TkA02G338610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G338610

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 85924314-85926718 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1178 bp · TkA02G338610|TK1151|cDNA

TTTCATTTTAATCGATACGTGCAATACAGAGATTTTTAACCTAACGAGTAACGACACAATAAATATATAAATCGGATCAAAGTTGATTTATTCAGACTCGTGAAACGGTGACCCGTGCGCTTGACACCCGACACGATTAGAAGTGACGTATAGGAAATGGATGAGAAGTATAATAAGAAGAATCCATCGGTGAAGAGGATTTTACAGGAGATGAAGGAAATGCAATCGAATCCATCTGATGATTTCACGAGCCTTCCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · TkA02G338610|TK1151|CDS

ATGGATGAGAAGTATAATAAGAAGAATCCATCGGTGAAGAGGATTTTACAGGAGATGAAGGAAATGCAATCGAATCCATCTGATGATTTCACGAGCCTTCCTCTTGAGGAAAACATATTCGAATGGCAGTTTGCAATAAGGGGACCAAATGATACCGAATTTGAAGGCGGAATTTATCACGGTCGAATTCAATTGCCTTCTGAGTACCCATTCAAACCCCCGTCATTTATGTTGTTAACGCCAAATGGACGTTTTGAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · TkA02G338610|TK1151|PROTEIN

MDEKYNKKNPSVKRILQEMKEMQSNPSDDFTSLPLEENIFEWQFAIRGPNDTEFEGGIYHGRIQLPSEYPFKPPSFMLLTPNGRFETQTKICLSISNHHPEHWQPSWSVRTALTALIAFMPTSPNGALGSLDYKKEERRILAIKSREYAPKYGTPDRQRLIDEIHEYMISQAPPPPPPPPPPPPPAATQVTGEAPATTATEITEHGEEPREENHELVASVVPSASLVVEPRRQVVVQVEKAADDRLFTWAAVGLAIAIVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G338610`
TK1151 ID	TkA02G338610
OH-1004 ID	LXL04_015395
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G338610

位置 Chr02:85924314-85926718 (+)

描述 Similar to UBC32: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 32

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17000`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015395 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006487 protein N-linked glycosylation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0007286 spermatid development 生物过程

GO:0032680 regulation of tumor necrosis factor production 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:1902457 negative regulation of stomatal opening 生物过程

GO:1904153 negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程

GO:0000836 Hrd1p ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17000

cgr:2889269

dha:DEHA2A09746g

hsa:51465

mmu:56228

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.566

排名 1 · TkA02G338610 · TK1151

细胞质0.214

排名 2 · TkA02G338610 · TK1151

高尔基体0.196

排名 3 · TkA02G338610 · TK1151

细胞核0.177

排名 4 · TkA02G338610 · TK1151

细胞膜0.106

排名 5 · TkA02G338610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00179UQ_con14-125 aa

PF05773RWD17-98 aa

PF05308Mito_fiss_reg166-210 aa

PF16101PRIMA1171-200 aa

PF22812CR_prot_dom_plant173-194 aa

PF28903GspL_M202-236 aa

PF06146PsiE227-265 aa

PF28903GspL_M252-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G338610	`PF00179`	UQ_con	14	125	2.2e-20	73.4
TkA02G338610	`PF05773`	RWD	17	98	0.075	13.9
TkA02G338610	`PF05308`	Mito_fiss_reg	166	210	0.039	14.8
TkA02G338610	`PF16101`	PRIMA1	171	200	0.0069	16.9
TkA02G338610	`PF22812`	CR_prot_dom_plant	173	194	0.021	16.0
TkA02G338610	`PF28903`	GspL_M	202	236	0.7	10.6
TkA02G338610	`PF06146`	PsiE	227	265	0.19	12.6
TkA02G338610	`PF28903`	GspL_M	252	263	0.7	10.6
TkA02G338610	`PF22812`	CR_prot_dom_plant	256	261	0.021	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSP7`	拟南芥	sp\|Q9LSP7\|UBC32_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 32	62.500%	Swiss-Prot	高置信

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