TkA02G047930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G047930

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 12455916-12457484 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

918 bp · TkA02G047930|TK1151|cDNA

ATGAATGTACGCAAGAGGGCTGACCATTTGGGTATCCAATATAAGTTCCCTGGTGAGACAAACTATTCGATGTTGTTTTTAGCACATGCGAGAGAAGATGGATGGTTGACGACTGAATTGTATCAGTTTATTAACGACACGAGTAATGTTGACCTTGAAATTGAGTTCGATTGTGCACATGGGATTGAAGTAGAAGGCGTTGAGTTTGTGCCCGTGGAGAAAGTAAATGATGAAGATGATGATGATGATAATGAGGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA02G047930|TK1151|CDS

ATGAATGTACGCAAGAGGGCTGACCATTTGGGTATCCAATATAAGTTCCCTGGTGAGACAAACTATTCGATGTTGTTTTTAGCACATGCGAGAGAAGATGGATGGTTGACGACTGAATTGTATCAGTTTATTAACGACACGAGTAATGTTGACCTTGAAATTGAGTTCGATTGTGCACATGGGATTGAAGTAGAAGGCGTTGAGTTTGTGCCCGTGGAGAAAGTAAATGATGAAGATGATGATGATGATAATGAGGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

305 aa · TkA02G047930|TK1151|PROTEIN

MNVRKRADHLGIQYKFPGETNYSMLFLAHAREDGWLTTELYQFINDTSNVDLEIEFDCAHGIEVEGVEFVPVEKVNDEDDDDDNEEEEDEETYWEKKLPSDYKRIILWGEESLQQATKKELYSIFCKGFQFYFTGEQISLEKNGKKCHMLSARKALGGVTCPCVWQSLPESRFGEVATDPSGDLWILCSSDYLSPKTTYATNLVYKLQENHSWFEHPVVCKRILYPEPDPCPWVICLLSTQAPDITGKFYRKKSLPQQRN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G047930`
TK1151 ID	TkA02G047930
OH-1004 ID	LXL04_017356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	79.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 42.940 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G047930

位置 Chr02:12455916-12457484 (+)

描述 Similar to At5g38990: Probable receptor-like protein kinase At5g38990

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56250`	SCF(VBF) E3 泛素连接酶复合物的组分，在靶蛋白如 VIP1 及农杆菌 virE2 参与 T-DNA 转运至宿主细胞核后，介导其泛素化及随后蛋白酶体降解（可功能性替代农杆菌 VirF）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04690

ath:AT3G46290

ath:AT3G51550

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.575

排名 1 · TkA02G047930 · TK1151

细胞核0.430

排名 2 · TkA02G047930 · TK1151

细胞膜0.119

排名 3 · TkA02G047930 · TK1151

内质网0.085

排名 4 · TkA02G047930 · TK1151

细胞外0.066

排名 5 · TkA02G047930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14299PP226-71 aa

PF24639DUF763427-54 aa

PF15313HEXIM76-122 aa

PF14299PP2145-304 aa

PF24639DUF7634258-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G047930	`PF14299`	PP2	26	71	2.1e-20	73.9
TkA02G047930	`PF24639`	DUF7634	27	54	0.03	15.4
TkA02G047930	`PF15313`	HEXIM	76	122	0.042	14.8
TkA02G047930	`PF14299`	PP2	145	304	2.1e-20	73.9
TkA02G047930	`PF24639`	DUF7634	258	282	0.03	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7K0`	拟南芥	sp\|Q9C7K0\|VBF_ARATH F-box protein VBF	25.600%	Swiss-Prot	低置信

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