RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G602230
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 151718159-151721794 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1626 bp · TkA01G602230|TK1151|cDNA

CTGTATTTCATTTCAAAAGAAGAACCCTTTTGAGGCAATTGATGCCCTCTCGAATATCATCCGTGTAAAACCTCCGACAACATAATCCGGCGAGTTTTGCTTTCTTATTGATTCACCGGATCTGAAAATTTGAATTGAAACCTACGTGTCAACGAGCTGTTGTAGGTCATTATCCAACTTTTTGGTGAGGAAAATGTCAAGGACAACGGCGGCGTCTTATTGGTGCTACAGATGCTCGCGGTTCGTCAGAGTATCGGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · TkA01G602230|TK1151|CDS

ATGTCAAGGACAACGGCGGCGTCTTATTGGTGCTACAGATGCTCGCGGTTCGTCAGAGTATCGGCGGAAGACACCGTTTTGTGTCCATACTGTGAGGGTGGATTCTTGGAGGCTGTTGAAGCCAGCGAGCCTCCACCACTGGGGACACGCCGGAGGTTTCCTGCCTCGGCGATGTACATGCTTGGAAACAACGACCGATCAGATCTACGGTCACGGCGTGGTGGTCGGCGTAACAACGGAGACAGGTCTCCGTTCAATCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

382 aa · TkA01G602230|TK1151|PROTEIN

MSRTTAASYWCYRCSRFVRVSAEDTVLCPYCEGGFLEAVEASEPPPLGTRRRFPASAMYMLGNNDRSDLRSRRGGRRNNGDRSPFNPVIVLRGPAEGNGAVEESGGGERGFELYYDDGAGSGLQPLPPTMSEFLMGSGFARLLDQLSQIEMNGLGRPGHPPASKAAIESMPMVEISEVHVSTESHCAVCKEAFVLRAEAREMPCKHIYHSDCILPWLALRNSCPVCRHELPTDSTDSNSSNPERSESNEEESAAVGLTIW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G602230
TK1151 IDTkA01G602230
OH-1004 IDLXL04_000574
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.953 / OH-1004 92.421
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G602230
位置Chr01:151718159-151721794 (-)
描述Similar to RDUF1: E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g59550 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
At3g46620 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
The E3 ligase AtRDUF1 positively regulates salt stress responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071078
At2g39720 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At3g56580 E3 泛素蛋白连接酶，可促进渗透应激和脱落酸 反应。
The atrzf1 mutation of the novel RING-type E3 ubiquitin ligase increases proline contents and enhances drought tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2012.12.007
PCA22 acts as a suppressor of atrzf1 to mediate proline accumulation in response to abiotic stress in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx069
At2g40830 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:1902006 negative regulation of L-proline biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G39720
ath:AT2G40830
ath:AT3G46620
ath:AT3G56580
ath:AT5G59550
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561
排名 1 · TkA01G602230 · TK1151
细胞核0.395
排名 2 · TkA01G602230 · TK1151
细胞膜0.135
排名 3 · TkA01G602230 · TK1151
内质网0.083
排名 4 · TkA01G602230 · TK1151
溶酶体／液泡0.071
排名 5 · TkA01G602230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03604Zn_ribbon_RPAB47-31 aa
PF29452FAR1_N7-32 aa
PF23412zf_RING_Vps87-14 aa
PF14369Zn_ribbon_198-37 aa
PF06827zf-FPG_IleRS8-15 aa
PF13920zf-C3HC4_310-32 aa
PF13639zf-RING_211-31 aa
PF13923zf-C3HC4_211-31 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G602230PF03604Zn_ribbon_RPAB47310.5910.2
TkA01G602230PF29452FAR1_N7321.29.9
TkA01G602230PF23412zf_RING_Vps87141.79.3
TkA01G602230PF14369Zn_ribbon_198377.9e-1349.0
TkA01G602230PF06827zf-FPG_IleRS8158.27.1
TkA01G602230PF13920zf-C3HC4_310320.0007120.0
TkA01G602230PF13639zf-RING_211313.2e-1144.0
TkA01G602230PF13923zf-C3HC4_211312.3e-0731.2
TkA01G602230PF00097zf-C3HC411318.1e-0626.3
TkA01G602230PF17122zf-C3H2C311321.39.9
TkA01G602230PF06906DUF127212363.28.6
TkA01G602230PF06827zf-FPG_IleRS13318.27.1
TkA01G602230PF14835zf-RING_6132710.06.8
TkA01G602230PF10571UPF054714311.110.2
TkA01G602230PF23146Zf_IFT144_1st23320.008516.7
TkA01G602230PF14634zf-RING_524320.01316.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q940T5拟南芥sp|Q940T5|RDUF2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF251.200%Swiss-Prot高置信
Q9SNB6拟南芥sp|Q9SNB6|RDUF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF149.900%Swiss-Prot中等置信
O22283拟南芥sp|O22283|RHC2A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A51.000%Swiss-Prot高置信
Q94AK4拟南芥sp|Q94AK4|RZF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZF134.200%Swiss-Prot中等置信
O22197拟南芥sp|O22197|RHC1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A34.700%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看