TkA01G598810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G598810

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 150820570-150822796 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1864 bp · TkA01G598810|TK1151|cDNA

GGTAGGTAAAGTTTGGCAGAGGTTTGTTTCCGGAATCATTCATAAATTTAAGCTGCGTTCTCGATTACATTTCTAAAAAATGGGAGTAAAGGTGGGGACTGGGTGTTTTAAATGGTCACAGCCTTCAATTTCACACTCTTCGTGGTCTTCCTCCGCAATTTCTTCACCTTCAAGATTACCACGTAGTTTAACAGACTCAACATTGGTTTGCCGGTCGTTGGTATTTGGGAAGAAGCTCAACAGATCTCAGTCGTGTGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

849 bp · TkA01G598810|TK1151|CDS

ATGAATGCATCTTTCGTTTGGTTGTTCCAACAAGTTTTTTCACACACACCCACTCTAATGGTGCACGTGATGATCCTTTTAGCAAACTACAGTGTTTATTCCATGTCAAATAACATCGCAATTGCATCGCTGCCGTCTCCGGCCACCGTGGAATCTATTTCCACCATCGAAAATCAGAGCAATACAAAGTTCGATTCCACGACAGTCGATACATTTTCTGTTAATACAGCTGGGAAAACGTTCACCACCTCTATTGGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

282 aa · TkA01G598810|TK1151|PROTEIN

MNASFVWLFQQVFSHTPTLMVHVMILLANYSVYSMSNNIAIASLPSPATVESISTIENQSNTKFDSTTVDTFSVNTAGKTFTTSIGGLNGGGGGKSRPVGCSTDGDGKFGESTEHQSIITNESSSSTSNPTRTGEESVSGQKTELTPVTVKIGGEVGTEEYMKTDSFYQIGLSKESDNPLLLANYAQFLYLFAHDHKRAEGYFKRASEIEPKDAESLCKYASFLWHAKKELWDAEENFLEAISVDPDNSFYWAAYAQFLW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G598810`
TK1151 ID	TkA01G598810
OH-1004 ID	LXL04_000622
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.426 / OH-1004 53.236 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G598810`
位置	Chr01:150820570-150822796 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000622` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.335

排名 1 · TkA01G598810 · TK1151

细胞质0.242

排名 2 · TkA01G598810 · TK1151

细胞膜0.179

排名 3 · TkA01G598810 · TK1151

内质网0.168

排名 4 · TkA01G598810 · TK1151

质体0.111

排名 5 · TkA01G598810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF31100RADX_2nd18-69 aa

PF29386CFAP70_mid_TPR162-265 aa

PF25474TPR_TmcB164-214 aa

PF13431TPR_17168-199 aa

PF14559TPR_19172-215 aa

PF25062ARM_TT21_N176-243 aa

PF13428TPR_14183-222 aa

PF00515TPR_1190-213 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G598810	`PF31100`	RADX_2nd	18	69	0.24	11.7
TkA01G598810	`PF29386`	CFAP70_mid_TPR	162	265	0.00053	21.0
TkA01G598810	`PF25474`	TPR_TmcB	164	214	3.8e-05	24.3
TkA01G598810	`PF13431`	TPR_17	168	199	4.8e-08	33.4
TkA01G598810	`PF14559`	TPR_19	172	215	0.0048	17.9
TkA01G598810	`PF25062`	ARM_TT21_N	176	243	0.2	12.1
TkA01G598810	`PF13428`	TPR_14	183	222	0.00015	22.8
TkA01G598810	`PF00515`	TPR_1	190	213	0.00051	20.5
TkA01G598810	`PF07719`	TPR_2	190	213	0.035	14.9
TkA01G598810	`PF13432`	TPR_16	190	228	0.2	12.9
TkA01G598810	`PF14559`	TPR_19	193	257	0.0048	17.9
TkA01G598810	`PF13181`	TPR_8	193	213	0.19	12.7
TkA01G598810	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	194	256	0.017	15.6
TkA01G598810	`PF13431`	TPR_17	202	235	4.8e-08	33.4
TkA01G598810	`PF13414`	TPR_11	204	219	0.18	12.2
TkA01G598810	`PF25474`	TPR_TmcB	208	245	3.8e-05	24.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

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没有找到该查询的结果。

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