TkA02G231530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G231530

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 59847146-59849026 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1711 bp · TkA02G231530|TK1151|cDNA

CCAAGACCTAACCCCGGTCAAATTTTAACCATGCCACTGGCCACACTTGAGTTTATTTAAACAAAGGGAAAGAGTGAGGCCAGCTGGGTTGAAAACCAGCTTTCCCATCTGCCCATACCCATCTCTTTCTTTCTCTCTCACTCTGTATTCTTCTGCAGATGAACAGTTAATGGACCCCTCTTACTTTCTTGATCTTCACAACTAATTCACCAATGTTGTGATCTTAAAATATCGAAATTTATATTATTTTGATGTAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · TkA02G231530|TK1151|CDS

ATGAAAAGACATGGAAGCTCAGATTCCATGGCGGGGTTGATACCCATGTGCCAAACCATAGAGGAAAGCAGCAGTCATGTGGGGTATACAAGAGAATTCCAGTCGATGTTAATGGAAGGTTTGGATGAAGATGGCGGTGGTGACGAGTGTGCCGGAGGCCAGATCTCGGAAAAAAAACGCCGACTAAGTATCGATCAGGTGAAGGCGTTGGAGAAAAACTTCGAGATGGAGAACAAGCTGGAGCCGGAGAGGAAAGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · TkA02G231530|TK1151|PROTEIN

MKRHGSSDSMAGLIPMCQTIEESSSHVGYTREFQSMLMEGLDEDGGGDECAGGQISEKKRRLSIDQVKALEKNFEMENKLEPERKVKLAQELGLQPRQVAVWFQNRRARWKTKQLERDYGLLKTNFDSLKHNYDSLQHDNESLLKQIRELKSKLFGDDEESNIPVKEETDDKTKSPEVMYENTVAKTYFQDFKDGSSDSDSSAILNDDNSSNMTAMADVIKCHQLTESKAIMGAAEKAYQPQFVKIEEHNFFVGDETCNF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G231530`
TK1151 ID	TkA02G231530
OH-1004 ID	LXL04_039109
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	41.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.173 / OH-1004 98.993 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G231530

位置 Chr02:59847146-59849026 (+)

描述 Similar to ATHB-16: Homeobox-leucine zipper protein ATHB-16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g40060`	可能的转录因子，可作为光周期对开花时间反应的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g65310`	可能的转录因子，作为ABA反应的正向调节因子，介导ABA在幼苗建立期间对生长的抑制作用。	暂无已核实直接文献
`At2g22430`	转录激活子，可能作为对水分不足的生长调节因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YWC0`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os08g0481400`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039109 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22430

ath:AT4G40060

ath:AT5G65310

dosa:Os09g0470500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.981

排名 1 · TkA02G231530 · TK1151

细胞质0.079

排名 2 · TkA02G231530 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA02G231530 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA02G231530 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA02G231530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25450Rab11-FIP357-86 aa

PF00046Homeodomain58-111 aa

PF16275SF1-HH60-72 aa

PF24655DUF764560-114 aa

PF12709Fungal_TACC66-82 aa

PF06156YabA68-75 aa

PF06295ZapG-like68-106 aa

PF28533DUF842970-79 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G231530	`PF25450`	Rab11-FIP3	57	86	0.0067	17.4
TkA02G231530	`PF00046`	Homeodomain	58	111	3.1e-17	62.9
TkA02G231530	`PF16275`	SF1-HH	60	72	0.17	13.0
TkA02G231530	`PF24655`	DUF7645	60	114	2.2	9.0
TkA02G231530	`PF12709`	Fungal_TACC	66	82	1.7	9.9
TkA02G231530	`PF06156`	YabA	68	75	1.7	10.0
TkA02G231530	`PF06295`	ZapG-like	68	106	3.1	8.6
TkA02G231530	`PF28533`	DUF8429	70	79	0.036	14.7
TkA02G231530	`PF21037`	CCDC138_cc	70	70	1.8	9.4
TkA02G231530	`PF05920`	Homeobox_KN	82	109	6.2e-05	23.5
TkA02G231530	`PF08172`	CASP_C	104	175	0.017	15.2
TkA02G231530	`PF16275`	SF1-HH	106	186	0.17	13.0
TkA02G231530	`PF25450`	Rab11-FIP3	109	160	0.0067	17.4
TkA02G231530	`PF28533`	DUF8429	109	153	0.036	14.7
TkA02G231530	`PF06156`	YabA	112	173	1.7	10.0
TkA02G231530	`PF02183`	HALZ	113	154	3e-17	63.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940J1`	拟南芥	sp\|Q940J1\|ATB16_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-16	50.800%	Swiss-Prot	高置信
`P46667`	拟南芥	sp\|P46667\|ATHB5_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-5	46.100%	Swiss-Prot	中等置信
`P46668`	拟南芥	sp\|P46668\|ATHB6_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-6	45.800%	Swiss-Prot	中等置信
`A2YWC0`	水稻	sp\|A2YWC0\|HOX20_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX20	62.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6Z248`	水稻	sp\|Q6Z248\|HOX20_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein HOX20	62.500%	Swiss-Prot	中等置信

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