TkA02G188180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G188180

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 48351886-48356884 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4222 bp · TkA02G188180|TK1151|cDNA

GACTGTTAAGTGTTAACCAAAGGACTGAAACTGTATTTGTCTATAGTTCCGATCAAGAGAAAGGTATTATTGGGAATTAAGAAATACACCTTCTTCTTCTTCTTCATGGGCCTGGTCTCCCAAAAGTCCTACCGTCAACCTCGCAATCCCATAATATTATCACTCAACAACAGCGCACACATAGAAGAGAGTGTTCAACCAAATCCAGTCCTTTTCTCCTTTCGATCAACATCCTGAGCCCCTCTCCTGATTTCGTATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3540 bp · TkA02G188180|TK1151|CDS

ATGCCTTCCTCTAACTTACAACATCAGCGATCCGTTCCTTATCCAACACCCCCTCTCCAACCGCCTAGCCCTAACAGCAACCCTAACCCTAACCATGGAGCTCGATTGATGGCTCTTTTAAGCGCTCCACCACCGACCATCGTCGATAACTCGTCGCAATCATCCATCCCTATGCCTCAACCGACTAACCCTATGAATCCATCGTCGTTGGTTCCTACATGGCATTCTGGTTCTGGCTCATTGCAAGTGCCTAGCAGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1179 aa · TkA02G188180|TK1151|PROTEIN

MPSSNLQHQRSVPYPTPPLQPPSPNSNPNPNHGARLMALLSAPPPTIVDNSSQSSIPMPQPTNPMNPSSLVPTWHSGSGSLQVPSSKLPKGRHLSGDRVSYDIDARLPGEVQPQLEVTPITKYGSDPGLVVGRQIAVNKAYICYGLKLGAIRVLNIHTALRSLLKGLSQRVTDMVFFAEDVHLLASASIDGRVYVWKITEGTDEDDKPQITGKIIVAIQITGEGESVHPRVCWHCHKQEVLVVGIGKRVLKIDTTKVGRG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G188180`
TK1151 ID	TkA02G188180
OH-1004 ID	LXL04_016122
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.835 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G188180

位置 Chr02:48351886-48356884 (+)

描述 Similar to VCR: Varicose-related protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13300`	作为脱帽复合物的组成部分，参与 mRNA 的降解。	暂无已核实直接文献
`At3g13290`	作为去帽复合物的组成部分，可能在mRNA降解中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000290 deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010071 root meristem specification 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13290

ath:AT3G13300

hsa:23644

mmu:234699

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.626

排名 1 · TkA02G188180 · TK1151

高尔基体0.222

排名 2 · TkA02G188180 · TK1151

细胞核0.194

排名 3 · TkA02G188180 · TK1151

溶酶体／液泡0.116

排名 4 · TkA02G188180 · TK1151

细胞膜0.095

排名 5 · TkA02G188180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16529Ge1_WD40117-430 aa

PF24796WDR55134-199 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz135-261 aa

PF23414Beta-prop_EML_2137-218 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st138-201 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd138-206 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st143-201 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st143-202 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G188180	`PF16529`	Ge1_WD40	117	430	5.8e-19	69.0
TkA02G188180	`PF24796`	WDR55	134	199	1.1e-05	25.3
TkA02G188180	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	135	261	1.4e-10	41.7
TkA02G188180	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	137	218	0.0032	17.6
TkA02G188180	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	138	201	3.4e-10	40.7
TkA02G188180	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	138	206	0.0001	22.3
TkA02G188180	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	143	201	2e-07	31.4
TkA02G188180	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	143	202	6.7e-07	29.6
TkA02G188180	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	149	252	7.9e-11	42.4
TkA02G188180	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	151	201	0.00024	21.1
TkA02G188180	`PF29037`	DSE1_N	151	210	0.00031	20.7
TkA02G188180	`PF25391`	WD40_Gbeta	156	197	0.00086	19.1
TkA02G188180	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	157	202	4.8e-06	26.8
TkA02G188180	`PF24814`	WD40_Prp19	161	201	9.2e-08	32.2
TkA02G188180	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	162	201	7.4e-10	39.3
TkA02G188180	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	162	198	0.0084	15.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTT8`	拟南芥	sp\|Q9LTT8\|VCS_ARATH Enhancer of mRNA-decapping protein 4	49.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LTT9`	拟南芥	sp\|Q9LTT9\|VCR_ARATH Varicose-related protein	49.300%	Swiss-Prot	中等置信

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