TkA02G094610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G094610

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 24706077-24708393 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1183 bp · TkA02G094610|TK1151|cDNA

ATTTTGAGAAAATCAAGAATTTAGAGAGAAAGAGCGCATAAAAGACGATAATATTACTCGTTTGCCCCTGTACTTTGAAAATAGTGAAGAATAGAAGCCAACAATAAAAGGCTTCAACTTACAATTTACGAAAGAGATTTGCCGCGAAGTTAAAGTTCAACCACATATCAGATGGCTCACCAGATTTCACCTCTGCCATTAACAGCAACAAGCTTCCCCCTTTTTCAGCATTCTTCTTGTTTCATTACCAATCCTGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

774 bp · TkA02G094610|TK1151|CDS

ATGGCTCACCAGATTTCACCTCTGCCATTAACAGCAACAAGCTTCCCCCTTTTTCAGCATTCTTCTTGTTTCATTACCAATCCTGTTTTCCTTTCATCATCGCCTATCTCACACAAATCAATTTACTCACTACCGAGAAGACCTTCGTTAACCTACCACAAACCCTTACGCCATGGAACTGAAAAGAACGCGAGATTATCGAGAGCCAGGGTATCTTTCTTTCAGTTTTTTTCGAAGAAAGATGAAGGCTTTGAGAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

257 aa · TkA02G094610|TK1151|PROTEIN

MAHQISPLPLTATSFPLFQHSSCFITNPVFLSSSPISHKSIYSLPRRPSLTYHKPLRHGTEKNARLSRARVSFFQFFSKKDEGFENLLKQELLETISPLDRGADATVEQRDRVDQIAQKLEAVNKVKEPLKSELLNGKWELLYTTSQSILQTNRPKILRANGKIYQAINVDTLRAQNMETWPFFNQATANLVPINARRVAVKFDAFKVLGLIPIKARGSGRGQLEITYLDEELRISRGNEGNLFILKMVDPTYRVPV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G094610`
TK1151 ID	TkA02G094610
OH-1004 ID	LXL04_016893
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.541 / OH-1004 63.823 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G094610

位置 Chr02:24706077-24708393 (-)

描述 Similar to PAP4: Probable plastid-lipid-associated protein 4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26070`	可能的质体脂质相关蛋白4，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At3g26080`	可能的质体脂类相关蛋白5，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At3g23400`	质体球发育和抵抗多种应力所必需的。	FIBRILLIN4 is required for plastoglobule development and stress resistance in apple and Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164095

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0422000`	通过与茄尼基二磷酸合酶SPS2互作，参与质体醌-9（PQ-9）生物合成，并对此过程必不可少。	Conserved Function of Fibrillin5 in the Plastoquinone-9 Biosynthetic Pathway in Arabidopsis and Rice.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.01197

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016893 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010117 photoprotection 生物过程

GO:0010236 plastoquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010287 plastoglobule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G26070

ath:AT3G26080

ath:AT5G19940

dosa:Os04g0422000

osa:4335835

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.988

排名 1 · TkA02G094610 · TK1151

线粒体0.020

排名 2 · TkA02G094610 · TK1151

细胞核0.014

排名 3 · TkA02G094610 · TK1151

细胞质0.014

排名 4 · TkA02G094610 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA02G094610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04755PAP_fibrillin87-247 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G094610	`PF04755`	PAP_fibrillin	87	247	9.3e-38	130.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LU85`	拟南芥	sp\|Q9LU85\|PAP4_ARATH Probable plastid-lipid-associated protein 4, chloroplastic	64.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6DBN2`	拟南芥	sp\|Q6DBN2\|PAP5_ARATH Probable plastid-lipid-associated protein 5, chloroplastic	56.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LW57`	拟南芥	sp\|Q9LW57\|PAP6_ARATH Plastid-lipid-associated protein 6, chloroplastic	29.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q0JD85`	水稻	sp\|Q0JD85\|PAP7_ORYSJ Fibrillin protein 5 homolog	27.500%	Swiss-Prot	低置信

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