TkA02G084500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G084500

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 21942876-21943891 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · TkA02G084500|TK1151|cDNA

ATGGCTGAAGCAGTAGCAACAGGTGCTGGTGTGGCAGCAACTGTTATCCAAGCTAAGGCAATATTATTGCAACCATTAAAGCAAACAATTGCATCATCCAATGATATGGACGAAATCTATGGAGAGTTAGGTCGTGTAATGGAAACACTCATTGCAAGAAGAAACGATCATGATGAAGACCGCCTTTCGGATGTGGTTGCAAAAGAAGTAGATGAATTAAAAGTCAGATACACTAAGGAAAATAAACGGTCACCATGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · TkA02G084500|TK1151|CDS

ATGGCTGAAGCAGTAGCAACAGGTGCTGGTGTGGCAGCAACTGTTATCCAAGCTAAGGCAATATTATTGCAACCATTAAAGCAAACAATTGCATCATCCAATGATATGGACGAAATCTATGGAGAGTTAGGTCGTGTAATGGAAACACTCATTGCAAGAAGAAACGATCATGATGAAGACCGCCTTTCGGATGTGGTTGCAAAAGAAGTAGATGAATTAAAAGTCAGATACACTAAGGAAAATAAACGGTCACCATGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · TkA02G084500|TK1151|PROTEIN

MAEAVATGAGVAATVIQAKAILLQPLKQTIASSNDMDEIYGELGRVMETLIARRNDHDEDRLSDVVAKEVDELKVRYTKENKRSPWFSINARSNFTKKMKKTAFWVVTLIEENNHLVDVLVDKKPACVIDMLTSQITNIPTLQQSLEETLDLLCNKEVSDIKIYGLVGSGKRIIMKNLNNHIKVAEMFDIVIWVSVSRKGNMKHRDINQIQQDIIERLELNIGITSNVDLIANRIRAELTNIKYLLLLDDVNEDLDLDKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G084500`
TK1151 ID	TkA02G084500
OH-1004 ID	LXL04_016996
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G084500

位置 Chr02:21942876-21943891 (+)

描述 Similar to At5g43740: Probable disease resistance protein At5g43740

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12220`	抗病蛋白，特异性识别来自丁香假单胞菌的 avrPphB III 型效应无毒蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61300`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g51480`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g26090`	疾病抗性（R）蛋白，能特异性识别来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas syringae）的AvrRpt2 III型效应子致病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g12280`	抗病蛋白，可介导对细菌病原体番茄青枯假单胞菌（Pseudomonas syringae pv tomato）DC3000株及高毒性卵菌Hyaloperonospora arabidopsidis Noco2分离株的防御反应。	The MEKK1-MKK1/MKK2-MPK4 kinase cascade negatively regulates immunity mediated by a mitogen-activated protein kinase kinase kinase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097253

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016996 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12220

ath:AT4G26090

ath:AT5G43730

ath:AT5G43740

ath:AT5G63020

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.699

排名 1 · TkA02G084500 · TK1151

细胞质0.146

排名 2 · TkA02G084500 · TK1151

内质网0.115

排名 3 · TkA02G084500 · TK1151

细胞核0.089

排名 4 · TkA02G084500 · TK1151

细胞外0.054

排名 5 · TkA02G084500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23302HTH_DNAJC940-80 aa

PF25201nSTAND641-87 aa

PF14535AMP-binding_C_2119-125 aa

PF00931NB-ARC143-306 aa

PF25201nSTAND6157-196 aa

PF14535AMP-binding_C_2189-233 aa

PF14535AMP-binding_C_2255-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G084500	`PF23302`	HTH_DNAJC9	40	80	0.11	13.5
TkA02G084500	`PF25201`	nSTAND6	41	87	0.046	14.5
TkA02G084500	`PF14535`	AMP-binding_C_2	119	125	0.24	12.4
TkA02G084500	`PF00931`	NB-ARC	143	306	2.1e-29	103.0
TkA02G084500	`PF25201`	nSTAND6	157	196	0.046	14.5
TkA02G084500	`PF14535`	AMP-binding_C_2	189	233	0.24	12.4
TkA02G084500	`PF14535`	AMP-binding_C_2	255	297	0.24	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64973`	拟南芥	sp\|O64973\|RPS5_ARATH Disease resistance protein RPS5	31.300%	Swiss-Prot	中等置信
`O64790`	拟南芥	sp\|O64790\|DRL17_ARATH Probable disease resistance protein At1g61300	32.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C8K0`	拟南芥	sp\|Q9C8K0\|DRL5_ARATH Probable disease resistance protein At1g51480	37.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q42484`	拟南芥	sp\|Q42484\|RPS2_ARATH Disease resistance protein RPS2	35.600%	Swiss-Prot	中等置信
`P60838`	拟南芥	sp\|P60838\|SUMM2_ARATH Disease resistance protein SUMM2	34.900%	Swiss-Prot	低置信

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