TkA02G103280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G103280

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 27023453-27033151 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3255 bp · TkA02G103280|TK1151|cDNA

TTTAAAAAACTGTTTGGATGATTCTCCATTTCCATAGACGGATTACTTAATTTGTCCCTTTCCTTACGTACGAACGTTATAAATTTTTCATGTGCATTTTATAACTAGTTAGATACAAAATTTAATCCCCATTACTTCGTTCACCTACGACACGATTTTAACAAATTAAAGATATAATTCTGTCGTATATCTAAAACAAAGAATTTTTTTACCGAAACTAGTCAAATATTTATTCTCACTGTTTTAGTATTTTCTCACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1848 bp · TkA02G103280|TK1151|CDS

ATGGGAAGTGTTTATGCATACGGGGCAAAACTCCTATCTCAAGGGTTACTTCCTGGCTTCGAGGCTATTTTTGACAAAATATCGGACAAAATAGTCGGCACGCTTGAGAATATTTTACAAACCAAGTTTGCGAATGTATCCAGCAACACTTTTAATGAGTTTTCATCGTTTGACGATGTGCTTAAGCTTTATAAAGGCGGGCTTCCATTACCAAAATCTGATTTTCTTGAAAGCCTTCGGGAGAAGATTCCGTTTGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

615 aa · TkA02G103280|TK1151|PROTEIN

MGSVYAYGAKLLSQGLLPGFEAIFDKISDKIVGTLENILQTKFANVSSNTFNEFSSFDDVLKLYKGGLPLPKSDFLESLREKIPFEFLRELLRSDGEQLLKFPTPQVIQGDESAWMKDEEFGREMLAGINPVVIRRLQEFPPCSKLDPIKFGNQNSTMSIDHIKDQLDGLSVLEAINNNKLFILDHHDPLMPYLRGINETTTKIYATRTILFLKKDGTLKPVAIELSLPHPDGDEFGVISTVHTPALEGIKGTIWLLAKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G103280`
TK1151 ID	TkA02G103280
OH-1004 ID	LXL04_016782
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 68.993 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G103280

位置 Chr02:27023453-27033151 (-)

描述 Similar to LOX1.5: Probable linoleate 9S-lipoxygenase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22400`	9S-脂氧合酶，可以使用亚油酸或亚麻酸作为底物。	Facilitation of Fusarium graminearum Infection by 9-Lipoxygenases in Arabidopsis and Wheat.2015 · DOI: 10.1094/mpmi-04-15-0096-r Enzymatic and Non-Enzymatic Mechanisms Contribute to Lipid Oxidation During Seed Aging.2017 · DOI: 10.1093/pcp/pcx036

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016782 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0031408 oxylipin biosynthetic process 生物过程

GO:0034440 lipid oxidation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016165 linoleate 13S-lipoxygenase activity 分子功能

GO:0016702 oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:1990136 linoleate 9S-lipoxygenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAB31252

sly:543994

sot:102577714

sot:102602528

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.375

排名 1 · TkA02G103280 · TK1151

溶酶体／液泡0.169

排名 2 · TkA02G103280 · TK1151

内质网0.155

排名 3 · TkA02G103280 · TK1151

细胞外0.116

排名 4 · TkA02G103280 · TK1151

细胞膜0.104

排名 5 · TkA02G103280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00305Lipoxygenase30-598 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G103280	`PF00305`	Lipoxygenase	30	598	3.8e-255	849.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUW0`	拟南芥	sp\|Q9LUW0\|LOX5_ARATH Linoleate 9S-lipoxygenase 5	66.100%	Swiss-Prot	高置信

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