TkA02G177410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G177410

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 45663245-45665652 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1843 bp · TkA02G177410|TK1151|cDNA

GAAGAAGAAAGAGAAAAAGGTAAGATTCACTTGTCGGTCTATCGGAAATACCTTACAATTGCGTATGGAGGGGCACTTGTTCCGTTTGTATTGTTAGCACAAATTACATTTGAGTCCCTTCAAATATCGGGTAATTACTGGATGGCTTGGGCATCTTCTACATCCGATAGTATTGAATCCCGTATTGGAGGTTCTAAGCTTATTATTGTTTATATGGGTTTCGGAGTTGGATGCGCTTTTTGTGTTCTAGCTAGATCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1773 bp · TkA02G177410|TK1151|CDS

GAAGAAGAAAGAGAAAAAGGTAAGATTCACTTGTCGGTCTATCGGAAATACCTTACAATTGCGTATGGAGGGGCACTTGTTCCGTTTGTATTGTTAGCACAAATTACATTTGAGTCCCTTCAAATATCGGGTAATTACTGGATGGCTTGGGCATCTTCTACATCCGATAGTATTGAATCCCGTATTGGAGGTTCTAAGCTTATTATTGTTTATATGGGTTTCGGAGTTGGATGCGCTTTTTGTGTTCTAGCTAGATCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

590 aa · TkA02G177410|TK1151|PROTEIN

EEEREKGKIHLSVYRKYLTIAYGGALVPFVLLAQITFESLQISGNYWMAWASSTSDSIESRIGGSKLIIVYMGFGVGCAFCVLARSMLVMKAGYETANQLFNKMHFCIFRAPMSFFDSNPSGRILNRASTDQSVVDVKLSDTMILFAAVVIQLFGVVIVMSLGAWPVFLFFFPMIGICIRLQRYYIPSARELARLVGVSKAPVIQHFSETISGSTTIRSFDQTHRFKDTCLNLIDNYSRPSLHVTGALDWLGLRLDMLSC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G177410`
TK1151 ID	TkA02G177410
OH-1004 ID	LXL04_016188
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.492 / OH-1004 40.587 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G177410

位置 Chr02:45663245-45665652 (+)

描述 Similar to ABCC3: ABC transporter C family member 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13080`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	An ABC-transporter of Arabidopsis thaliana has both glutathione-conjugate and chlorophyll catabolite transport activity.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00076.x
`At3g13100`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献
`At3g13090`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献
`At3g60160`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献
`At3g60970`	谷胱甘肽 S-结合物泵。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016188 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008559 ABC-type xenobiotic transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13080

ath:AT3G13090

ath:AT3G13100

dosa:Os03g0142800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.423

排名 1 · TkA02G177410 · TK1151

溶酶体／液泡0.272

排名 2 · TkA02G177410 · TK1151

内质网0.148

排名 3 · TkA02G177410 · TK1151

细胞质0.146

排名 4 · TkA02G177410 · TK1151

高尔基体0.076

排名 5 · TkA02G177410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane47-272 aa

PF10003DUF2244143-185 aa

PF00005ABC_tran363-510 aa

PF00006ATP-synt_ab365-397 aa

PF13476AAA_23368-393 aa

PF13555AAA_29370-393 aa

PF01078Mg_chelatase372-416 aa

PF12846AAA_10374-406 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G177410	`PF00664`	ABC_membrane	47	272	1.3e-33	117.6
TkA02G177410	`PF10003`	DUF2244	143	185	0.11	12.9
TkA02G177410	`PF00005`	ABC_tran	363	510	6.3e-27	95.6
TkA02G177410	`PF00006`	ATP-synt_ab	365	397	0.19	12.0
TkA02G177410	`PF13476`	AAA_23	368	393	0.08	14.3
TkA02G177410	`PF13555`	AAA_29	370	393	0.0021	18.5
TkA02G177410	`PF01078`	Mg_chelatase	372	416	0.2	11.7
TkA02G177410	`PF12846`	AAA_10	374	406	0.34	10.6
TkA02G177410	`PF02463`	SMC_N	375	394	2e-05	24.9
TkA02G177410	`PF01926`	MMR_HSR1	376	395	0.013	16.4
TkA02G177410	`PF01935`	DUF87	376	406	0.035	14.9
TkA02G177410	`PF13304`	AAA_21	376	396	0.043	14.5
TkA02G177410	`PF13604`	AAA_30	376	405	0.16	12.4
TkA02G177410	`PF00931`	NB-ARC	377	397	0.68	10.2
TkA02G177410	`PF19044`	P-loop_TraG	378	435	0.043	13.2
TkA02G177410	`PF13401`	AAA_22	378	408	0.068	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK64`	拟南芥	sp\|Q9LK64\|AB3C_ARATH ABC transporter C family member 3	66.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LK62`	拟南芥	sp\|Q9LK62\|AB7C_ARATH ABC transporter C family member 7	61.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZZ4`	拟南芥	sp\|Q8VZZ4\|AB6C_ARATH ABC transporter C family member 6	61.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M1C7`	拟南芥	sp\|Q9M1C7\|AB9C_ARATH ABC transporter C family member 9	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q7FB56`	拟南芥	sp\|Q7FB56\|AB15C_ARATH Putative ABC transporter C family member 15	57.500%	Swiss-Prot	高置信

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