TkA02G049910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G049910

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 13019186-13019995 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

648 bp · TkA02G049910|TK1151|cDNA

ATGGCACTTGAAGCTCTCAACTCTCCGGTAACTAACACGGCGGCGGCACCACCCTCCTTCCACTACAAAGACATGAGTTTTCCGACCACCACCGAACCGGAACATCCGACGGAGGATGAGTACTTAGCGTTTTGTCTCATGTTGCTTTCCCGTGGTAGAACTAACACCGACGTTACTCTTCATCAATCGGTTTCTCACAAGTGTAGCGTCTGCAACAAGGCGTTCTCTTCATACCAAGCGCTCGGCGGCCATAAAGCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA02G049910|TK1151|CDS

ATGGCACTTGAAGCTCTCAACTCTCCGGTAACTAACACGGCGGCGGCACCACCCTCCTTCCACTACAAAGACATGAGTTTTCCGACCACCACCGAACCGGAACATCCGACGGAGGATGAGTACTTAGCGTTTTGTCTCATGTTGCTTTCCCGTGGTAGAACTAACACCGACGTTACTCTTCATCAATCGGTTTCTCACAAGTGTAGCGTCTGCAACAAGGCGTTCTCTTCATACCAAGCGCTCGGCGGCCATAAAGCGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA02G049910|TK1151|PROTEIN

MALEALNSPVTNTAAAPPSFHYKDMSFPTTTEPEHPTEDEYLAFCLMLLSRGRTNTDVTLHQSVSHKCSVCNKAFSSYQALGGHKASHRKNVSDDHPSTSATTTASASTSSVLKPSGRTHECSICHRTFPTGQALGGHKRRHYDGNNPTTGPAASGVTTSEKTTSSTHSQPRGFDLGLSVDCAKKSQLFMNEQEVESPHPAKKQRLPVTGELPNY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G049910`
TK1151 ID	TkA02G049910
OH-1004 ID	LXL04_017333
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	77.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.209 / OH-1004 89.761 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G049910

位置 Chr02:13019186-13019995 (-)

描述 Similar to ZAT10: Zinc finger protein ZAT10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04340`	可能的转录因子，调节根部发育以及磷酸盐获取和稳态。	Phosphate homeostasis and root development in Arabidopsis are synchronized by the zinc finger transcription factor ZAT6.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101691
`At1g27730`	参与非生物应激反应的转录阻遏蛋白。	LOS2, a genetic locus required for cold-responsive gene transcription encodes a bi-functional enolase.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.11.2692 Gain- and loss-of-function mutations in Zat10 enhance the tolerance of plants to abiotic stress.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.11.002 Mapping methyl jasmonate-mediated transcriptional reprogramming of metabolism and cell cycle progression in cultured Arabidopsis cells.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711203105 Fine-tuning of early events in the jasmonate response.2008 · DOI: 10.4161/psb.3.10.5993
`At3g19580`	转录阻遏蛋白参与非生物胁迫条件下植物生长的抑制。	Functional identification of an Arabidopsis snf4 ortholog by screening for heterologous multicopy suppressors of snf4 deficiency in yeast.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00809.x Arabidopsis Cys2/His2-type zinc-finger proteins function as transcription repressors under drought, cold, and high-salinity stress conditions.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.046599 Mapping methyl jasmonate-mediated transcriptional reprogramming of metabolism and cell cycle progression in cultured Arabidopsis cells.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711203105 Arabidopsis zinc-finger protein 2 is a negative regulator of ABA signaling during seed germination.2010 · DOI: 10.1016/j.jplph.2010.05.010 Arabidopsis Cys2/His2 zinc-finger proteins AZF1 and AZF2 negatively regulate abscisic acid-repressive and auxin-inducible genes under abiotic stress conditions.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182683 Gene network analysis and functional studies of senescence-associated genes reveal novel regulators of Arabidopsis leaf senescence.2012 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2012.01136.x
`At5g67450`	转录阻遏蛋白参与非生物胁迫条件下植物生长的抑制。	Arabidopsis Cys2/His2-type zinc-finger proteins function as transcription repressors under drought, cold, and high-salinity stress conditions.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.046599 Arabidopsis Cys2/His2 zinc-finger proteins AZF1 and AZF2 negatively regulate abscisic acid-repressive and auxin-inducible genes under abiotic stress conditions.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182683

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017333 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010117 photoprotection 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27730

ath:AT3G19580

ath:AT5G04340

ath:AT5G67450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · TkA02G049910 · TK1151

细胞质0.080

排名 2 · TkA02G049910 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA02G049910 · TK1151

内质网0.014

排名 4 · TkA02G049910 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA02G049910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17123zf-RING_1120-23 aa

PF25194DPC344-110 aa

PF00096zf-C2H254-66 aa

PF22034B129_C2H2-zf54-60 aa

PF24446DUF756557-76 aa

PF23107Zf-C2H2_ZNF451_C61-80 aa

PF12756zf-C2H2_263-88 aa

PF28755DUF845564-78 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G049910	`PF17123`	zf-RING_11	20	23	0.08	13.4
TkA02G049910	`PF25194`	DPC3	44	110	0.11	12.9
TkA02G049910	`PF00096`	zf-C2H2	54	66	5.4e-05	24.1
TkA02G049910	`PF22034`	B129_C2H2-zf	54	60	0.21	12.6
TkA02G049910	`PF24446`	DUF7565	57	76	0.24	12.5
TkA02G049910	`PF23107`	Zf-C2H2_ZNF451_C	61	80	0.04	15.2
TkA02G049910	`PF12756`	zf-C2H2_2	63	88	0.47	11.5
TkA02G049910	`PF28755`	DUF8455	64	78	0.33	11.6
TkA02G049910	`PF24071`	Phage_zn_bind_3	65	87	0.011	16.4
TkA02G049910	`PF04438`	zf-HIT	65	78	0.098	13.1
TkA02G049910	`PF13912`	zf-C2H2_6	66	90	1.1e-25	89.7
TkA02G049910	`PF13894`	zf-C2H2_4	66	88	8.3e-09	36.1
TkA02G049910	`PF00096`	zf-C2H2	66	88	5.4e-05	24.1
TkA02G049910	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	66	88	0.00046	21.0
TkA02G049910	`PF10367`	zf-Vps39_C	67	77	0.031	14.6
TkA02G049910	`PF25299`	ZZ_ADA2	67	92	0.041	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22533`	拟南芥	sp\|O22533\|ZAT6_ARATH Zinc finger protein ZAT6	47.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q96289`	拟南芥	sp\|Q96289\|ZAT10_ARATH Zinc finger protein ZAT10	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SSW2`	拟南芥	sp\|Q9SSW2\|AZF2_ARATH Zinc finger protein AZF2	49.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SSW1`	拟南芥	sp\|Q9SSW1\|AZF1_ARATH Zinc finger protein AZF1	36.000%	Swiss-Prot	中等置信

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