TkA01G635990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G635990

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 160903096-160904634 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1494 bp · TkA01G635990|TK1151|cDNA

ATGAATTCTCCATTACCAAGAGCTTCACCCTCTTCTCTACTACACCCTTTCACCTTTCAATTTCCTACCTCTAATTCTAATTTAATTTTCACTTCAATTCTGTTCATCCCCCCACAACCATCCCACCTTATCACCTCGGCAACGACAAACCGAGTAACCACACCATCGCCACTTCCTCCCAAACGCAACAGCAGCTTAATCTCATTTCATGAAGGCAGAAGTAGAAGCAAAACTATCGAAGATTTGGCAGTTACAATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1494 bp · TkA01G635990|TK1151|CDS

ATGAATTCTCCATTACCAAGAGCTTCACCCTCTTCTCTACTACACCCTTTCACCTTTCAATTTCCTACCTCTAATTCTAATTTAATTTTCACTTCAATTCTGTTCATCCCCCCACAACCATCCCACCTTATCACCTCGGCAACGACAAACCGAGTAACCACACCATCGCCACTTCCTCCCAAACGCAACAGCAGCTTAATCTCATTTCATGAAGGCAGAAGTAGAAGCAAAACTATCGAAGATTTGGCAGTTACAATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

497 aa · TkA01G635990|TK1151|PROTEIN

MNSPLPRASPSSLLHPFTFQFPTSNSNLIFTSILFIPPQPSHLITSATTNRVTTPSPLPPKRNSSLISFHEGRSRSKTIEDLAVTIKDGKIETLDEFNHLFMGLVLEDEADLAYKLYSSLSNYDFSANGITFSILVHCYCKRNEPMEAKRVLEHMIESGFESPKVKTFTQLINLFCKKGRLKQAFQVFETMSKVKCDPTINTYNCLLKGLCYVGRVEDAYELLLKIKKSWKEQRDASLQPDVYTYTAVMDGFCKVGRSDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G635990`
TK1151 ID	TkA01G635990
OH-1004 ID	LXL04_000081
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G635990

位置 Chr01:160903096-160904634 (+)

描述 Similar to At1g62680: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25630`	含五重复肽的蛋白 At5g25630。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000081 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62680

ath:AT5G16640

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.533

排名 1 · TkA01G635990 · TK1151

质体0.296

排名 2 · TkA01G635990 · TK1151

细胞核0.067

排名 3 · TkA01G635990 · TK1151

细胞质0.023

排名 4 · TkA01G635990 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA01G635990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28722WHD_Sfc3_5th14-37 aa

PF04733Coatomer_E73-224 aa

PF13041PPR_297-141 aa

PF01535PPR97-119 aa

PF17177PPR_long108-231 aa

PF29070MSC6_N108-266 aa

PF23276TPR_24109-164 aa

PF13812PPR_3120-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G635990	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	14	37	0.0037	18.2
TkA01G635990	`PF04733`	Coatomer_E	73	224	0.012	15.7
TkA01G635990	`PF13041`	PPR_2	97	141	3.1e-75	248.8
TkA01G635990	`PF01535`	PPR	97	119	3.2e-52	171.9
TkA01G635990	`PF17177`	PPR_long	108	231	2.8e-24	86.4
TkA01G635990	`PF29070`	MSC6_N	108	266	7.2e-22	78.7
TkA01G635990	`PF23276`	TPR_24	109	164	3e-28	99.1
TkA01G635990	`PF13812`	PPR_3	120	175	1.6e-36	124.9
TkA01G635990	`PF12854`	PPR_1	127	155	1e-68	227.4
TkA01G635990	`PF13041`	PPR_2	130	161	3.1e-75	248.8
TkA01G635990	`PF01535`	PPR	130	160	3.2e-52	171.9
TkA01G635990	`PF24760`	TPR_IF140_C	132	155	0.014	16.5
TkA01G635990	`PF13176`	TPR_7	133	154	0.02	15.6
TkA01G635990	`PF25058`	ARM_TT21	135	189	0.0039	17.9
TkA01G635990	`PF13428`	TPR_14	135	157	0.022	16.1
TkA01G635990	`PF14559`	TPR_19	135	168	0.037	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GZ63`	拟南芥	sp\|Q8GZ63\|PP397_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g25630	25.700%	Swiss-Prot	低置信

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