TkA02G050030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G050030

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 13057669-13062624 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3462 bp · TkA02G050030|TK1151|cDNA

TAAACATGGTGGTGTTAATATAATACGTTAAATTTATACAAGTTCTTCAATACAGTTATTAACGTACATATGCAAAAATAAATAACAATAAAAATCTATGCGTTCATTCATGTGGAAATTTTTATCGTTTCCGGCGATTAAATTTGTCACTTGCATTACAAGTCCATGGACACCGAAGACGATACCGGCGTCCGGCCGGCGGTTCCGTAAAATATCCGCCTCATGACCTCATCGTCATCACACTCATCATATCTATCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1887 bp · TkA02G050030|TK1151|CDS

ATGATGGCGACGAAACTCTTTCTAGGGTTCATGCTATTGAGCTGCTTCTATCATCAATCGGCAATGGGTCGTTTCGTGGTGGAAAAAAACAGCTTAACTGTATCTTCACCTGAAAGCATCAAGGGAAATCACGATACTGCAATCGGGAACTTCGGTATTCCTCAATACGGCGGTAGTATGGCGGGGACTGTCAGTTACCCAAAAGAAAACAGAAAAGGCTGTCGCGAATTCAACGAATTTGGGATTTCTTTTAAAGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

628 aa · TkA02G050030|TK1151|PROTEIN

MMATKLFLGFMLLSCFYHQSAMGRFVVEKNSLTVSSPESIKGNHDTAIGNFGIPQYGGSMAGTVSYPKENRKGCREFNEFGISFKAKPGTLPAFVLLDRGDCFFALKVWNAQNAGASAVLVADDLDEPLITMDTPEEDSASSKYIENITIPSALISKTFGESLKKSLSSGEMVNVNLDWRESVPHPDDRVEYELWTNSNDECGIKCDMLMDFVKNFKGAAQILEKGGYTLFTPHYITWYCPQAFTISKQCKSQCINHGRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G050030`
TK1151 ID	TkA02G050030
OH-1004 ID	LXL04_017329
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G050030

位置 Chr02:13057669-13062624 (-)

描述 Similar to VSR3: Vacuolar-sorting receptor 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g14740`	液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	暂无已核实直接文献
`At2g14720`	液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	暂无已核实直接文献
`At3g52850`	液泡分选受体参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	Vacuolar sorting receptor for seed storage proteins in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1073/pnas.2530568100
`At2g30290`	液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017329 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0007034 vacuolar transport 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G14720

ath:AT2G14740

ath:AT2G30290

ath:AT3G52850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.396

排名 1 · TkA02G050030 · TK1151

高尔基体0.289

排名 2 · TkA02G050030 · TK1151

细胞质0.217

排名 3 · TkA02G050030 · TK1151

细胞膜0.176

排名 4 · TkA02G050030 · TK1151

内质网0.165

排名 5 · TkA02G050030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225PA63-163 aa

PF25011VSR_TRX190-397 aa

PF07645EGF_CA248-257 aa

PF12661hEGF254-260 aa

PF07645EGF_CA417-449 aa

PF12661hEGF438-450 aa

PF12662cEGF447-450 aa

PF12661hEGF476-479 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G050030	`PF02225`	PA	63	163	5e-15	56.1
TkA02G050030	`PF25011`	VSR_TRX	190	397	3.8e-104	347.6
TkA02G050030	`PF07645`	EGF_CA	248	257	0.0011	19.9
TkA02G050030	`PF12661`	hEGF	254	260	0.022	15.9
TkA02G050030	`PF07645`	EGF_CA	417	449	0.0011	19.9
TkA02G050030	`PF12661`	hEGF	438	450	0.022	15.9
TkA02G050030	`PF12662`	cEGF	447	450	6.3e-08	33.0
TkA02G050030	`PF12661`	hEGF	476	479	0.022	15.9
TkA02G050030	`PF12661`	hEGF	493	507	0.022	15.9
TkA02G050030	`PF12662`	cEGF	500	520	6.3e-08	33.0
TkA02G050030	`PF07645`	EGF_CA	500	515	0.0011	19.9
TkA02G050030	`PF07645`	EGF_CA	517	547	0.0011	19.9
TkA02G050030	`PF12662`	cEGF	527	531	6.3e-08	33.0
TkA02G050030	`PF12661`	hEGF	527	530	0.022	15.9
TkA02G050030	`PF12662`	cEGF	531	535	6.3e-08	33.0
TkA02G050030	`PF12661`	hEGF	534	545	0.022	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80977`	拟南芥	sp\|O80977\|VSR3_ARATH Vacuolar-sorting receptor 3	81.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q56ZQ3`	拟南芥	sp\|Q56ZQ3\|VSR4_ARATH Vacuolar-sorting receptor 4	81.200%	Swiss-Prot	高置信
`P93026`	拟南芥	sp\|P93026\|VSR1_ARATH Vacuolar-sorting receptor 1	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`O22925`	拟南芥	sp\|O22925\|VSR2_ARATH Vacuolar-sorting receptor 2	67.300%	Swiss-Prot	高置信

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