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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G239090
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 61543253-61543744 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

492 bp · TkA02G239090|TK1151|cDNA

ATGCAAACTTTTTACAAAGTGACACCGCAGTCCGAGCACTATGCATGTTTGATTGATATATTGGGTAGATCTGGCGAAGTTGAAAAAGCTTATAAAATGATCCAAGAGATGCCATTTGAACCCGATGCTGGAGTTTGGGGTGCCATTCTTGCCGGTTGTCGTTTTACTTTGAATACTGAATTAGCGGAAATAGCTTTTGAGAAAATTACGAGTTTGGACCCTAAAAACTCCGGGGCATACGTTATGTTGTCAAATATATA...

CDS

下载 CDS FASTA

492 bp · TkA02G239090|TK1151|CDS

ATGCAAACTTTTTACAAAGTGACACCGCAGTCCGAGCACTATGCATGTTTGATTGATATATTGGGTAGATCTGGCGAAGTTGAAAAAGCTTATAAAATGATCCAAGAGATGCCATTTGAACCCGATGCTGGAGTTTGGGGTGCCATTCTTGCCGGTTGTCGTTTTACTTTGAATACTGAATTAGCGGAAATAGCTTTTGAGAAAATTACGAGTTTGGACCCTAAAAACTCCGGGGCATACGTTATGTTGTCAAATATATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

163 aa · TkA02G239090|TK1151|PROTEIN

MQTFYKVTPQSEHYACLIDILGRSGEVEKAYKMIQEMPFEPDAGVWGAILAGCRFTLNTELAEIAFEKITSLDPKNSGAYVMLSNIYASLGLWRKVTQVRGGLMKENEVKKQTAFSWMEIGDTVHYFVGGDLSHLAINEIRFLVLQLCSQMKATDDTHYSLLD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G239090
TK1151 IDTkA02G239090
OH-1004 IDLXL04_024214
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)43.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.706 / OH-1004 18.150
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G239090
位置Chr02:61543253-61543744 (+)
描述Similar to PCMP-E90: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At3g14330 含五肽重复序列的蛋白质 At3g14330。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g01030 含五聚肽重复的蛋白 At4g01030，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
ath:AT4G39530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.520
排名 1 · TkA02G239090 · TK1151
质体0.286
排名 2 · TkA02G239090 · TK1151
细胞核0.078
排名 3 · TkA02G239090 · TK1151
细胞质0.060
排名 4 · TkA02G239090 · TK1151
过氧化物酶体0.012
排名 5 · TkA02G239090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_113-37 aa
PF13041PPR_213-38 aa
PF01535PPR14-37 aa
PF13431TPR_1715-26 aa
PF14559TPR_1919-39 aa
PF13181TPR_820-33 aa
PF01535PPR46-68 aa
PF20431E_motif58-119 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G239090PF12854PPR_113370.0005420.3
TkA02G239090PF13041PPR_213380.002618.6
TkA02G239090PF01535PPR14372.8e-0524.8
TkA02G239090PF13431TPR_1715260.001919.0
TkA02G239090PF14559TPR_1919390.1213.5
TkA02G239090PF13181TPR_820330.02215.6
TkA02G239090PF01535PPR46682.8e-0524.8
TkA02G239090PF20431E_motif581195.6e-1762.5
TkA02G239090PF13181TPR_858760.02215.6
TkA02G239090PF13431TPR_1765910.001919.0
TkA02G239090PF14559TPR_1965930.1213.5
TkA02G239090PF13181TPR_879910.02215.6
TkA02G239090PF01535PPR80992.8e-0524.8
TkA02G239090PF13041PPR_21021100.002618.6
TkA02G239090PF20431E_motif1501625.6e-1762.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275046.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LUL5拟南芥sp|Q9LUL5|PP229_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1433045.400%Swiss-Prot中等置信
O82380拟南芥sp|O82380|PP175_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic44.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SV26拟南芥sp|Q9SV26|PP297_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01030, mitochondrial40.100%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic44.900%Swiss-Prot中等置信

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