TkA01G618480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G618480

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 156075808-156080368 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1813 bp · TkA01G618480|TK1151|cDNA

CCATAATCGCCTCTGCTATTCAGAATAAAACCACGCATACCATGCGTCTGAAACCTTAGGTATCACCACCACCACCTTCGATCATCAATGGCGGGTTTTTATCATCATCAGACCAGCCCATCTTCATCCTCATTATCGCAATCTTCTCAGGCTTTCACTTCCAGAATCTTACTCTTACTCACACTCCTCCCGCTCTCTCTAGCAGCATTCGCATTCGTCCTCCAATGGCGTGGCGAAATCAGTGACCCGACAATACGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA01G618480|TK1151|CDS

ATGTTCAAAAAAAACTTTGATCACCTTATGAAGGAAACATACTTTGGAAACTACAAAGAATCAACTCGCGGCAATCCAAATTACTTTTTAACATACGGAAATGGAAAATCGGCTGCTCGTATCCAACCACATTTACGCCCTAACGGTGCACATAGATGGCACAATTACATGAAAACTCCAGTGGAGGTGAAATTCGATGAGGCTGCTGTTTTACATTACACATACACCAAGTTTTCCGATTTGACATCAAGGCGTGATCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA01G618480|TK1151|PROTEIN

MFKKNFDHLMKETYFGNYKESTRGNPNYFLTYGNGKSAARIQPHLRPNGAHRWHNYMKTPVEVKFDEAAVLHYTYTKFSDLTSRRDRCGCKPTKEEVKRCFMLEFDRAAFIIASTATEEEMLNWYREHVVWTDKELQKKLMKKGILIRIYAPMVIMQGLKEAGVYASLIASVQANLSHDTLLSTNEIINNSSKGVEVFILEKLAMKSVEWVRGKF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G618480`
TK1151 ID	TkA01G618480
OH-1004 ID	LXL04_000337
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.698 / OH-1004 38.418 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G618480

位置 Chr01:156075808-156080368 (+)

描述 Similar to ELD1: Glycosyltransferase-like KOBITO 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08550`	通过促进细胞伸长和纤维素合成相关基因的表达，参与细胞伸长和纤维素合成之间的协调。	The role of the Arabidopsis ELD1 gene in cell development and photomorphogenesis in darkness.2000 · DOI: 10.1104/pp.123.2.509 KOBITO1 encodes a novel plasma membrane protein necessary for normal synthesis of cellulose during cell expansion in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.002873 The Arabidopsis thaliana ABSCISIC ACID-INSENSITIVE8 encodes a novel protein mediating abscisic acid and sugar responses essential for growth.2004 · DOI: 10.1105/tpc.018077 The elongation defective1 mutant of Arabidopsis is impaired in the gene encoding a serine-rich secreted protein.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000019067.05185.d6 Regulation of plasmodesmatal permeability and stomatal patterning by the glycosyltransferase-like protein KOBITO1.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.194563 Glycosyltransferase-like protein ABI8/ELD1/KOB1 promotes Arabidopsis hypocotyl elongation through regulating cellulose biosynthesis.2015 · DOI: 10.1111/pce.12395
`At3g57200`	通过促进细胞伸长和纤维素合成相关基因的表达，参与细胞伸长与纤维素合成之间的协调。	暂无已核实直接文献
`At2g41451`	通过促进细胞伸长和纤维素合成相关基因的表达，参与细胞伸长与纤维素合成之间的协调。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000337 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009663 plasmodesma organization 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009831 plant-type cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41451

ath:AT3G08550

ath:AT3G57200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.406

排名 1 · TkA01G618480 · TK1151

细胞核0.288

排名 2 · TkA01G618480 · TK1151

线粒体0.210

排名 3 · TkA01G618480 · TK1151

细胞膜0.075

排名 4 · TkA01G618480 · TK1151

内质网0.061

排名 5 · TkA01G618480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08674AChE_tetra50-58 aa

PF08674AChE_tetra76-88 aa

PF08674AChE_tetra120-126 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G618480	`PF08674`	AChE_tetra	50	58	0.9	10.1
TkA01G618480	`PF08674`	AChE_tetra	76	88	0.9	10.1
TkA01G618480	`PF08674`	AChE_tetra	120	126	0.9	10.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9Z9`	拟南芥	sp\|Q9C9Z9\|ELD1_ARATH Glycosyltransferase-like KOBITO 1	73.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q5XV99`	拟南芥	sp\|Q5XV99\|GLYT7_ARATH Glycosyltransferase-like At3g57200	72.300%	Swiss-Prot	高置信
`B3H5R0`	拟南芥	sp\|B3H5R0\|GLYT8_ARATH Glycosyltransferase-like At2g41451	75.100%	Swiss-Prot	高置信

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