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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G168540
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 43219318-43221360 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2043 bp · TkA02G168540|TK1151|cDNA

ATGGATCTTGATTTGCAGACCTGTGCCCGTCAATTACAAACCATCACTTCTCATCTTTTGACCAAACAAGGCAAACCATTACACCTCTTGTTTCTCAAAAAGGGCGTCTTCCCTTCCTCGATTACTTTGGCTAACCGTCTTCTTCAGATGTATGTTAAATGTGACCATTTGGATGATGCTCGGAAACTGTTTGATGAAATGCCTCAAAGAAACTGCTTCACCTGGAACTCTATGGTCGAAGGCTATGTCAAATCACGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · TkA02G168540|TK1151|CDS

ATGGATCTTGATTTGCAGACCTGTGCCCGTCAATTACAAACCATCACTTCTCATCTTTTGACCAAACAAGGCAAACCATTACACCTCTTGTTTCTCAAAAAGGGCGTCTTCCCTTCCTCGATTACTTTGGCTAACCGTCTTCTTCAGATGTATGTTAAATGTGACCATTTGGATGATGCTCGGAAACTGTTTGATGAAATGCCTCAAAGAAACTGCTTCACCTGGAACTCTATGGTCGAAGGCTATGTCAAATCACGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

680 aa · TkA02G168540|TK1151|PROTEIN

MDLDLQTCARQLQTITSHLLTKQGKPLHLLFLKKGVFPSSITLANRLLQMYVKCDHLDDARKLFDEMPQRNCFTWNSMVEGYVKSRNNQESLHLFNAMPHKNTFSWNMIISGSIKANKLDLARKFFNEMPVKNGVAWNSMIHGYAENRQSAEAINLFKDLKSSCDGVDIYVLATVFGACTDLLALKLGKIIHGYIVVNGVKIDSVLESSIVNMYGKCGDLDSASLMLHTLPYPDDFSLSSLISAYSNKGKLTDAKRIFSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G168540
TK1151 IDTkA02G168540
OH-1004 IDLXL04_011659
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G168540
位置Chr02:43219318-43221360 (+)
描述Similar to PCMP-E5: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77010, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g77010 假定的五螺旋肽重复蛋白At1g77010，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g19191 含五重复肽的蛋白质 At4g19191，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011659 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G77010
ath:AT2G13600
ath:AT2G22070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.597
排名 1 · TkA02G168540 · TK1151
质体0.227
排名 2 · TkA02G168540 · TK1151
细胞核0.052
排名 3 · TkA02G168540 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkA02G168540 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA02G168540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10037MRP-S2733-76 aa
PF23276TPR_2435-97 aa
PF17049AEP142-88 aa
PF14559TPR_1943-70 aa
PF13041PPR_244-72 aa
PF01535PPR45-72 aa
PF13812PPR_345-72 aa
PF29070MSC6_N45-111 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G168540PF10037MRP-S2733760.008415.8
TkA02G168540PF23276TPR_2435971.5e-1041.8
TkA02G168540PF17049AEP142880.0006819.5
TkA02G168540PF14559TPR_1943701e-0939.3
TkA02G168540PF13041PPR_244722.1e-72239.7
TkA02G168540PF01535PPR45726.2e-82265.0
TkA02G168540PF13812PPR_345725.1e-1349.6
TkA02G168540PF29070MSC6_N451114e-0730.2
TkA02G168540PF13428TPR_1446677.2e-1142.4
TkA02G168540PF12854PPR_150679.3e-53176.4
TkA02G168540PF12854PPR_170989.3e-53176.4
TkA02G168540PF13041PPR_2711022.1e-72239.7
TkA02G168540PF13812PPR_371985.1e-1349.6
TkA02G168540PF01535PPR731016.2e-82265.0
TkA02G168540PF29070MSC6_N741574e-0730.2
TkA02G168540PF23276TPR_24761591.5e-1041.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49287拟南芥sp|O49287|PP127_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77010, mitochondrial54.400%Swiss-Prot高置信
P0C8Q2拟南芥sp|P0C8Q2|PP323_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial26.400%Swiss-Prot低置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360037.300%Swiss-Prot中等置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic28.100%Swiss-Prot低置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial28.500%Swiss-Prot低置信

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