TkA02G042440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G042440

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 10711894-10718013 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2230 bp · TkA02G042440|TK1151|cDNA

GTTTCAGTAAAATTCATACTGTATGAAGGCTGAGATGGATGAAGAAGTGTTGGATAAAGCAGTATATTTATATTTAAAGAAAAAAGGATTCACTCAAACTGAACAGATTTTTCAACAAGAACAGCAAAACAAGACCAACAAGAACTCCAGCTCATCTACTGATGTTTCCCTTTCAGATCCAGATCTTGCTAAACAAATTCTCGCCTTTTCCCAGTCAGAAAGTATCCCAACACTGTACCATGATGGATACAGCAAGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2016 bp · TkA02G042440|TK1151|CDS

ATGAAGGCTGAGATGGATGAAGAAGTGTTGGATAAAGCAGTATATTTATATTTAAAGAAAAAAGGATTCACTCAAACTGAACAGATTTTTCAACAAGAACAGCAAAACAAGACCAACAAGAACTCCAGCTCATCTACTGATGTTTCCCTTTCAGATCCAGATCTTGCTAAACAAATTCTCGCCTTTTCCCAGTCAGAAAGTATCCCAACACTGTACCATGATGGATACAGCAAGCTGAGATCTTGGACTTATAGCTCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

671 aa · TkA02G042440|TK1151|PROTEIN

MKAEMDEEVLDKAVYLYLKKKGFTQTEQIFQQEQQNKTNKNSSSSTDVSLSDPDLAKQILAFSQSESIPTLYHDGYSKLRSWTYSSLDLYKHELLRVLYPVFIHCFMDLIAKGHLQEARAFFNTFREDHEMMHSRDLTKLEGVLSPSHLEEMEFAHTLRQSKVNIKICQYSYDLLLQYLHKTQSITMLGIINEHIDFQVSPGQPSSISDDAEAFSLVGSGQDAANLINQKEIHWGLLEDSLEDRLDKSGGLLSDSEKTEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G042440`
TK1151 ID	TkA02G042440
OH-1004 ID	LXL04_017463
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G042440

位置 Chr02:10711894-10718013 (-)

描述 Similar to TAF5: Transcription initiation factor TFIID subunit 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25150`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000124 SAGA complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005669 transcription factor TFIID complex 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0046695 SLIK (SAGA-like) complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G25150

sce:YBR198C

spo:2539353

spo:2539882

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.619

排名 1 · TkA02G042440 · TK1151

细胞质0.334

排名 2 · TkA02G042440 · TK1151

溶酶体／液泡0.080

排名 3 · TkA02G042440 · TK1151

高尔基体0.061

排名 4 · TkA02G042440 · TK1151

细胞膜0.053

排名 5 · TkA02G042440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08513LisH10-33 aa

PF30097LisH_SSDP12-40 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_16040-85 aa

PF04494TFIID_NTD269-195 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd72-95 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd141-173 aa

PF29037DSE1_N162-192 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz339-539 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G042440	`PF08513`	LisH	10	33	0.017	15.8
TkA02G042440	`PF30097`	LisH_SSDP	12	40	0.0059	17.7
TkA02G042440	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	40	85	0.0027	17.2
TkA02G042440	`PF04494`	TFIID_NTD2	69	195	2.1e-44	151.7
TkA02G042440	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	72	95	5.4e-28	98.9
TkA02G042440	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	141	173	1.5e-28	100.3
TkA02G042440	`PF29037`	DSE1_N	162	192	7.6e-16	58.9
TkA02G042440	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	339	539	1.6e-61	208.9
TkA02G042440	`PF15492`	Nbas_N	343	394	0.018	15.1
TkA02G042440	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	347	387	1.5e-28	100.3
TkA02G042440	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	351	392	1e-76	258.3
TkA02G042440	`PF16529`	Ge1_WD40	351	449	9.5e-07	28.8
TkA02G042440	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	353	468	6.6e-78	262.7
TkA02G042440	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	353	387	5.4e-28	98.9
TkA02G042440	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	353	390	8e-25	88.2
TkA02G042440	`PF24796`	WDR55	353	388	2e-22	80.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6S7B0`	拟南芥	sp\|Q6S7B0\|TAF5_ARATH Transcription initiation factor TFIID subunit 5	74.300%	Swiss-Prot	高置信

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