TkA02G362910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G362910

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 92323170-92328975 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1712 bp · TkA02G362910|TK1151|cDNA

AAAAAAGTGCTAGTACTCATCATATATATCATCTATACATAGTTTAGAGACCGATGCCATTTCTGATACAAACCCAAATTTGTGTTAAAAGCTATTTATCTCATTTTCTTGAATTTGGATATAGTTTTTGCAATGCTTCTTTCAGTTACATACGTCATTCTTTTCTGTACATTTTTCTCTACCTATTTATGCCACAGCAAGGAAGCAGTAAATCTCGTAGAAAATGTCTCTATACCAGCAGTCATTGCATTTGGAGACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1002 bp · TkA02G362910|TK1151|CDS

ATGCTTCTTTCAGTTACATACGTCATTCTTTTCTGTACATTTTTCTCTACCTATTTATGCCACAGCAAGGAAGCAGTAAATCTCGTAGAAAATGTCTCTATACCAGCAGTCATTGCATTTGGAGACTCCTATTTGGATCAGGGTAATAACAACTATATCAAGACTTTGATCAAGGCCAATTTTCACCCCTACGGTAAAGATTTTGTTGATGGAAAAGCAACGGGAAGGTTCACCGATGGGAAATCTCTAGCTGACTTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

333 aa · TkA02G362910|TK1151|PROTEIN

MLLSVTYVILFCTFFSTYLCHSKEAVNLVENVSIPAVIAFGDSYLDQGNNNYIKTLIKANFHPYGKDFVDGKATGRFTDGKSLADFFAQPVIRPLHLLRRDSGHFIFSDEIPASSPVESAQSGLATATCCTCRVSSSTSDIVIDVNETQKIDNSIGYDLSPEIEHKLPPIITKSAIARPSSRNTQTSHSGKKVKEANKIPARKSLSGVKIRANSPKLAVSKRIGQKSAQRKNLSESFAIVKSSYDPQRDFMESMMGMIVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G362910`
TK1151 ID	TkA02G362910
OH-1004 ID	LXL04_015134
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.489 / OH-1004 25.190 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G362910

位置 Chr02:92323170-92328975 (-)

描述 Similar to EXL3: GDSL esterase/lipase EXL3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75900`	GDSL酯酶/脂肪酶EXL3。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9FHW9`	GDSL酯酶/脂肪酶 At5g42170。	暂无已核实直接文献
`At1g20120`	GDSL酯酶/脂肪酶 At1g20120。	暂无已核实直接文献
`At3g43550`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At3g43550。	暂无已核实直接文献
`At1g58725`	GDSL酯酶/脂肪酶 At1g58725。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015134 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0016298 lipase activity 分子功能

GO:0016746 acyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75880

ath:AT1G75900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.356

排名 1 · TkA02G362910 · TK1151

细胞核0.335

排名 2 · TkA02G362910 · TK1151

细胞膜0.219

排名 3 · TkA02G362910 · TK1151

内质网0.124

排名 4 · TkA02G362910 · TK1151

质体0.082

排名 5 · TkA02G362910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00657Lipase_GDSL37-92 aa

PF27117FliB_C221-305 aa

PF04844Ovate243-290 aa

PF21698Spo16_C255-281 aa

PF28679IL27RA_N276-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G362910	`PF00657`	Lipase_GDSL	37	92	0.0052	17.7
TkA02G362910	`PF27117`	FliB_C	221	305	0.028	15.1
TkA02G362910	`PF04844`	Ovate	243	290	2.3e-20	73.0
TkA02G362910	`PF21698`	Spo16_C	255	281	0.09	13.2
TkA02G362910	`PF28679`	IL27RA_N	276	328	0.031	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94CH6`	拟南芥	sp\|Q94CH6\|EXL3_ARATH GDSL esterase/lipase EXL3	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FHW9`	拟南芥	sp\|Q9FHW9\|GDL90_ARATH GDSL esterase/lipase At5g42170	48.100%	Swiss-Prot	中等置信
`P0DKJ6`	拟南芥	sp\|P0DKJ6\|GDL4_ARATH GDSL esterase/lipase At1g20120	49.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q3EAQ9`	拟南芥	sp\|Q3EAQ9\|GDL55_ARATH GDSL esterase/lipase At3g43550	50.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q3ECM4`	拟南芥	sp\|Q3ECM4\|GDL25_ARATH GDSL esterase/lipase At1g58725	50.000%	Swiss-Prot	高置信

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