TkA01G628740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G628740

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158983375-158985880 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1571 bp · TkA01G628740|TK1151|cDNA

TTAAGTTTTGAAGTTAAAGTAGAAATATGAACCAATTGTATTGAGCTAACATGTAAAAAAATAAGAAAGTAACTTAAGTCTTAAGGTCTTAAACCCTCGTCCCGGCTTACTACAGGTTTTGCGATCGGACTGATACTAGGCACTAGGCGATGTTTAGCCTCGCAACCAAGCTGCCCAGACTGGCCAGAGGCCGTTACCACTCACCGGCGGTTGTCAGACTGTTCTCTACCAACCCCCATGACCAATTTAAGCCTAACCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1242 bp · TkA01G628740|TK1151|CDS

ATGTTTAGCCTCGCAACCAAGCTGCCCAGACTGGCCAGAGGCCGTTACCACTCACCGGCGGTTGTCAGACTGTTCTCTACCAACCCCCATGACCAATTTAAGCCTAACCCAGTTGCTCTTCAGATGATCGATTATGCATTTTCCCTTTCTAGATCCCAGAAATCAGATGAATCATATGGGCAAGGTTTGTTGGTGCTAGAACAGTGCGAATCCAATCAGCATGATGCTAATTCGAAGGGATTGGTTCTTCTTGCGACGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

413 aa · TkA01G628740|TK1151|PROTEIN

MFSLATKLPRLARGRYHSPAVVRLFSTNPHDQFKPNPVALQMIDYAFSLSRSQKSDESYGQGLLVLEQCESNQHDANSKGLVLLATSTFLSERGNFAEAIEKLNTIKDFNVSSFPLRVAATEALAGLHLELGEDDTSSVIADECLNDLEANKPELGNEFESLNARAKSLKGLTELLQGNTDSSKSCFNGFKDTLGVGNDAMSYAEFSHTSRDFATAKKLYENVIQGIPENNTYTDLYKLAAGNMAWDDVHLAATCALGQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G628740`
TK1151 ID	TkA01G628740
OH-1004 ID	LXL04_000186
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G628740`
位置	Chr01:158983375-158985880 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000186` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.813

排名 1 · TkA01G628740 · TK1151

细胞质0.123

排名 2 · TkA01G628740 · TK1151

细胞核0.070

排名 3 · TkA01G628740 · TK1151

质体0.049

排名 4 · TkA01G628740 · TK1151

过氧化物酶体0.016

排名 5 · TkA01G628740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13424TPR_1245-104 aa

PF25058ARM_TT2165-132 aa

PF13428TPR_1484-104 aa

PF14559TPR_1987-107 aa

PF13374TPR_1088-100 aa

PF13176TPR_790-102 aa

PF13432TPR_1692-134 aa

PF14559TPR_1992-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G628740	`PF13424`	TPR_12	45	104	5.1e-07	30.5
TkA01G628740	`PF25058`	ARM_TT21	65	132	0.0046	17.6
TkA01G628740	`PF13428`	TPR_14	84	104	0.00054	21.1
TkA01G628740	`PF14559`	TPR_19	87	107	0.00066	20.7
TkA01G628740	`PF13374`	TPR_10	88	100	8.3e-07	29.5
TkA01G628740	`PF13176`	TPR_7	90	102	0.0072	17.1
TkA01G628740	`PF13432`	TPR_16	92	134	0.00056	21.0
TkA01G628740	`PF14559`	TPR_19	92	135	0.00066	20.7
TkA01G628740	`PF07719`	TPR_2	92	104	0.00078	20.1
TkA01G628740	`PF13181`	TPR_8	92	101	0.0063	17.3
TkA01G628740	`PF00515`	TPR_1	92	101	0.024	15.2
TkA01G628740	`PF17874`	TPR_MalT	93	141	0.0083	16.1
TkA01G628740	`PF13428`	TPR_14	119	145	0.00054	21.1
TkA01G628740	`PF13424`	TPR_12	120	135	5.1e-07	30.5
TkA01G628740	`PF24885`	TPR_NPHP3	121	172	3e-05	24.3
TkA01G628740	`PF13176`	TPR_7	122	135	0.0072	17.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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