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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G261290
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 66684266-66684712 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

447 bp · TkA02G261290|TK1151|cDNA

ATGCTTCAACCAAATGTAAACATCCAACCAGACAATTCAACATTGGCTATTGTTATATCCGTTTGTTCTCAATTAGGGGATTTGAGATTCAGATCTTGGATAAATGACATTTTAAAGAAGCAAATGGGGGTCAAGATGGATGATCATTTGGGTGCGGCATTAGTCGAATTTTATGCAAAATTTAGGCATGTTGAAAAAGCTTACAGTTTGTTTTGTGGCTTGAAAAAGAAAGAGGTTGGTGTTTATACGACAATGATATT...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · TkA02G261290|TK1151|CDS

ATGCTTCAACCAAATGTAAACATCCAACCAGACAATTCAACATTGGCTATTGTTATATCCGTTTGTTCTCAATTAGGGGATTTGAGATTCAGATCTTGGATAAATGACATTTTAAAGAAGCAAATGGGGGTCAAGATGGATGATCATTTGGGTGCGGCATTAGTCGAATTTTATGCAAAATTTAGGCATGTTGAAAAAGCTTACAGTTTGTTTTGTGGCTTGAAAAAGAAAGAGGTTGGTGTTTATACGACAATGATATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

148 aa · TkA02G261290|TK1151|PROTEIN

MLQPNVNIQPDNSTLAIVISVCSQLGDLRFRSWINDILKKQMGVKMDDHLGAALVEFYAKFRHVEKAYSLFCGLKKKEVGVYTTMILACGRNGWKHYAIKLFMEMLEANICPNLATFSGLLSALNHWGIVEQSYHGFGYGQSYLELRL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G261290
TK1151 IDTkA02G261290
OH-1004 IDLXL04_029546
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.622 / OH-1004 29.485
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G261290
位置Chr02:66684266-66684712 (+)
描述Similar to PCMP-E6: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g22760
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18970 含五肽重复序列蛋白At3g18970。 暂无已核实直接文献
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g40410 含五重复肽的蛋白 At5g40410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献
At5g15340 含PPR（五肽重复）蛋白 At5g15340，线粒体型。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G45350
ath:AT3G21470
ath:AT4G22760
ath:AT5G37570
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.732
排名 1 · TkA02G261290 · TK1151
质体0.102
排名 2 · TkA02G261290 · TK1151
细胞质0.041
排名 3 · TkA02G261290 · TK1151
细胞核0.036
排名 4 · TkA02G261290 · TK1151
过氧化物酶体0.011
排名 5 · TkA02G261290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_27-23 aa
PF13812PPR_37-40 aa
PF12854PPR_17-22 aa
PF23276TPR_2415-79 aa
PF01535PPR17-28 aa
PF29070MSC6_N28-69 aa
PF19131DUF581429-103 aa
PF13812PPR_352-78 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G261290PF13041PPR_27232.4e-1247.5
TkA02G261290PF13812PPR_37401.6e-0732.0
TkA02G261290PF12854PPR_17220.0002621.4
TkA02G261290PF23276TPR_2415790.006117.2
TkA02G261290PF01535PPR17283.8e-1040.0
TkA02G261290PF29070MSC6_N28690.0001621.6
TkA02G261290PF19131DUF5814291030.003917.6
TkA02G261290PF13812PPR_352781.6e-0732.0
TkA02G261290PF13041PPR_254792.4e-1247.5
TkA02G261290PF01535PPR54783.8e-1040.0
TkA02G261290PF12854PPR_158710.0002621.4
TkA02G261290PF17177PPR_long641340.0005720.0
TkA02G261290PF13041PPR_2791242.4e-1247.5
TkA02G261290PF13812PPR_3791241.6e-0732.0
TkA02G261290PF01535PPR811103.8e-1040.0
TkA02G261290PF12854PPR_1811050.0002621.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LJ69拟南芥sp|Q9LJ69|PP243_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1897034.600%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial31.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FND6拟南芥sp|Q9FND6|PP411_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g40410, mitochondrial28.800%Swiss-Prot低置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654032.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LXE8拟南芥sp|Q9LXE8|PP386_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15340, mitochondrial30.000%Swiss-Prot中等置信

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