TkA02G076440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G076440

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 19842799-19844380 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1221 bp · TkA02G076440|TK1151|cDNA

TCCATCAACAGGTGCAGGCAGGAGAACATCAACCATTTCCCAAAGTGACAAAGGCGGTGATGGAATTAAAATAGAAGATTCTCACACAGACAGAAGCTTTGGAGAGAAAAAACTAAGAACATCAGTAGAAGAAGGCCCTTCAATAACCGAGCTAAGTGGCTACAATTTCAAAAGACAAGAATTTTGAATCGAATACGATAACGATGCCGAACAATTACTCGCTGACATGGAATTCAAAGAAGCCGACACCGATGCTGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · TkA02G076440|TK1151|CDS

ATGCGCTTTCATACTAAAGAAGAACATCAAGAGTTGCTTAAAACCGTCATTGAAGAACACCGTATTCGCAAAAGAATCAAGGATTTACAGGAAGCACGAGCTGCTGGGTGTCGTACGTCTGCGGATGCTGAAAGATATATTGAACAGAACAGGAAAAGAGAAGCTGATGAAAATTCACGGAGGATTAATAATACTAATAATAATAATATTAGTAATAATATAAATAATGTTAATAATAATAATAGTAATAATATACAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · TkA02G076440|TK1151|PROTEIN

MRFHTKEEHQELLKTVIEEHRIRKRIKDLQEARAAGCRTSADAERYIEQNRKREADENSRRINNTNNNNISNNINNVNNNNSNNIQPGPSGKFLQRANHLKRDVDGKDTGGGLAIASLDDWDVTGHLGADLLSEAEKRLCTEIRVLPVHYLSMLEKLSIEILNGNISQKSDAHRLFNVDATKVTPTKTNKHQQHPKAPPQNIDVGAKL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G076440`
TK1151 ID	TkA02G076440
OH-1004 ID	LXL04_001820
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.981 / OH-1004 32.971 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G076440

位置 Chr02:19842799-19844380 (-)

描述 Similar to ADA2: Transcriptional adapter ADA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07740`	对某些酸性激活结构域的功能是必需的，这些结构域可从远端位点激活转录。	暂无已核实直接文献
`At4g16420`	对某些酸性激活结构域的功能是必需的，这些结构域可从远端位点激活转录。	Disruption mutations of ADA2b and GCN5 transcriptional adaptor genes dramatically affect Arabidopsis growth, development, and gene expression.2003 · DOI: 10.1105/tpc.007922 PROPORZ1, a putative Arabidopsis transcriptional adaptor protein, mediates auxin and cytokinin signals in the control of cell proliferation.2003 · DOI: 10.1016/s0960-9822(03)00327-0 Arabidopsis thaliana transcriptional co-activators ADA2b and SGF29a are implicated in salt stress responses.2011 · DOI: 10.1007/s00425-010-1337-0

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0750800`	对某些酸性激活结构域的功能必需，这些结构域能够从远端位置激活转录（通过相似性）。	Rice Homeodomain Protein WOX11 Recruits a Histone Acetyltransferase Complex to Establish Programs of Cell Proliferation of Crown Root Meristem.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00908

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000183 rDNA heterochromatin formation 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0010520 regulation of reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0010811 positive regulation of cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0030447 filamentous growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07740

ath:AT4G16420

cal:CAALFM_C110860CA

dosa:Os03g0750800

sce:YDR448W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478

排名 1 · TkA02G076440 · TK1151

细胞核0.447

排名 2 · TkA02G076440 · TK1151

细胞膜0.074

排名 3 · TkA02G076440 · TK1151

线粒体0.045

排名 4 · TkA02G076440 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA02G076440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07767Nop536-73 aa

PF22575Vir1p50-86 aa

PF24533Tri-helical_Ada2b_C131-153 aa

PF07767Nop53154-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G076440	`PF07767`	Nop53	6	73	0.015	15.4
TkA02G076440	`PF22575`	Vir1p	50	86	5.2	5.3
TkA02G076440	`PF24533`	Tri-helical_Ada2b_C	131	153	0.084	13.4
TkA02G076440	`PF07767`	Nop53	154	193	0.015	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFD5`	拟南芥	sp\|Q9SFD5\|TAD2A_ARATH Transcriptional adapter ADA2a	46.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ATB4`	拟南芥	sp\|Q9ATB4\|TAD2B_ARATH Transcriptional adapter ADA2b	40.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q75LL6`	水稻	sp\|Q75LL6\|TADA2_ORYSJ Transcriptional adapter ADA2	40.900%	Swiss-Prot	中等置信

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