TkA02G373130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G373130

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 94953661-94956931 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2259 bp · TkA02G373130|TK1151|cDNA

TTTATGCTGATAGATGTGGTCGAATAATTATTTTGTTGTTCACATTTTCATTATTAGTTTTGCAAGCCCCCTTACACGACCGATAGACCTTCTCTATTTTCTGTGTGTTTGACCACCCAAAGATCTTCTGGATTCTAGTAATTTGCTTATCCTTTCCTATTTCTATTTTGACATATAAAGAGGGGTCCATCATTGTTCCAATCACAAAAAAATCGATCTGGAGAGTTATTAATTGATCAACAATTGCTTTGAACTTGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1332 bp · TkA02G373130|TK1151|CDS

ATGGGGTCCTGCTTTTCTGCAGAAAGCAGGAGCCCTCTCCCAAATTCTCCGACTCCAAATCTCGGCATCAAAAAGAAAAAAAATTCAAAAAAAAGGCCACCTGGATCACGAAGCTCTTCCTTCGATCACAGAAGGGAAGAACAACTCCATAGAATTACAGGCCGAATGTTCTTAAATGGTTCAAGTGAAGTTGCTTCTCTCTTTACTCAACAAGGCAAGAAAGGAACCAATCAAGACGCCATGATCGTTTGGGAGAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

443 aa · TkA02G373130|TK1151|PROTEIN

MGSCFSAESRSPLPNSPTPNLGIKKKKNSKKRPPGSRSSSFDHRREEQLHRITGRMFLNGSSEVASLFTQQGKKGTNQDAMIVWENFGSRTDTVFCGVFDGHGPLGHMVAKRVRDSLPLKLSAHWEVNLKDSNDVLKEIMGSFNSEGTSINSNNFEETDKNPEIFQTLKESFLKAYKVMDRELNMYANVDCFCSGTTAVTLIKQGQHLIIGNIGDSRAVLCTREKDNSRVAVQLTVDLKPSLPAEAERIRKCKGRVFALR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G373130`
TK1151 ID	TkA02G373130
OH-1004 ID	LXL04_037219
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.682 / OH-1004 87.526 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G373130

位置 Chr02:94953661-94956931 (+)

描述 Similar to At1g16220: Probable protein phosphatase 2C 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02750`	可能的蛋白磷酸酶2C 33。	暂无已核实直接文献
`At5g36250`	作为蛋白磷酸酶。	暂无已核实直接文献
`At1g16220`	可能的蛋白磷酸酶 2C 6。	暂无已核实直接文献
`At1g79630`	可能的蛋白磷酸酶2C 18。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0500300`	可能的蛋白质磷酸酶2C 66。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037219 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1902531 regulation of intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16220

ath:AT1G79630

ath:AT3G02750

dosa:Os02g0471500

dosa:Os08g0500300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.414

排名 1 · TkA02G373130 · TK1151

细胞核0.340

排名 2 · TkA02G373130 · TK1151

细胞膜0.280

排名 3 · TkA02G373130 · TK1151

高尔基体0.079

排名 4 · TkA02G373130 · TK1151

内质网0.078

排名 5 · TkA02G373130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481PP2C77-350 aa

PF27325MJ0538119-168 aa

PF26445DUF8124160-182 aa

PF13672PP2C_2191-328 aa

PF26445DUF8124304-338 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G373130	`PF00481`	PP2C	77	350	6.7e-44	151.2
TkA02G373130	`PF27325`	MJ0538	119	168	0.09	12.7
TkA02G373130	`PF26445`	DUF8124	160	182	0.12	12.9
TkA02G373130	`PF13672`	PP2C_2	191	328	0.008	16.5
TkA02G373130	`PF26445`	DUF8124	304	338	0.12	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8R7`	拟南芥	sp\|Q9M8R7\|P2C33_ARATH Probable protein phosphatase 2C 33	60.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FG61`	拟南芥	sp\|Q9FG61\|P2C74_ARATH Probable protein phosphatase 2C 74	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SA22`	拟南芥	sp\|Q9SA22\|P2C06_ARATH Probable protein phosphatase 2C 6	51.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RXZ4`	拟南芥	sp\|Q8RXZ4\|P2C18_ARATH Probable protein phosphatase 2C 18	50.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZKL8`	水稻	sp\|Q6ZKL8\|P2C66_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C 66	51.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情