TkA02G037180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G037180

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 9338853-9343435 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1511 bp · TkA02G037180|TK1151|cDNA

TTTTAGCTAATGCCAGAGTTCCCTTGAACGACAAGCGAGTAGATCGATCAACTCACAGTTCCACCGGCCACGAATTTCCGATGTCGAGCGAGGGCGAAGATGCGGTTCGTCGCCGTACGGCGGTAACCGAGTACCGGAAGAAGATGCTTCAGCATAAAGAGCTTGATTCTCGAGTTCGAGGAGTGAGAGAGAGTTTGAGAAGTACAAAGAAGGATTATGCAAAAACAGAAGATGATTTGAAATCCCTTCAAAGTGTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1200 bp · TkA02G037180|TK1151|CDS

ATGTCGAGCGAGGGCGAAGATGCGGTTCGTCGCCGTACGGCGGTAACCGAGTACCGGAAGAAGATGCTTCAGCATAAAGAGCTTGATTCTCGAGTTCGAGGAGTGAGAGAGAGTTTGAGAAGTACAAAGAAGGATTATGCAAAAACAGAAGATGATTTGAAATCCCTTCAAAGTGTTGGACAGATAATAGGCGAAGTCCTTAGACCTCTAGACAACGAACGATTGATTGTTAAAGCAAGTAGTGGTCCAAGGTATGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

399 aa · TkA02G037180|TK1151|PROTEIN

MSSEGEDAVRRRTAVTEYRKKMLQHKELDSRVRGVRESLRSTKKDYAKTEDDLKSLQSVGQIIGEVLRPLDNERLIVKASSGPRYVVGCRSKVDKEKLTAGTRVVLDMTTLTIMRALPREVDPVVYNMLHEDPGNISYSAVGGLSDQIRELRESIELPLMNPELFIRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLARAIASNIDANFLKVVSSAIIDKYIGESARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G037180`
TK1151 ID	TkA02G037180
OH-1004 ID	LXL04_017515
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G037180

位置 Chr02:9338853-9343435 (+)

描述 Similar to RPT4B: 26S proteasome regulatory subunit S10B homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g45000`	26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	暂无已核实直接文献
`At5g43010`	26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017515 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045899 positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly 生物过程

GO:0061136 regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0071357 cellular response to type I interferon 生物过程

GO:0090261 positive regulation of inclusion body assembly 生物过程

GO:1901800 positive regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45000

ath:AT5G43010

hsa:5706

iti:101969826

mmu:67089

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.553

排名 1 · TkA02G037180 · TK1151

细胞核0.493

排名 2 · TkA02G037180 · TK1151

细胞膜0.063

排名 3 · TkA02G037180 · TK1151

内质网0.037

排名 4 · TkA02G037180 · TK1151

线粒体0.032

排名 5 · TkA02G037180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04048Sec8_N14-72 aa

PF13086AAA_1119-47 aa

PF13481AAA_2528-71 aa

PF01176eIF-1a58-109 aa

PF07728AAA_561-83 aa

PF16450Prot_ATP_ID_OB_C63-118 aa

PF17758Prot_ATP_ID_OB_N66-107 aa

PF21236OB_PRS771-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G037180	`PF04048`	Sec8_N	14	72	0.2	12.3
TkA02G037180	`PF13086`	AAA_11	19	47	0.097	13.1
TkA02G037180	`PF13481`	AAA_25	28	71	0.16	12.3
TkA02G037180	`PF01176`	eIF-1a	58	109	0.089	13.0
TkA02G037180	`PF07728`	AAA_5	61	83	2.2e-06	28.4
TkA02G037180	`PF16450`	Prot_ATP_ID_OB_C	63	118	9.1e-16	58.2
TkA02G037180	`PF17758`	Prot_ATP_ID_OB_N	66	107	0.00085	19.7
TkA02G037180	`PF21236`	OB_PRS7	71	118	0.00027	21.2
TkA02G037180	`PF13671`	AAA_33	92	112	0.0034	18.4
TkA02G037180	`PF07724`	AAA_2	104	155	1.2e-05	26.1
TkA02G037180	`PF04851`	ResIII	149	211	0.17	12.5
TkA02G037180	`PF12775`	AAA_7	165	241	0.0024	18.2
TkA02G037180	`PF06745`	ATPase	168	191	0.059	13.5
TkA02G037180	`PF00005`	ABC_tran	169	198	0.09	14.1
TkA02G037180	`PF05673`	DUF815	171	241	0.00063	19.7
TkA02G037180	`PF02367`	TsaE	171	206	0.024	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAK9`	拟南芥	sp\|Q9MAK9\|PS10B_ARATH 26S proteasome regulatory subunit S10B homolog B	93.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SEI3`	拟南芥	sp\|Q9SEI3\|PS10A_ARATH 26S proteasome regulatory subunit 10B homolog A	93.200%	Swiss-Prot	高置信

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