LXL04_032088 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032088

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 16626360-16629541 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2724 bp · LXL04_032088|LXL04_032088|OH1004|cDNA

CTACTAGGGTTTAAGAGCAGCGCCCCATTACTTTGGGAAGCGCCGGGAAGCATTTGAGCGTCGTCAACCTCTCGACGCGTTACCATGAACTACAGGTTTCAAAATCTCCTCGGAGCTCCCTACAGAGGCGGTAATGCCATTGTTGTCAACAACACACTTCTTATATCACCAGTTGGCAACCGTATCTCTGTCACAGACCTCGTGAAATCAGAAACCATAACTCTTCCCTGTCAAGCCTCATCAAACATATCCAGAATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2640 bp · LXL04_032088|LXL04_032088|OH1004|CDS

ATGAACTACAGGTTTCAAAATCTCCTCGGAGCTCCCTACAGAGGCGGTAATGCCATTGTTGTCAACAACACACTTCTTATATCACCAGTTGGCAACCGTATCTCTGTCACAGACCTCGTGAAATCAGAAACCATAACTCTTCCCTGTCAAGCCTCATCAAACATATCCAGAATTGCCGCCTCTCCTGACGGCGTATTCCTCCTCGCCATTGACGACAACTCCCGCTGCCTCTTCATCAACCTACCTCGCCGTGCCGTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

879 aa · LXL04_032088|LXL04_032088|OH1004|PROTEIN

MNYRFQNLLGAPYRGGNAIVVNNTLLISPVGNRISVTDLVKSETITLPCQASSNISRIAASPDGVFLLAIDDNSRCLFINLPRRAVLHRINFKKPVASAKFSPDGSFIAVAAGKLVQVWRSPGFKKEFFPFELVKTFANCNDKVTALDWSPDSDYLLAGSKDLTVRLFCLKKLSGSHKPFMFLGHRDVIKGVFFGVEKKTKQVSRVYTVSRDGAIFTWNYTARDETPDEIPSPGTPEQTMEVDQTSNFKKRKSSDLISNE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032088`
TK1151 ID	TkA02G360160
OH-1004 ID	LXL04_032088
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	22.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 31.090 / OH-1004 20.250 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032088

位置 Chr07:16626360-16629541 (-)

描述 Similar to PWP2: Periodic tryptophan protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15440`	参与前 18S 核糖体 RNA 的核仁加工。	A comparative study of the Arabidopsis thaliana guard-cell transcriptome and its modulation by sucrose.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0049641 40S ribosome biogenesis co-factors are essential for gametophyte and embryo development.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0054084

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032088 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000028 ribosomal small subunit assembly 生物过程

GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000920 septum digestion after cytokinesis 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0030010 establishment of cell polarity 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15440

hsa:5822

pon:100190840

sce:YCR057C

spo:2541182

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.799

排名 1 · LXL04_032088 · OH-1004

细胞质0.205

排名 2 · LXL04_032088 · OH-1004

溶酶体／液泡0.044

排名 3 · LXL04_032088 · OH-1004

高尔基体0.034

排名 4 · LXL04_032088 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 5 · LXL04_032088 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz23-169 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC343-126 aa

PF24814.2WD40_Prp1949-175 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_266-199 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd89-219 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd91-226 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR593-222 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st93-221 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032088	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	23	169	1.5e-49	169.6
LXL04_032088	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	43	126	2.2e-57	194.9
LXL04_032088	`PF24814.2`	WD40_Prp19	49	175	1.6e-48	165.9
LXL04_032088	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	66	199	1.1e-41	143.7
LXL04_032088	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	89	219	3.4e-29	102.7
LXL04_032088	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	91	226	2.3e-27	96.5
LXL04_032088	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	93	222	1.8e-60	205.4
LXL04_032088	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	93	221	9.3e-56	189.2
LXL04_032088	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	96	194	1.1e-53	183.0
LXL04_032088	`PF00400.39`	WD40	132	168	1.8e-51	171.1
LXL04_032088	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	141	404	2.2e-57	194.9
LXL04_032088	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	257	396	2.1e-22	80.6
LXL04_032088	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	282	523	1.5e-49	169.6
LXL04_032088	`PF24814.2`	WD40_Prp19	284	473	1.6e-48	165.9
LXL04_032088	`PF24796.2`	WDR55	285	566	7.8e-25	88.2
LXL04_032088	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	296	485	4.3e-27	96.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYZ5`	拟南芥	Periodic tryptophan protein 2	68.380%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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