TkA02G148180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G148180

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 38164579-38168364 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2008 bp · TkA02G148180|TK1151|cDNA

CCTTCCCACCTTGTACTTTGCCAATTTATCCCCCCTTCATCTCACCACAATACTAACCACCTTACCACCCTCTCTTTTTAGCCATATACCATAAACTCGATTGCATTGACCTCTTGCAGGTGATGAAAATGCAACTGCATATATCTCCAAGTTTAAGACATGTCACAGTGTTGCCTGGGAAAGGAGTGAGGGAGTTTATAAAAGTGAAGGTGGGTTTAAGAAGGGTGTCTTATAGAATGGTTTTCTATTCACTTTTGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1617 bp · TkA02G148180|TK1151|CDS

ATGAAAATGCAACTGCATATATCTCCAAGTTTAAGACATGTCACAGTGTTGCCTGGGAAAGGAGTGAGGGAGTTTATAAAAGTGAAGGTGGGTTTAAGAAGGGTGTCTTATAGAATGGTTTTCTATTCACTTTTGTTCTTCACGTTTCTTCTTCGGTTTGTCTTTGTGTTGACCGCGGTCGATACCATTGATGGTCAAACCAAATGCTCTTCAATCGGTTGTCTACGGGGGAAATTAGGACCCAGCATGTTGCACAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

538 aa · TkA02G148180|TK1151|PROTEIN

MKMQLHISPSLRHVTVLPGKGVREFIKVKVGLRRVSYRMVFYSLLFFTFLLRFVFVLTAVDTIDGQTKCSSIGCLRGKLGPSMLHKNLQSNVPEVIYQILEDPSSKYDIPEGSESDIPQTLEDFVSSLKGNSRPDAKTFAIKLKSMVTLLEQRTRKAKIQEYLYRHVASSSIPKQLHCLALRLATEHATNAAARRQIPSPELVPTLVDNSYFHFVLASDNILAASVVATSLVYNSLHPETVVVHIITDRKTYSPMQAWFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G148180`
TK1151 ID	TkA02G148180
OH-1004 ID	LXL04_037511
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.442 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G148180

位置 Chr02:38164579-38168364 (-)

描述 Similar to GAUT12: Probable galacturonosyltransferase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54690`	参与果胶组装和/或分布，以及次生壁葡萄糖醛酸木聚糖的合成。	The Arabidopsis irregular xylem8 mutant is deficient in glucuronoxylan and homogalacturonan, which are essential for secondary cell wall integrity.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047720 Arabidopsis irregular xylem8 and irregular xylem9: implications for the complexity of glucuronoxylan biosynthesis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049320 Comparison of five xylan synthesis mutants reveals new insight into the mechanisms of xylan synthesis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03307.x
`At3g01040`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成（通过相似性推测）。	Arabidopsis galacturonosyltransferase (GAUT) 13 and GAUT14 have redundant functions in pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst084
`At5g15470`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成（通过相似性推测）。	Arabidopsis galacturonosyltransferase (GAUT) 13 and GAUT14 have redundant functions in pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst084
`At3g58790`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At3g02350`	可能参与果胶的合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037511 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010413 glucuronoxylan metabolic process 生物过程

GO:0010417 glucuronoxylan biosynthetic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0052325 cell wall pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01040

ath:AT3G58790

ath:AT5G15470

ath:AT5G47780

ath:AT5G54690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.817

排名 1 · TkA02G148180 · TK1151

内质网0.085

排名 2 · TkA02G148180 · TK1151

细胞质0.060

排名 3 · TkA02G148180 · TK1151

细胞膜0.055

排名 4 · TkA02G148180 · TK1151

细胞外0.049

排名 5 · TkA02G148180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11254DUF3053158-230 aa

PF01501Glyco_transf_8211-511 aa

PF18404Glyco_transf_24334-395 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G148180	`PF11254`	DUF3053	158	230	0.34	11.2
TkA02G148180	`PF01501`	Glyco_transf_8	211	511	2.7e-71	240.8
TkA02G148180	`PF18404`	Glyco_transf_24	334	395	1.5e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FH36`	拟南芥	sp\|Q9FH36\|GAUTC_ARATH Probable galacturonosyltransferase 12	77.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WV13`	拟南芥	sp\|Q0WV13\|GAUTD_ARATH Probable galacturonosyltransferase 13	54.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GWT1`	拟南芥	sp\|Q8GWT1\|GAUTE_ARATH Probable galacturonosyltransferase 14	55.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L4B0`	拟南芥	sp\|Q8L4B0\|GAUTF_ARATH Probable galacturonosyltransferase 15	41.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FWA4`	拟南芥	sp\|Q9FWA4\|GAUT9_ARATH Probable galacturonosyltransferase 9	43.100%	Swiss-Prot	中等置信

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