LXL04_000081 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000081

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 1882818-1884356 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1539 bp · LXL04_000081|LXL04_000081|OH1004|cDNA

ATGAATTCTCCATTACCAAGAGCTTCACCCTCTTCTCTACTACACCCTTTCACCTTTCAATTTCCTACCTCTAATTCTAATTTAATTTTCACTTCAATTCTGTTCATCCCCCCACAACCATCCCACCTTATCACCTCGGCAACGACAAACCGAGTAACCACACCATCGCCACTTCCTCCCAAACTTAATTCTCATTTTATAAGCAAAGACGAGCTTCTTCCAAATAAGCGCAACAGCAGCTTAATCTCATTTCATGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1539 bp · LXL04_000081|LXL04_000081|OH1004|CDS

ATGAATTCTCCATTACCAAGAGCTTCACCCTCTTCTCTACTACACCCTTTCACCTTTCAATTTCCTACCTCTAATTCTAATTTAATTTTCACTTCAATTCTGTTCATCCCCCCACAACCATCCCACCTTATCACCTCGGCAACGACAAACCGAGTAACCACACCATCGCCACTTCCTCCCAAACTTAATTCTCATTTTATAAGCAAAGACGAGCTTCTTCCAAATAAGCGCAACAGCAGCTTAATCTCATTTCATGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

512 aa · LXL04_000081|LXL04_000081|OH1004|PROTEIN

MNSPLPRASPSSLLHPFTFQFPTSNSNLIFTSILFIPPQPSHLITSATTNRVTTPSPLPPKLNSHFISKDELLPNKRNSSLISFHEGRSRSKTIEDLAVTIKDGKIETLDEFNHLFMGLVLEDEADLAYKLYSSLSNYDFSANGITFSILVHCYCKRNEPMEAKRVLEHMIESGFESPKVKTFTQLINLFCKKGRLKQAFQVFETMSKVKCDPTINTYNCLLKGLCYVGRVEDAYELLLKIKKSWKEQRDASLQPDVYTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000081`
TK1151 ID	TkA01G635990
OH-1004 ID	LXL04_000081
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000081

位置 Chr01:1882818-1884356 (-)

描述 Similar to At1g62680: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62680`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62680，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g16640`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g16640，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g16710`	推定含五肽重复序列的蛋白质 At3g16710，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000081 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62680

ath:AT5G16640

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.529

排名 1 · LXL04_000081 · OH-1004

质体0.299

排名 2 · LXL04_000081 · OH-1004

细胞核0.069

排名 3 · LXL04_000081 · OH-1004

细胞质0.024

排名 4 · LXL04_000081 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_000081 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2112-156 aa

PF17177.11PPR_long123-246 aa

PF29070.1MSC6_N123-281 aa

PF12854.14PPR_1142-170 aa

PF01535.27PPR145-175 aa

PF13812.13PPR_3165-223 aa

PF13041.13PPR_2178-226 aa

PF12854.14PPR_1178-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000081	`PF13041.13`	PPR_2	112	156	6.2e-75	247.9
LXL04_000081	`PF17177.11`	PPR_long	123	246	3.2e-24	86.2
LXL04_000081	`PF29070.1`	MSC6_N	123	281	8.2e-22	78.5
LXL04_000081	`PF12854.14`	PPR_1	142	170	1.5e-68	226.9
LXL04_000081	`PF01535.27`	PPR	145	175	5.1e-52	171.3
LXL04_000081	`PF13812.13`	PPR_3	165	223	2e-36	124.6
LXL04_000081	`PF13041.13`	PPR_2	178	226	6.2e-75	247.9
LXL04_000081	`PF12854.14`	PPR_1	178	206	1.5e-68	226.9
LXL04_000081	`PF01535.27`	PPR	182	208	5.1e-52	171.3
LXL04_000081	`PF23276.3`	TPR_24	183	244	3.7e-28	98.8
LXL04_000081	`PF12854.14`	PPR_1	211	238	1.5e-68	226.9
LXL04_000081	`PF13041.13`	PPR_2	213	243	6.2e-75	247.9
LXL04_000081	`PF01535.27`	PPR	217	244	5.1e-52	171.3
LXL04_000081	`PF13812.13`	PPR_3	250	302	2e-36	124.6
LXL04_000081	`PF12854.14`	PPR_1	253	282	1.5e-68	226.9
LXL04_000081	`PF13041.13`	PPR_2	255	301	6.2e-75	247.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3ECK2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial	29.025%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FMD3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16640, mitochondrial	27.820%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUR2`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16710, mitochondrial	26.683%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	26.585%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	26.649%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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