TkA02G344210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G344210

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 87415788-87420726 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2873 bp · TkA02G344210|TK1151|cDNA

TACCTTTCTCTTTCTTCATATTCGGGTTGGCATCTCTTCTTCCGGTTTAAGGTGATTCTAGGTTTTTATTTCTCCTTATCTTCTATTGAAACAATATTAGGCGAGATCATGTTCCAGTATACAAAAGTTCAAAATTTGTAGTTAGATTAATAAAATTATACATCTTTAAATTTATATGTAAGTGGGATTGCTGCTGTAAAGATTAGGCATTCCATGGAGCTTCTCACCTATATAGTTTTTTATTTGCGAAACGCAAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2562 bp · TkA02G344210|TK1151|CDS

ATGGGAACCACCCAGGCAGAAGCCGCAGAACATCCATGGGAGCAACACGAGCACGACGAATTGGAGGATGATTTGATCGTTAGAAGAAAGAATATCAACCGAACCCAACTTTCCTCCACCATCGATGGTGGTTTCAGTAGCAATGATGGTGGTTCAGTTGGTGTCACGAATGTTGAAGATCAAGAACAAGATGAAGAAGTAGAAGAAGAACAAGTCAAAGATTTTAGTCAACAAAATGGTGTGAAGGTTGATGAAGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

853 aa · TkA02G344210|TK1151|PROTEIN

MGTTQAEAAEHPWEQHEHDELEDDLIVRRKNINRTQLSSTIDGGFSSNDGGSVGVTNVEDQEQDEEVEEEQVKDFSQQNGVKVDEDETEKEKQQKSEYLVYYDADKGIWKCRICSWDYQGKTCLTDHNQSLCFFHQTKGTGLHLKSSKEEANGVDSTFHGNIPMKDNIHSQDNGNGMHFINNQNGEHEKHNKLSDSSLQPSEISFQGVKKPEISEEIEVITDVENEFDVETVLKKQETHDLFCPNCNSCITKRVILRKRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G344210`
TK1151 ID	TkA02G344210
OH-1004 ID	LXL04_015354
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G344210

位置 Chr02:87415788-87420726 (-)

描述 Similar to MEB1: Membrane protein of ER body 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27870`	对包括PYK10在内的ER体成分的积累不是必需的。	暂无已核实直接文献
`At5g24290`	可能将过量的细胞质铁和锰隔离到内质网中，以降低金属离子毒性。	Identification of two novel endoplasmic reticulum body-specific integral membrane proteins.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.207654
`At4g27860`	可能将过量的细胞质铁和锰隔离到内质网中，以降低金属离子毒性。	Identification of two novel endoplasmic reticulum body-specific integral membrane proteins.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.207654

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015354 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0030026 intracellular manganese ion homeostasis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0010168 ER body 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G27860

ath:AT4G27870

ath:AT5G24290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.663

排名 1 · TkA02G344210 · TK1151

内质网0.186

排名 2 · TkA02G344210 · TK1151

细胞质0.123

排名 3 · TkA02G344210 · TK1151

细胞核0.111

排名 4 · TkA02G344210 · TK1151

溶酶体／液泡0.068

排名 5 · TkA02G344210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01988VIT162-88 aa

PF18262PhetRS_B163-96 aa

PF18262PhetRS_B1542-567 aa

PF01988VIT1659-700 aa

PF01988VIT1739-820 aa

PF076957TMR-DISM_7TM741-822 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G344210	`PF01988`	VIT1	62	88	3.2e-05	24.6
TkA02G344210	`PF18262`	PhetRS_B1	63	96	1.4	10.0
TkA02G344210	`PF18262`	PhetRS_B1	542	567	1.4	10.0
TkA02G344210	`PF01988`	VIT1	659	700	3.2e-05	24.6
TkA02G344210	`PF01988`	VIT1	739	820	3.2e-05	24.6
TkA02G344210	`PF07695`	7TMR-DISM_7TM	741	822	0.13	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPT3`	拟南芥	sp\|Q8LPT3\|MEBL_ARATH Membrane protein of ER body-like protein	31.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KFS7`	拟南芥	sp\|F4KFS7\|MEB2_ARATH Membrane protein of ER body 2	41.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q8W4P8`	拟南芥	sp\|Q8W4P8\|MEB1_ARATH Membrane protein of ER body 1	42.300%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情