TkA02G378240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G378240

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 96181880-96185390 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2876 bp · TkA02G378240|TK1151|cDNA

CACAATCTCCACAAATTTCTCCATCTAAAATGCTTTGTCAACGCCATGGCACTCATTTCCTCTCCTGATCTTTCATTTTGTTAGACTCTTATACGCTTTGGTGCATTACGGGTCCTTCAAGTCCCCCTGTTCGGAGCCTGGAGGACCCTATTCATCCTCCTTTCTTTCATCTCCTCGTTTTTCAGGAAACACGTTGCCATTTTTACATTTTTTTCTTTGACAATCTGTGGCCTCTATGTGTCTCCCTGTAATTGAGACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2121 bp · TkA02G378240|TK1151|CDS

ATGAATTGTTTGCCGTGCCTTAGAAAGAAGAAACCCGATGGAAAGAAGAAAACCGATGGAAAGAAGGAAGATAAGAAGGAAGATGGGGAGTTGCCTGTGGCACAACCTAAAGTCAATCCCCTATCAAAACAACCTACCCTATCAAAAGTACCTACTGTGAAAATCACCGGTTCAAACAAAAAGTATGATTCATACAAACAAAACAATTTAAGCAAACAAGACAATTTAAACAAACAAGAGCAAATTGTTGACATTGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

706 aa · TkA02G378240|TK1151|PROTEIN

MNCLPCLRKKKPDGKKKTDGKKEDKKEDGELPVAQPKVNPLSKQPTLSKVPTVKITGSNKKYDSYKQNNLSKQDNLNKQEQIVDIDDGVAGGSTTVAVPVVTPTPYQPPEDPTGTYRFHELTAATKNFNKECLLGESAFGKVYKGTLPDGKIVAVKQLDKNGFKANKEFLEEAGKLSEFQHPNLVDLIGYCGEGDQRLLVYEYMPNGSLKDNLFGYTPSDWITRMKAASGAAQAIQYLHEKVNPPVLCRNLKCTNILFDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G378240`
TK1151 ID	TkA02G378240
OH-1004 ID	LXL04_015002
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G378240

位置 Chr02:96181880-96185390 (-)

描述 Similar to PBL26: Probable serine/threonine-protein kinase PBL26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16500`	参与花粉管引导进入珠孔。	暂无已核实直接文献
`At3g07070`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At3g02810`	参与花粉管引导进入珠孔。	暂无已核实直接文献
`At4g13190`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At5g02800`	参与正向调控油菜素甾醇（BR）信号转导和植物生长的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015002 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02810

ath:AT3G07070

ath:AT4G13190

ath:AT5G02800

ath:AT5G16500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.614

排名 1 · TkA02G378240 · TK1151

细胞质0.277

排名 2 · TkA02G378240 · TK1151

细胞核0.182

排名 3 · TkA02G378240 · TK1151

内质网0.053

排名 4 · TkA02G378240 · TK1151

高尔基体0.040

排名 5 · TkA02G378240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05887Trypan_PARP22-36 aa

PF12927DUF383561-87 aa

PF00069Pkinase129-392 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr132-393 aa

PF05887Trypan_PARP434-497 aa

PF05887Trypan_PARP484-529 aa

PF05887Trypan_PARP504-558 aa

PF05887Trypan_PARP538-568 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G378240	`PF05887`	Trypan_PARP	22	36	0.0014	19.3
TkA02G378240	`PF12927`	DUF3835	61	87	0.11	14.1
TkA02G378240	`PF00069`	Pkinase	129	392	1.7e-34	120.2
TkA02G378240	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	132	393	6.3e-37	128.0
TkA02G378240	`PF05887`	Trypan_PARP	434	497	0.0014	19.3
TkA02G378240	`PF05887`	Trypan_PARP	484	529	0.0014	19.3
TkA02G378240	`PF05887`	Trypan_PARP	504	558	0.0014	19.3
TkA02G378240	`PF05887`	Trypan_PARP	538	568	0.0014	19.3
TkA02G378240	`PF05887`	Trypan_PARP	635	675	0.0014	19.3
TkA02G378240	`PF12927`	DUF3835	645	684	0.11	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PDW3`	拟南芥	sp\|Q1PDW3\|LIPG1_ARATH Receptor-like kinase LIP1	57.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SFT7`	拟南芥	sp\|Q9SFT7\|PBL26_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL26	59.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M8S2`	拟南芥	sp\|Q9M8S2\|LIPG2_ARATH Receptor-like kinase LIP2	58.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q1PE89`	拟南芥	sp\|Q1PE89\|PBL24_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL24	57.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q0WRY5`	拟南芥	sp\|Q0WRY5\|PBL7_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL7	54.200%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情