RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G158640
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 40671964-40674270 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1162 bp · TkA02G158640|TK1151|cDNA

ATGAAAGAACCTTCTTCTGATCCAATCTATTCCAATGACGATGACAAGAACTTGGAATGGTTGCTTGAAGTCTTTGGTTCAAAAGTATCCCCTGATGACATGGCATCTGCCTACTACCAAGCAAGGGGTGATATACACAAAGCTAATGAAATACTTTGCAATATGCTTGGAAGCTCTTCCAGCAATGGCACACACATTTCAACTGATGATTTGACTAGTACCCACACATCATCAGTCGGTTCTTCCATGAGTACAACTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · TkA02G158640|TK1151|CDS

ATGAAAGAACCTTCTTCTGATCCAATCTATTCCAATGACGATGACAAGAACTTGGAATGGTTGCTTGAAGTCTTTGGTTCAAAAGTATCCCCTGATGACATGGCATCTGCCTACTACCAAGCAAGGGGTGATATACACAAAGCTAATGAAATACTTTGCAATATGCTTGGAAGCTCTTCCAGCAATGGCACACACATTTCAACTGATGATTTGACTAGTACCCACACATCATCAGTCGGTTCTTCCATGAGTACAACTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

291 aa · TkA02G158640|TK1151|PROTEIN

MKEPSSDPIYSNDDDKNLEWLLEVFGSKVSPDDMASAYYQARGDIHKANEILCNMLGSSSSNGTHISTDDLTSTHTSSVGSSMSTTHQNSVRSPLPYTLSSNSVIVLADKLPEVLDFSKDLSSLEPAAKMQLKYLAEEMQAISKGLEKVVQELSMAENDGPISESFRKALKDFLCSAEGEARSVASLYSNVGKNVDALIIYFGEDPARCPYEQVVSTLVKFVRMFNQLNEENAKLLEAERKKAEKEASSNEKLKQESQFY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G158640
TK1151 IDTkA02G158640
OH-1004 IDLXL04_036205
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)86.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.189 / OH-1004 96.947
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G158640
位置Chr02:40671964-40674270 (+)
描述Similar to FH13: Formin-like protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58160 类formin蛋白13。 暂无已核实直接文献
At2g25050 类formin蛋白18。 暂无已核实直接文献
At3g32400 类 Formin 蛋白 17。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0280200 Formin 样蛋白 6。 暂无已核实直接文献
Os02g0794900 类Formin蛋白7。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036205 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分
GO:0090406 pollen tube 细胞组分
GO:0003779 actin binding 分子功能
GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G25050
ath:AT3G32400
ath:AT5G58160
dosa:Os02g0794900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.479
排名 1 · TkA02G158640 · TK1151
细胞核0.437
排名 2 · TkA02G158640 · TK1151
细胞膜0.108
排名 3 · TkA02G158640 · TK1151
高尔基体0.083
排名 4 · TkA02G158640 · TK1151
内质网0.059
排名 5 · TkA02G158640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24767UBA_At5g5872014-56 aa
PF24915Spectrin_SESTD116-91 aa
PF00823PPE34-54 aa
PF25045vWA_Ro6079-153 aa
PF02181FH2105-226 aa
PF24915Spectrin_SESTD1120-152 aa
PF00823PPE127-185 aa
PF10824T7SS_ESX_EspC132-195 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G158640PF24767UBA_At5g5872014562e-1350.7
TkA02G158640PF24915Spectrin_SESTD116910.04514.9
TkA02G158640PF00823PPE34540.05414.2
TkA02G158640PF25045vWA_Ro60791530.06713.8
TkA02G158640PF02181FH21052261.5e-2694.2
TkA02G158640PF24915Spectrin_SESTD11201520.04514.9
TkA02G158640PF00823PPE1271850.05414.2
TkA02G158640PF10824T7SS_ESX_EspC1321950.2112.8
TkA02G158640PF30343Don_juan1361690.0216.2
TkA02G158640PF27242FAM120A1391540.06414.4
TkA02G158640PF27242FAM120A1872610.06414.4
TkA02G158640PF08514STAG2132550.3211.6
TkA02G158640PF24915Spectrin_SESTD12202380.04514.9
TkA02G158640PF10824T7SS_ESX_EspC2262530.2112.8
TkA02G158640PF02181FH22382711.5e-2694.2
TkA02G158640PF30343Don_juan2382570.0216.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LVN1拟南芥sp|Q9LVN1|FH13_ARATH Formin-like protein 1373.400%Swiss-Prot低置信
Q9SK28拟南芥sp|Q9SK28|FH18_ARATH Formin-like protein 1868.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LH02拟南芥sp|Q9LH02|FH17_ARATH Formin-like protein 1764.400%Swiss-Prot中等置信
Q6ZCX3水稻sp|Q6ZCX3|FH6_ORYSJ Formin-like protein 670.400%Swiss-Prot低置信
Q6K8Z4水稻sp|Q6K8Z4|FH7_ORYSJ Formin-like protein 763.800%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看