0831600 参与 RNA 沉默通路，特别是在抗病毒反应期间。 暂无已核实直接文献
Os06g0729300 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程
GO:0009955 adaxial/abaxial pattern specification 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010589 leaf proximal/distal pattern formation 生物过程
GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G48410
dosa:Os02g0672200
dosa:Os02g0831600
dosa:Os06g0729300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.725
排名 1 · TkA02G380650 · TK1151
细胞核0.381
排名 2 · TkA02G380650 · TK1151
细胞膜0.079
排名 3 · TkA02G380650 · TK1151
内质网0.065
排名 4 · TkA02G380650 · TK1151
线粒体0.057
排名 5 · TkA02G380650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12764Gly-rich_Ago150-82 aa
PF12764Gly-rich_Ago196-201 aa
PF16486ArgoN230-363 aa
PF08699ArgoL1373-423 aa
PF02170PAZ429-555 aa
PF16488ArgoL2565-611 aa
PF16487ArgoMid622-696 aa
PF02171Piwi716-1035 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G380650PF12764Gly-rich_Ago150821.6e-0732.7
TkA02G380650PF12764Gly-rich_Ago1962011.6e-0732.7
TkA02G380650PF16486ArgoN2303634.7e-37128.3
TkA02G380650PF08699ArgoL13734235e-2278.0
TkA02G380650PF02170PAZ4295554.8e-30104.8
TkA02G380650PF16488ArgoL25656111.3e-1661.3
TkA02G380650PF16487ArgoMid6226964.6e-1246.7
TkA02G380650PF02171Piwi71610351.7e-115386.2
TkA02G380650PF12764Gly-rich_Ago17738131.6e-0732.7
TkA02G380650PF12764Gly-rich_Ago1105210761.6e-0732.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04379拟南芥sp|O04379|AGO1_ARATH Protein argonaute 181.200%Swiss-Prot高置信
Q7XSA2水稻sp|Q7XSA2|AGO1B_ORYSJ Protein argonaute 1B79.800%Swiss-Prot高置信
Q6EU14水稻sp|Q6EU14|AGO1A_ORYSJ Protein argonaute 1A79.300%Swiss-Prot高置信
Q6K972水稻sp|Q6K972|AGO1C_ORYSJ Protein argonaute 1C80.100%Swiss-Prot高置信
Q5Z5B2水稻sp|Q5Z5B2|AGO1D_ORYSJ Protein argonaute 1D75.900%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看