TkA02G308240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G308240

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 78433164-78434590 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · TkA02G308240|TK1151|cDNA

ATGAGCAACCAACAGGATCTTTCTTCCTGCTCTCATGTTCTTCCTATCCTAAATTCCGTCCATCATACGGAATTGATGAAATTGGAATTGAATTCAGAGCCCTTAAGGGATTGGAAATTTCAGTCGGATTGGTACTCTCCAACTCGCCTCCATAGCAGCCCCGTCGAATATGATTTTCCGGGCGATCGCTTCATACCCAACAGGAGTTTGATGGATCTTGATCAAGCCTACACCCTGTTGACTAACCCAACCAATCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkA02G308240|TK1151|CDS

ATGAGCAACCAACAGGATCTTTCTTCCTGCTCTCATGTTCTTCCTATCCTAAATTCCGTCCATCATACGGAATTGATGAAATTGGAATTGAATTCAGAGCCCTTAAGGGATTGGAAATTTCAGTCGGATTGGTACTCTCCAACTCGCCTCCATAGCAGCCCCGTCGAATATGATTTTCCGGGCGATCGCTTCATACCCAACAGGAGTTTGATGGATCTTGATCAAGCCTACACCCTGTTGACTAACCCAACCAATCTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · TkA02G308240|TK1151|PROTEIN

MSNQQDLSSCSHVLPILNSVHHTELMKLELNSEPLRDWKFQSDWYSPTRLHSSPVEYDFPGDRFIPNRSLMDLDQAYTLLTNPTNLPTRCNFSAEYRRIMEGSLTLDSEGRPFRLLVFRGSPKSSRKSIRYIDEIRRSDEENFNHNNTPNQQRKLPKKETRILDAPEIRDDFYKNIMDWGKNNILAIALGRELYLWNAANEDLHHIFKPTTVDDDPSSVSWSQDGKKLAVGHSSSKILLWDVDTGKLIRRLEGHHAMVGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G308240`
TK1151 ID	TkA02G308240
OH-1004 ID	LXL04_025521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.923 / OH-1004 51.868 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G308240

位置 Chr02:78433164-78434590 (-)

描述 Similar to CDC20-1: Cell division cycle 20.1, cofactor of APC complex

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27570`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At5g27080`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At5g26900`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At4g33260`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献
`At4g33270`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:1905786 positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005680 anaphase-promoting complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0033597 mitotic checkpoint complex 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0010997 anaphase-promoting complex binding 分子功能

GO:0019900 kinase binding 分子功能

GO:1990757 ubiquitin ligase activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33260

ath:AT4G33270

ath:AT5G26900

ath:AT5G27080

ath:AT5G27570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.513

排名 1 · TkA02G308240 · TK1151

细胞质0.444

排名 2 · TkA02G308240 · TK1151

细胞膜0.047

排名 3 · TkA02G308240 · TK1151

溶酶体／液泡0.045

排名 4 · TkA02G308240 · TK1151

线粒体0.041

排名 5 · TkA02G308240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814WD40_Prp1910-42 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz163-302 aa

PF23383Beta-prop_IFT140_1st171-247 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st176-264 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st177-272 aa

PF16755Beta-prop_NUP159_NUP214182-246 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd183-263 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st186-304 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G308240	`PF24814`	WD40_Prp19	10	42	2.6e-06	27.4
TkA02G308240	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	163	302	5.8e-43	148.0
TkA02G308240	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	171	247	0.0029	17.1
TkA02G308240	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	176	264	7.2e-09	35.9
TkA02G308240	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	177	272	3.3e-07	30.4
TkA02G308240	`PF16755`	Beta-prop_NUP159_NUP214	182	246	0.085	12.8
TkA02G308240	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	183	263	0.00015	21.9
TkA02G308240	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	186	304	3.9e-10	40.4
TkA02G308240	`PF25391`	WD40_Gbeta	190	303	0.014	15.1
TkA02G308240	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	191	302	3.3e-10	40.4
TkA02G308240	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	192	297	4.8e-08	33.0
TkA02G308240	`PF24796`	WDR55	192	298	0.00019	21.3
TkA02G308240	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	192	283	0.0016	18.6
TkA02G308240	`PF23409`	Beta-prop_EML	194	266	0.039	14.2
TkA02G308240	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	199	264	6.1e-05	23.3
TkA02G308240	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	201	255	2.2e-07	30.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3E906`	拟南芥	sp\|Q3E906\|CD205_ARATH Cell division cycle 20.5, cofactor of APC complex	39.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S7H3`	拟南芥	sp\|Q9S7H3\|CD203_ARATH Cell division cycle 20.3, cofactor of APC complex	38.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q4PSE4`	拟南芥	sp\|Q4PSE4\|CDC24_ARATH Cell division cycle 20.4, cofactor of APC complex	38.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S7I8`	拟南芥	sp\|Q9S7I8\|CDC22_ARATH Cell division cycle 20.2, cofactor of APC complex	37.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SZA4`	拟南芥	sp\|Q9SZA4\|CDC21_ARATH Cell division cycle 20.1, cofactor of APC complex	35.800%	Swiss-Prot	中等置信

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