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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G635700
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 160808665-160812401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2294 bp · TkA01G635700|TK1151|cDNA

AAAAATGTAAAAAAGTTATTATTTGAAGTCAAAAGAAAATTTTAATGGTATTGAAAAAAGTTTAAAATGAAATCATAAACGATGATAACTATAGGTATCAGTTTTATCAAGAAAGTTTAGACAAAAACTATAGACAAATACAACGTGAGAAGGAACCAAAACGGCGGTTTAGTTATCTCCGCTGCTATTTGGAGCTCTATGTTGTCTGCTTTCCACTTGTACAGATTAATAAAGGGATCAATCAAAATTTAATTAAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · TkA01G635700|TK1151|CDS

ATGAGAGGGGATAACTTACGGCTTGTAATTTGCATTTGGATTTTGTTTATACATAGATCTTGTTTCTGTAATTTTGTGGTCGAAAAGAATAGTTTGAAGGTGACTTCACCTGAGAGTTTAAGAGGTACATATGAATGCGCAATCGGTAATTTCGGTGTTCCTCGATATGGAGGAAGATTAAGCGGCTTAGTTACATATCCGAAAACTAACCAAAATTCTTGCAAAAACTTCACCGATGATATCCACTTGATTTCAAAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

626 aa · TkA01G635700|TK1151|PROTEIN

MRGDNLRLVICIWILFIHRSCFCNFVVEKNSLKVTSPESLRGTYECAIGNFGVPRYGGRLSGLVTYPKTNQNSCKNFTDDIHLISKKPGSIPVFLLADRGECYFTTKAWNAQNTGASAILVADDRPEHLITMDLPEKEETLDYLQNITIPPVLITHSLGVSLKKALESNNLVFVNLDWTEALPHPDDRVEYEFWTNSNDECGPKCDTQIDIVKSFKGFAQLLERKGYTRFTPHYITWFCPEEYVSSTKCKSQCINHGRYC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G635700
TK1151 IDTkA01G635700
OH-1004 IDLXL04_000084
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G635700
位置Chr01:160808665-160812401 (+)
描述Similar to VSR2: Vacuolar-sorting receptor 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g30290 液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。 暂无已核实直接文献
At2g14740 液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。 暂无已核实直接文献
At2g14720 液泡分选受体 (VSR) 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。 暂无已核实直接文献
At3g52850 液泡分选受体 参与网格蛋白包被的囊泡从高尔基体分选到液泡。
Vacuolar sorting receptor for seed storage proteins in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1073/pnas.2530568100

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000084 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0007034 vacuolar transport 生物过程
GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005770 late endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G14720
ath:AT2G14740
ath:AT2G30290
ath:AT3G52850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.391
排名 1 · TkA01G635700 · TK1151
高尔基体0.240
排名 2 · TkA01G635700 · TK1151
细胞质0.238
排名 3 · TkA01G635700 · TK1151
细胞膜0.213
排名 4 · TkA01G635700 · TK1151
内质网0.172
排名 5 · TkA01G635700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07645EGF_CA41-46 aa
PF02365NAM70-114 aa
PF02225PA94-161 aa
PF25011VSR_TRX189-397 aa
PF02365NAM237-303 aa
PF07645EGF_CA248-255 aa
PF12947EGF_3309-322 aa
PF07645EGF_CA337-342 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G635700PF07645EGF_CA41460.001219.7
TkA01G635700PF02365NAM701140.2512.6
TkA01G635700PF02225PA941611.8e-1041.5
TkA01G635700PF25011VSR_TRX1893976.2e-99330.6
TkA01G635700PF02365NAM2373030.2512.6
TkA01G635700PF07645EGF_CA2482550.001219.7
TkA01G635700PF12947EGF_33093223.18.8
TkA01G635700PF07645EGF_CA3373420.001219.7
TkA01G635700PF07645EGF_CA4164490.001219.7
TkA01G635700PF12947EGF_34194613.18.8
TkA01G635700PF12662cEGF4464643.5e-0524.3
TkA01G635700PF02365NAM4715010.2512.6
TkA01G635700PF12947EGF_34725113.18.8
TkA01G635700PF07645EGF_CA4995140.001219.7
TkA01G635700PF12662cEGF5005193.5e-0524.3
TkA01G635700PF07645EGF_CA5165460.001219.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22925拟南芥sp|O22925|VSR2_ARATH Vacuolar-sorting receptor 265.500%Swiss-Prot高置信
O80977拟南芥sp|O80977|VSR3_ARATH Vacuolar-sorting receptor 364.400%Swiss-Prot高置信
Q56ZQ3拟南芥sp|Q56ZQ3|VSR4_ARATH Vacuolar-sorting receptor 464.000%Swiss-Prot高置信
P93026拟南芥sp|P93026|VSR1_ARATH Vacuolar-sorting receptor 163.200%Swiss-Prot高置信

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