TkA01G625920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G625920

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158015643-158017975 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1710 bp · TkA01G625920|TK1151|cDNA

ATGAAATAGTTGTATCCGTAGGTAATTAACTCGTCTATGATGATAAGCACGCTTTCCTAGCCACCACAAAGACGAGGCAAACTGAAAAGAAACTCAAAGCTTCGTCCGACCATAGTCGCCGGAAAACTTTATTCTTACTCAGGGGAAGCAGTAGTTCTTCTAGGGCTTGGTTGATAAAACAGAACTGGGCGGCGTTTGTATGATATGTTGTACTTAGTGCGTGAGAACCTCTTCATCGGCAACATCAATGCAGCTGCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1158 bp · TkA01G625920|TK1151|CDS

ATGTTGTACTTAGTGCGTGAGAACCTCTTCATCGGCAACATCAATGCAGCTGCAGATGTACTTTTAAATGGCAGCGAAGAAATCACCCACATCTTATCAGTTCTGAGCTCGCCTTCCATAACCTTTTTCTCAGAATGGAAATCGACCTTTTCAGTTCCTACCAAAGAGATTCGCACGGTGTACACCGGGGATTCAGATTCAGATGAAATTTTGGATGGCGATGTGTCAGATAAATCCGCATTAACCTCCCAGAAGATTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

385 aa · TkA01G625920|TK1151|PROTEIN

MLYLVRENLFIGNINAAADVLLNGSEEITHILSVLSSPSITFFSEWKSTFSVPTKEIRTVYTGDSDSDEILDGDVSDKSALTSQKIHYVLENAGKDLKLVRMAVPLRDMESENLLDSLDVCLDFIDESRKKGGVLVHCFAGVSRSAAIITAYLMRTERLSLEDALESLRQSNESICPNDGFLEQLTMFEEMGFKVDHSTTLYKRFHLKVLGDSYNRGERMDTSKFAADPGMPKKETGMASQKEEKTPIPTSAFRCKKCRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G625920`
TK1151 ID	TkA01G625920
OH-1004 ID	LXL04_027336
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	53.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 28.831 / OH-1004 86.290 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G625920

位置 Chr01:158015643-158017975 (+)

描述 Similar to At4g18593: Probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g18593

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g18593`	可能不活跃的双特异性蛋白磷酸酶样 At4g18593。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027336 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0023052 signaling 生物过程

GO:0036211 protein modification process 生物过程

GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:1903301 positive regulation of hexokinase activity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18593

hsa:11266

mmu:80915

rno:64014

spo:2540146

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.547

排名 1 · TkA01G625920 · TK1151

细胞核0.365

排名 2 · TkA01G625920 · TK1151

线粒体0.096

排名 3 · TkA01G625920 · TK1151

细胞膜0.091

排名 4 · TkA01G625920 · TK1151

高尔基体0.078

排名 5 · TkA01G625920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00782DSPc81-190 aa

PF22741PTP-NADK91-170 aa

PF22785Tc-R-P98-156 aa

PF22784PTP-SAK104-155 aa

PF04179Init_tRNA_PT109-156 aa

PF00102Y_phosphatase126-154 aa

PF03226Yippee-Mis18252-333 aa

PF00130C1_1252-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G625920	`PF00782`	DSPc	81	190	1.9e-26	93.2
TkA01G625920	`PF22741`	PTP-NADK	91	170	5e-05	23.5
TkA01G625920	`PF22785`	Tc-R-P	98	156	1.9e-07	32.3
TkA01G625920	`PF22784`	PTP-SAK	104	155	0.059	14.1
TkA01G625920	`PF04179`	Init_tRNA_PT	109	156	0.12	13.3
TkA01G625920	`PF00102`	Y_phosphatase	126	154	0.0057	17.0
TkA01G625920	`PF03226`	Yippee-Mis18	252	333	0.094	13.6
TkA01G625920	`PF00130`	C1_1	252	262	0.72	10.4
TkA01G625920	`PF23546`	Zn_ribbon_TOP3B	254	260	0.18	12.2
TkA01G625920	`PF23546`	Zn_ribbon_TOP3B	308	328	0.18	12.2
TkA01G625920	`PF00130`	C1_1	319	343	0.72	10.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q570P7`	拟南芥	sp\|Q570P7\|DUSL1_ARATH Probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g18593	55.000%	Swiss-Prot	低置信

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