TkA01G628440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G628440

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158908608-158910900 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1599 bp · TkA01G628440|TK1151|cDNA

GGTCCACAGTCCACACGTCTTCGCAATCGGCGGTCGTTGGGTTGTGATAGTAGCTTCGAGAACCATCTTCGAAATATAAACGCCTACTATAAGTCATTGATCGGTAGATTACTTCTTTTCGTACCCCGAATTGTAGCTGAAGTAGCAATACAAACTGAACAGAGTTTATTATTAGGGTTTGCGTTTTTCTGATTTTCTCGATAGAAGATTATGGCGAAAGAGGGACCTAGTTGGGACGGGTTGCTCAAGTGGAGTATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA01G628440|TK1151|CDS

ATGGCGAAAGAGGGACCTAGTTGGGACGGGTTGCTCAAGTGGAGTATTGCTCATTCCGATGGCACTGGAACTACTAGAAAATTAAGTGAGGATGATCGGAAATGGTTCATGGAAGCTATGCAAGCTCAAACCATAGATGTGGTTAAACGAATGAAAGAAATAACTCTTGTGATGAAAACTCCCGATAATATCCTGGAGGAACAAGGCGTAACTGCAACAGATCTTGAAGATATGTTGGATGAACTTCAAGAGCATGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · TkA01G628440|TK1151|PROTEIN

MAKEGPSWDGLLKWSIAHSDGTGTTRKLSEDDRKWFMEAMQAQTIDVVKRMKEITLVMKTPDNILEEQGVTATDLEDMLDELQEHVESIDMANGGLTPLLNYLKNSHANIRAKAAEVVSTIVQNNPKSQQLVMEANGMEPLLTNFTSDDDVTVRTKALGAISSLIRHNKPGIQAFRLSNGYSALKDALSSDNVRFQRKALNLIQYLLQENPSDCNVVTELGFPRIMRHLAGSEDPEVREGALSGLHELSKVEIRETEDEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G628440`
TK1151 ID	TkA01G628440
OH-1004 ID	LXL04_000190
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.089 / OH-1004 95.355 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G628440`
位置	Chr01:158908608-158910900 (-)
描述	Similar to FES1: Hsp70 nucleotide exchange factor FES1 (Ustilago maydis (strain 521 / FGSC 9021)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000190` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006417 regulation of translation 生物过程 GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程 GO:0005615 extracellular space 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0000774 adenyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能 GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能 GO:0140313 molecular sequestering activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	afm:AFUA_6G04750 ani:ANIA_06543 mmu:66245 pno:SNOG_01140 uma:UMAG_11735 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.660

排名 1 · TkA01G628440 · TK1151

细胞核0.381

排名 2 · TkA01G628440 · TK1151

线粒体0.093

排名 3 · TkA01G628440 · TK1151

过氧化物酶体0.092

排名 4 · TkA01G628440 · TK1151

内质网0.073

排名 5 · TkA01G628440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03224V-ATPase_H_N8-196 aa

PF08609Fes19-93 aa

PF11698V-ATPase_H_C37-124 aa

PF23195UBQLN141-70 aa

PF04558tRNA_synt_1c_R147-135 aa

PF20926Htt_N-HEAT_148-125 aa

PF14726RTTN_N63-87 aa

PF11864DUF338467-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G628440	`PF03224`	V-ATPase_H_N	8	196	0.019	15.2
TkA01G628440	`PF08609`	Fes1	9	93	2.3e-12	48.5
TkA01G628440	`PF11698`	V-ATPase_H_C	37	124	1.1e-08	35.9
TkA01G628440	`PF23195`	UBQLN1	41	70	1.5	9.4
TkA01G628440	`PF04558`	tRNA_synt_1c_R1	47	135	0.18	12.5
TkA01G628440	`PF20926`	Htt_N-HEAT_1	48	125	0.0066	17.5
TkA01G628440	`PF14726`	RTTN_N	63	87	0.15	13.6
TkA01G628440	`PF11864`	DUF3384	67	161	0.21	11.1
TkA01G628440	`PF16782`	SIL1	71	211	1.3e-05	25.4
TkA01G628440	`PF23271`	HEAT_GCN1	71	167	4.5e-05	24.3
TkA01G628440	`PF22928`	INTS1_R4	72	134	4.2e-05	24.1
TkA01G628440	`PF11864`	DUF3384	73	210	0.21	11.1
TkA01G628440	`PF21047`	HEAT_Maestro	77	170	9e-06	26.4
TkA01G628440	`PF01417`	ENTH	77	122	0.01	16.6
TkA01G628440	`PF24714`	TOR1L1_N	88	199	0.0027	17.8
TkA01G628440	`PF01602`	Adaptin_N	89	132	3.1e-06	26.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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