TkA01G604870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G604870

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 152419253-152429368 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1606 bp · TkA01G604870|TK1151|cDNA

TATTAGTTGAGAACTTGAGATAGGTCAGCGACAGAAGTTTGGCTCCCTACATCGCTGGCACACCGTGTTCTTACCATGGTCAGCCCCTTCTTTTCCTTTAGAAATCGACAGCTGTCTACAGGTTGATCATTGTGCGCGTCAACAGTCATTCGTTCGCTCATCTCTTTCCCCATCTTTGCTAGATTGCGCCGGGAGGAGACTAGTGCACCATTAAGAAAATAGAGGCACCCAAACAGAGAAGAAGGAGGAAGTGGCGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

657 bp · TkA01G604870|TK1151|CDS

ATGATTTCCTTTTGTGCTTGGTATAAGTGTGTATATATATTTATATATACGCTATTTTTAGGGCTTTTTCTTGGACTCTCTTCCAACTCTTCAATGGCCGCTCCACCGGCAAGGGCACGAGCAGATTATGATTACCACATTAAGCTCCTTCTGATCGGCGATAGCGGAGAACTAGTTGAATTTCTCGAAATTGCCATCACATCAATTATTTTCCACAAAGGAATCTACCCTCCTGGTGCGTTTGAAAGGCGGCGATTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

218 aa · TkA01G604870|TK1151|PROTEIN

MISFCAWYKCVYIFIYTLFLGLFLGLSSNSSMAAPPARARADYDYHIKLLLIGDSGELVEFLEIAITSIIFHKGIYPPGAFERRRFMNLLVHRARHPQLNRYIHDSVNALAPYIQQGLVERIAIIFFKDDRIPVERFIFKMNVNVNQRCEDGGENMMMDVRSFLMKLSLSEPLSDVVSQGLMELTQIYRPILTENRVIDPFSLRPQETAISLTGMILH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G604870`
TK1151 ID	TkA01G604870
OH-1004 ID	LXL04_000527
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 67.890 / OH-1004 78.307 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G604870

位置 Chr01:152419253-152429368 (+)

描述 Similar to REV7: DNA polymerase zeta processivity subunit

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16590`	易出错 DNA 聚合酶 ζ 的调节亚基。	Roles of Arabidopsis AtREV1 and AtREV7 in translesion synthesis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.060236
`At3g53610`	参与从高尔基体到质膜的膜转运。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000527 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009794 regulation of mitotic cell cycle, embryonic 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0033138 positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0042772 DNA damage response, signal transduction resulting in transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16590

bta:506605

dre:550258

xla:394380

xtr:448122

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.479

排名 1 · TkA01G604870 · TK1151

细胞质0.438

排名 2 · TkA01G604870 · TK1151

线粒体0.085

排名 3 · TkA01G604870 · TK1151

内质网0.076

排名 4 · TkA01G604870 · TK1151

细胞膜0.063

排名 5 · TkA01G604870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02301HORMA60-169 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G604870	`PF02301`	HORMA	60	169	1.3e-07	32.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94FL5`	拟南芥	sp\|Q94FL5\|REV7_ARATH DNA polymerase zeta processivity subunit	50.900%	Swiss-Prot	中等置信
`O24466`	拟南芥	sp\|O24466\|RAE1A_ARATH Ras-related protein RABE1a	96.000%	Swiss-Prot	低置信

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