TkA02G028620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G028620

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 6934239-6936783 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1269 bp · TkA02G028620|TK1151|cDNA

TTATATTTTGCTCCATTGTATTTGTGTCAAATAGAGAGAAAACAAAGAAGATACGATGCAATAAAAAATACTGTATATTCATGTATTTTGCTCCATTGTAAATTTGTAATGACTGTTTTTTGTTGGTCGGTGAGTACCGAGTAGTTGAGCCGTCGAATCGAACCAGAAAAGTCAACCTCAATGGCACTGCTCAATTGCTCCCGAGTCTTCTTAAAACCCCTCAGCTCCAAAGCTGCCAGTCTAAGCAAAACAATCTCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · TkA02G028620|TK1151|CDS

ATGGCACTGCTCAATTGCTCCCGAGTCTTCTTAAAACCCCTCAGCTCCAAAGCTGCCAGTCTAAGCAAAACAATCTCACCCTCTTTTGCTCGCCTTCAAATTCGATCAATGGCTACTTCCGAGATCAAGAAGATTCAAATTCAAAGAGACGACACTACATTCGATGCATATGTGGTAGGCAAAAAAGACGCACCTGGAATCGTTGTTCTTCAAGAGTGGTGGGGAGTCGATTTCGAAATCAAAAACCACGCACTCAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · TkA02G028620|TK1151|PROTEIN

MALLNCSRVFLKPLSSKAASLSKTISPSFARLQIRSMATSEIKKIQIQRDDTTFDAYVVGKKDAPGIVVLQEWWGVDFEIKNHALKISKLDPGYKALIPDLYRGKVGLDAAEAQHLMDGLDWPGAVKDIQASVNWLKANGSQKVGVTGYCMGGALAIASSVLVPEVDAAVAFYGVPPNELADPMNIKAPVQAHFGELDNIAGFSDVKTAKALEEKLKASGKPYEVHIYPGATHAFMNTSPEGVERRKRLGMIDQPEADHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G028620`
TK1151 ID	TkA02G028620
OH-1004 ID	LXL04_017564
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.639 / OH-1004 95.502 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G028620`
位置	Chr02:6934239-6936783 (+)
描述	Similar to usf: Protein usf
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017564` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0008806 carboxymethylenebutenolidase activity 分子功能 GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	aae:aq_1997 mea:Mex_1p1735 sso:SSO2087 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.737

排名 1 · TkA02G028620 · TK1151

质体0.186

排名 2 · TkA02G028620 · TK1151

细胞质0.175

排名 3 · TkA02G028620 · TK1151

细胞核0.066

排名 4 · TkA02G028620 · TK1151

过氧化物酶体0.052

排名 5 · TkA02G028620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146Hydrolase_420-57 aa

PF01738DLH54-275 aa

PF12697Abhydrolase_689-176 aa

PF12740PETase115-241 aa

PF20434BD-FAE121-162 aa

PF07859Abhydrolase_3122-164 aa

PF01764Lipase_3124-161 aa

PF12146Hydrolase_4125-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G028620	`PF12146`	Hydrolase_4	20	57	0.018	15.1
TkA02G028620	`PF01738`	DLH	54	275	7e-58	196.5
TkA02G028620	`PF12697`	Abhydrolase_6	89	176	0.0051	18.2
TkA02G028620	`PF12740`	PETase	115	241	0.017	15.3
TkA02G028620	`PF20434`	BD-FAE	121	162	0.09	13.0
TkA02G028620	`PF07859`	Abhydrolase_3	122	164	5.7e-06	27.0
TkA02G028620	`PF01764`	Lipase_3	124	161	0.054	14.1
TkA02G028620	`PF12146`	Hydrolase_4	125	170	0.018	15.1
TkA02G028620	`PF00326`	Peptidase_S9	126	159	0.0088	16.3
TkA02G028620	`PF05448`	AXE1	140	173	0.02	14.4
TkA02G028620	`PF02230`	Abhydrolase_2	141	239	0.0011	19.5
TkA02G028620	`PF08840`	BAAT_C	141	174	0.023	15.5
TkA02G028620	`PF09149`	DUF1935	182	243	0.17	12.7
TkA02G028620	`PF12146`	Hydrolase_4	185	237	0.018	15.1
TkA02G028620	`PF08840`	BAAT_C	207	234	0.023	15.5
TkA02G028620	`PF07859`	Abhydrolase_3	208	236	5.7e-06	27.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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