TkA02G107860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G107860

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 28204020-28213219 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1263 bp · TkA02G107860|TK1151|cDNA

GAAGATGCTACTGTTCATGTTTTTAACAAGAATGGCATCTTCAATCTCTCTCTTATTTTTGTCTCTCTCAACTGGTTTCGGGGGGGAACCAGTGGTAGTCGGCTGTATTGTAGAGAGAAGGAGATGGCGATTCTTCAGGTTATGTCGTCCCTCATTCCATCTTCCTCGCCGATTCCCTTATCTAAATGTCAAATTCCGCCAAATTCCGTCTACCTATCATCAATTGATCAGTACCAGCATCCTCGATTCTCATCTTTGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · TkA02G107860|TK1151|CDS

GAAGATGCTACTGTTCATGTTTTTAACAAGAATGGCATCTTCAATCTCTCTCTTATTTTTGTCTCTCTCAACTGGTTTCGGGGGGGAACCAGTGGTAGTCGGCTGTATTGTAGAGAGAAGGAGATGGCGATTCTTCAGGTTATGTCGTCCCTCATTCCATCTTCCTCGCCGATTCCCTTATCTAAATGTCAAATTCCGCCAAATTCCGTCTACCTATCATCAATTGATCAGTACCAGCATCCTCGATTCTCATCTTTGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · TkA02G107860|TK1151|PROTEIN

EDATVHVFNKNGIFNLSLIFVSLNWFRGGTSGSRLYCREKEMAILQVMSSLIPSSSPIPLSKCQIPPNSVYLSSIDQYQHPRFSSLCSLSKRNSTSSRRHSGFTVTCSGNDSASIINESTEFVKEKSVSVVLLAGGKGTRMGASMPKQYLPLLGQPIALYSFYTFSKMPEVKEIIVVCDPSYRDIFEGAGEKINVGLKFALPGKERQDSVYSGLQAIDLNSELGCIHDSARPLVTCSDVQKVLIDGLRVGASVLGVPAKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G107860`
TK1151 ID	TkA02G107860
OH-1004 ID	LXL04_016719
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.423 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G107860

位置 Chr02:28204020-28213219 (+)

描述 Similar to ISPD: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02500`	色素体非甲羟戊酸(MEP)途径异戊二烯生物合成酶，催化由CTP和2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)生成4-二磷酸胞苷-2-C-甲基-D-赤藓糖醇的反应。	Biosynthesis of terpenoids: 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase of Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.12.6451 Antisense and chemical suppression of the nonmevalonate pathway affects ent-kaurene biosynthesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1007/s00425-002-0762-0 Chloroplast localization of methylerythritol 4-phosphate pathway enzymes and regulation of mitochondrial genes in ispD and ispE albino mutants in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9297-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0887000`	色素体非甲羟戊酸(MEP)途径异戊二烯生物合成酶，催化由CTP和2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)生成4-二磷酸胞苷-2-C-甲基-D-赤藓糖醇的反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016719 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0050518 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G02500

cca:CCA_00162

cpa:CP_0169

cpj:yacM

cpn:CPn_0579

cpt:CpB0603

dosa:Os01g0887000

pcu:PC_RS01595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.967

排名 1 · TkA02G107860 · TK1151

线粒体0.042

排名 2 · TkA02G107860 · TK1151

细胞质0.039

排名 3 · TkA02G107860 · TK1151

细胞核0.033

排名 4 · TkA02G107860 · TK1151

过氧化物酶体0.024

排名 5 · TkA02G107860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01513NAD_kinase95-174 aa

PF01704UDPGP126-150 aa

PF01128IspD128-348 aa

PF12804NTP_transf_3130-190 aa

PF00483NTP_transferase131-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G107860	`PF01513`	NAD_kinase	95	174	0.12	13.4
TkA02G107860	`PF01704`	UDPGP	126	150	0.02	14.4
TkA02G107860	`PF01128`	IspD	128	348	8.6e-53	180.1
TkA02G107860	`PF12804`	NTP_transf_3	130	190	3.6e-08	34.5
TkA02G107860	`PF00483`	NTP_transferase	131	201	0.00026	21.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P69834`	拟南芥	sp\|P69834\|ISPD_ARATH 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic	81.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N8G1`	水稻	sp\|Q5N8G1\|ISPD_ORYSJ 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic	75.000%	Swiss-Prot	高置信

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