TkA02G360160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G360160

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 91552821-91568551 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3472 bp · TkA02G360160|TK1151|cDNA

AAAATCAGAAGGAAGGATAATGTATTTTACGAATTTTGCTACTAACCTCTTGAGCAGATGGCGACAGGAAAGGGAACAGCGGCGACAGCAAGCAGAACAGGCGGCGCTAGGAAGACCACCGGATGCGGTTCCCTTTTCCGGTGGAGCAACCGCCGGCGTCAAAGGAGATGGAGACAGCAGCGAGCAGGAGGAGGGGAGTGAGAGGCGAGCAGGATGTGTTCTGCGTCGTCTGTGTGCGGAGGCGCTGGTATAACAGCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2232 bp · TkA02G360160|TK1151|CDS

ATGCACCGTGTAGCCAGTGCAGGCAATACCTCCAATTCGTCCCGTCCTCGTAGGGAGAAAAGGTTGACTTATGTTTTAAATGATACCGACAACACAAAGCACTGTGCAGGTGTGAACTGTTTGTCTGTCTTTAAGCATTCAGAACCAGATAACTGCAATTTCCTCTTCACTGGGAGTCGTGATGGCACCTTGAAAAGATGGGCCGTGAGTGAAGAGGATGCCACCTGTTCATCTACTTTTGAGTCTCATGTTGATTGGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

743 aa · TkA02G360160|TK1151|PROTEIN

MHRVASAGNTSNSSRPRREKRLTYVLNDTDNTKHCAGVNCLSVFKHSEPDNCNFLFTGSRDGTLKRWAVSEEDATCSSTFESHVDWVNDAVLVGRNTLVSCSSDTTVKIWDSFSDGTCTRTLHQHTDYVTCLAAAEKNSNIVASGGLGGEVFIWDVEAALAPVTKISETAVNDSINGSSMPVTSLRAVSSSNGITSLTNQPQGYLPIAAKGHKESVYALAMNDTGTLLVSGGTEKAVRVWDSRSGSKTMKLRGHTDNIRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G360160`
TK1151 ID	TkA02G360160
OH-1004 ID	LXL04_032088
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	22.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 31.090 / OH-1004 20.250 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G360160`
位置	Chr02:91552821-91568551 (+)
描述	Similar to PWP2: Periodic tryptophan protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032088` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000028 ribosomal small subunit assembly 生物过程 GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000920 septum digestion after cytokinesis 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0009553 embryo sac development 生物过程 GO:0009744 response to sucrose 生物过程 GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程 GO:0030010 establishment of cell polarity 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G15440 hsa:5822 pon:100190840 sce:YCR057C spo:2541182 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.447

排名 1 · TkA02G360160 · TK1151

细胞质0.420

排名 2 · TkA02G360160 · TK1151

溶酶体／液泡0.101

排名 3 · TkA02G360160 · TK1151

细胞膜0.088

排名 4 · TkA02G360160 · TK1151

高尔基体0.085

排名 5 · TkA02G360160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23798Beta-prop_SPT816-132 aa

PF23769Beta-prop_WDR75_2nd19-90 aa

PF23410Beta-prop_VPS820-78 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st26-160 aa

PF23761Beta-prop_DCAF428-104 aa

PF23609Beta-prop_EIPR130-110 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd32-112 aa

PF00400WD4033-67 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G360160	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	16	132	4.4e-10	39.7
TkA02G360160	`PF23769`	Beta-prop_WDR75_2nd	19	90	0.045	13.2
TkA02G360160	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	20	78	0.00022	21.0
TkA02G360160	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	26	160	4.8e-25	89.1
TkA02G360160	`PF23761`	Beta-prop_DCAF4	28	104	1.6e-05	24.7
TkA02G360160	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	30	110	9.1e-07	29.3
TkA02G360160	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	32	112	1.4e-22	80.8
TkA02G360160	`PF00400`	WD40	33	67	7.8e-35	118.5
TkA02G360160	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	33	156	2.3e-25	90.2
TkA02G360160	`PF29630`	ASA1	33	112	2.7e-08	33.8
TkA02G360160	`PF24506`	KNTC1_N	33	111	0.029	14.4
TkA02G360160	`PF20426`	NBCH_WD40	34	105	2.3e-09	37.3
TkA02G360160	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	35	83	1.8e-09	37.7
TkA02G360160	`PF24814`	WD40_Prp19	36	244	1e-36	127.2
TkA02G360160	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	38	162	8.8e-08	32.6
TkA02G360160	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	44	159	5e-41	141.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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