TkA02G015420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G015420

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 3545434-3547443 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1000 bp · TkA02G015420|TK1151|cDNA

ACGATTTCAATATTTTCTTGTATGCACATCTCTACTCATATTTCTTTCTCATGAAGGATTGCGTTTTCCAATCTCTTAAAGTTTAATTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTAGAGTATCACATTAGTTTACCGTCAGTTTTAGTTGATTTTTTATTCGATTTTTTTCGCCGTGAATTCTGAAAGATCTGAAGAATCATGTCTTACGCCTACCTCTTCAAGTACATCATCATTGGAGATACCGGTGTTGGAAAATCATGCCTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · TkA02G015420|TK1151|CDS

ATGTCTTACGCCTACCTCTTCAAGTACATCATCATTGGAGATACCGGTGTTGGAAAATCATGCCTACTTTTGCAGTTCACAGACAAACGTTTTCAACCTGTTCATGATTTAACCATTGGTGTAGAATTTGGTGCCAGAATGATCACCATTGACAACAAACCAATAAAGCTCCAGATCTGGGACACGGCGGGCCAGGAATCATTCAGATCCATAACAAGATCTTACTACAGAGGTGCAGCTGGTGCACTTTTGGTTTATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · TkA02G015420|TK1151|PROTEIN

MSYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMITIDNKPIKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLASWLEDARQHANANMTVMLIGNKCDLAHRRAVSTEEGEQFAKENGLIFMEASAKTAQNVEEAFINTAGTIYKKIQDGVFDVSNESYGIKVGYGGLPGPSGGREGTPQQTGACCS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G015420`
TK1151 ID	TkA02G015420
OH-1004 ID	LXL04_017678
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G015420

位置 Chr02:3545434-3547443 (-)

描述 Similar to RABB1C: Ras-related protein RABB1c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17170`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17170

ath:AT4G35860

vcn:VOLCADRAFT_106534

zma:100127017

zma:100127494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.531

排名 1 · TkA02G015420 · TK1151

高尔基体0.401

排名 2 · TkA02G015420 · TK1151

细胞膜0.240

排名 3 · TkA02G015420 · TK1151

溶酶体／液泡0.186

排名 4 · TkA02G015420 · TK1151

内质网0.133

排名 5 · TkA02G015420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf7-137 aa

PF00071Ras8-168 aa

PF08477Roc8-122 aa

PF10236DAP38-26 aa

PF00009GTP_EFTU9-23 aa

PF01926MMR_HSR110-116 aa

PF03193RsgA_GTPase10-42 aa

PF04670Gtr1_RagA10-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G015420	`PF00025`	Arf	7	137	2.2e-12	47.5
TkA02G015420	`PF00071`	Ras	8	168	4e-64	215.8
TkA02G015420	`PF08477`	Roc	8	122	2.9e-33	115.3
TkA02G015420	`PF10236`	DAP3	8	26	0.21	11.5
TkA02G015420	`PF00009`	GTP_EFTU	9	23	2.1e-05	24.9
TkA02G015420	`PF01926`	MMR_HSR1	10	116	3.1e-05	24.8
TkA02G015420	`PF03193`	RsgA_GTPase	10	42	0.00036	21.1
TkA02G015420	`PF04670`	Gtr1_RagA	10	127	0.0086	16.2
TkA02G015420	`PF13401`	AAA_22	10	35	0.068	14.2
TkA02G015420	`PF07931`	CPT	13	147	0.12	12.9
TkA02G015420	`PF00009`	GTP_EFTU	46	158	2.1e-05	24.9
TkA02G015420	`PF17920`	TetR_C_16	58	113	0.11	13.4
TkA02G015420	`PF03193`	RsgA_GTPase	109	158	0.00036	21.1
TkA02G015420	`PF01926`	MMR_HSR1	159	167	3.1e-05	24.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92963`	拟南芥	sp\|P92963\|RAB1C_ARATH Ras-related protein RABB1c	94.800%	Swiss-Prot	高置信

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