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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G019830
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 4638731-4640774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1932 bp · TkA02G019830|TK1151|cDNA

ATGCTCCAAGTCGTAGCTTCTGGTTCTCTTCAGTCATCTTCAAACCCGTATCCTTTCCAAATCTGCAGAAACCCAATTGAACCTGCTCAGTTACACGCCGTATCACTCAAAACAGCAACCTTTCATGACCCTTTGATCTCTTCTCGCCTTATATCCCTCTATGTTCACTCTCTAAGCAACAGTCTTGATCATGTCAGATCTGTGTTTAACCAAATTAACAAACCAACATTGCATTCTTGGAACACCCTCATCAAATCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · TkA02G019830|TK1151|CDS

ATGCTCCAAGTCGTAGCTTCTGGTTCTCTTCAGTCATCTTCAAACCCGTATCCTTTCCAAATCTGCAGAAACCCAATTGAACCTGCTCAGTTACACGCCGTATCACTCAAAACAGCAACCTTTCATGACCCTTTGATCTCTTCTCGCCTTATATCCCTCTATGTTCACTCTCTAAGCAACAGTCTTGATCATGTCAGATCTGTGTTTAACCAAATTAACAAACCAACATTGCATTCTTGGAACACCCTCATCAAATCCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

643 aa · TkA02G019830|TK1151|PROTEIN

MLQVVASGSLQSSSNPYPFQICRNPIEPAQLHAVSLKTATFHDPLISSRLISLYVHSLSNSLDHVRSVFNQINKPTLHSWNTLIKSYVENQRSQESLLAFLEFMSRSSLMPDVFTLPCVIKACGRLMATKEGEQIHGLILKIGFGTDVFIQSSLSGNVELAKDLFDEMAERDVVSWTGMVDGLSKHGKVDDARKVFDEMPSRTLPSWNAMINGYMKAGDFLSAHILFDQMEEKDIITWNSMISGYECNGRFSEALKLFTQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G019830
TK1151 IDTkA02G019830
OH-1004 IDLXL04_017641
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G019830
位置Chr02:4638731-4640774 (+)
描述Similar to PCMP-H33: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g59720 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At5g66520 含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。 暂无已核实直接文献
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献
At1g31920 含五重复肽重复序列的蛋白 At1g31920。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017641 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G29760
ath:AT3G12770
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.630
排名 1 · TkA02G019830 · TK1151
质体0.197
排名 2 · TkA02G019830 · TK1151
细胞核0.054
排名 3 · TkA02G019830 · TK1151
细胞质0.038
排名 4 · TkA02G019830 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA02G019830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06239ECSIT_N56-124 aa
PF29070MSC6_N60-122 aa
PF22330Rib_mS39_PPR64-87 aa
PF12854PPR_174-87 aa
PF13041PPR_275-124 aa
PF23240HAT_PRP39_N76-105 aa
PF05843Suf76-103 aa
PF13812PPR_377-124 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G019830PF06239ECSIT_N561240.1711.9
TkA02G019830PF29070MSC6_N601225e-1349.6
TkA02G019830PF22330Rib_mS39_PPR64874.2e-0524.1
TkA02G019830PF12854PPR_174873.7e-42142.5
TkA02G019830PF13041PPR_2751241.2e-51173.3
TkA02G019830PF23240HAT_PRP39_N761050.1812.6
TkA02G019830PF05843Suf761030.2210.7
TkA02G019830PF13812PPR_3771241.1e-1454.9
TkA02G019830PF23276TPR_24771119.4e-1245.7
TkA02G019830PF10366Vps39_1781020.1513.1
TkA02G019830PF01535PPR791043.3e-54178.1
TkA02G019830PF12854PPR_11091223.7e-42142.5
TkA02G019830PF01535PPR1191433.3e-54178.1
TkA02G019830PF01535PPR1551723.3e-54178.1
TkA02G019830PF12854PPR_11551683.7e-42142.5
TkA02G019830PF07719TPR_21551700.001119.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WQW5拟南芥sp|Q0WQW5|PPR85_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial37.300%Swiss-Prot中等置信
Q9FJY7拟南芥sp|Q9FJY7|PP449_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6652044.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891040.600%Swiss-Prot中等置信
Q9C6T2拟南芥sp|Q9C6T2|PPR68_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3192034.500%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic35.600%Swiss-Prot中等置信

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