TkA02G348360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G348360

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 88514630-88516289 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1222 bp · TkA02G348360|TK1151|cDNA

ATGGAAGAGCAAATCGATTGGGACAATCTCTTTGACTTTGATGACAGTCTATGCGATTCCTCCCCCATCCTTCCAACTTCATCACCGAATCAGGGAAACAGCCACTCTCCCTTGTCTGTTGATGATATCGAGCAGTTGCTTTTGAATGATGACGACGAAATTCATAACGCTGATGCGTTAAACTCGGATATTTTGCTTGATTCGCCTTTAGACGTGGAAAAATCCGGTGAAGTAGTCGATATTTCTGATGGAGATAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

864 bp · TkA02G348360|TK1151|CDS

ATGGAAGAGCAAATCGATTGGGACAATCTCTTTGACTTTGATGACAGTCTATGCGATTCCTCCCCCATCCTTCCAACTTCATCACCGAATCAGGGAAACAGCCACTCTCCCTTGTCTGTTGATGATATCGAGCAGTTGCTTTTGAATGATGACGACGAAATTCATAACGCTGATGCGTTAAACTCGGATATTTTGCTTGATTCGCCTTTAGACGTGGAAAAATCCGGTGAAGTAGTCGATATTTCTGATGGAGATAATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

287 aa · TkA02G348360|TK1151|PROTEIN

MEEQIDWDNLFDFDDSLCDSSPILPTSSPNQGNSHSPLSVDDIEQLLLNDDDEIHNADALNSDILLDSPLDVEKSGEVVDISDGDNSVEEQKNEVVVDHKDEKENSDDLQLRNKDAALRSRERKKMYVKDLEMKSRYYEAECKRLGSLLQCFMAENQALRFSLHSNKAYNVSTTKQESAVLFLESLLLGSLLWLVAIVCQLVLPSLHLQNPGADQLETVVGENLPSLVVRKEGSKICRESLFVGKRFKSSRSRMRSNLNP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G348360`
TK1151 ID	TkA02G348360
OH-1004 ID	LXL04_015292
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.425 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G348360

位置 Chr02:88514630-88516289 (+)

描述 Similar to BZIP50: bZIP transcription factor 50

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g42990`	参与未折叠蛋白反应 (UPR) 的转录因子。	An Arabidopsis transcription factor, AtbZIP60, regulates the endoplasmic reticulum stress response in a manner unique to plants.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0408941102 Endoplasmic reticulum stress activates the expression of a sub-group of protein disulfide isomerase genes and AtbZIP60 modulates the response in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1007/s00438-008-0356-z Arabidopsis bZIP60 is a proteolysis-activated transcription factor involved in the endoplasmic reticulum stress response.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061002 Heat induces the splicing by IRE1 of a mRNA encoding a transcription factor involved in the unfolded protein response in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1102117108 IRE1/bZIP60-mediated unfolded protein response plays distinct roles in plant immunity and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0031944

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0622700`	参与内质网（ER）应激反应的转录因子。	Expression of ER quality control-related genes in response to changes in BiP1 levels in developing rice endosperm.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04453.x Signal transduction by IRE1-mediated splicing of bZIP50 and other stress sensors in the endoplasmic reticulum stress response of rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04844.x Conservation of IRE1-regulated bZIP74 mRNA unconventional splicing in rice (Oryza sativa L.) involved in ER stress responses.2012 · DOI: 10.1093/mp/ssr115

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015292 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002376 immune system process 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G42990

ath:AT2G40950

dosa:Os06g0622700

dosa:Os07g0644100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.861

排名 1 · TkA02G348360 · TK1151

细胞质0.192

排名 2 · TkA02G348360 · TK1151

内质网0.046

排名 3 · TkA02G348360 · TK1151

细胞膜0.041

排名 4 · TkA02G348360 · TK1151

线粒体0.020

排名 5 · TkA02G348360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27636CCPG1_N89-167 aa

PF06409NPIP96-142 aa

PF00170bZIP_1111-160 aa

PF07716bZIP_2112-145 aa

PF00170bZIP_1139-164 aa

PF07716bZIP_2153-162 aa

PF06409NPIP180-253 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G348360	`PF27636`	CCPG1_N	89	167	0.065	14.5
TkA02G348360	`PF06409`	NPIP	96	142	0.015	15.7
TkA02G348360	`PF00170`	bZIP_1	111	160	3.5e-06	27.7
TkA02G348360	`PF07716`	bZIP_2	112	145	0.0014	19.3
TkA02G348360	`PF00170`	bZIP_1	139	164	3.5e-06	27.7
TkA02G348360	`PF07716`	bZIP_2	153	162	0.0014	19.3
TkA02G348360	`PF06409`	NPIP	180	253	0.015	15.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7S0`	拟南芥	sp\|Q9C7S0\|BZP60_ARATH bZIP transcription factor 60	63.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q69XV0`	水稻	sp\|Q69XV0\|BZP50_ORYSJ bZIP transcription factor 50	46.600%	Swiss-Prot	中等置信

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