TkA01G592990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G592990

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 149266594-149270859 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1259 bp · TkA01G592990|TK1151|cDNA

TTGTTACTTAGTTGACAAAATGTCCAACTCCACGAACCTCTACAATCTACATGTCTCTTTGAATGTCTTTATGTGTGTTTTGTAGAGAGAGAAACATACAGGAATATATATAGAGAGAGAAACAAAGGCAAAGCAGAGCAGCAAAGGGGTCAAAATGTAAAGAGAATGCATGTGTTATAGTTTCTGGGATTGGGAATTGTTTAAAGACAGTGGCCATAATCTGTAGACAGAATCTCACCCCCAAATATGGTAACACAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

396 bp · TkA01G592990|TK1151|CDS

ATGTCTACTCCTACAAAACCTCAATCGAGACTGATGTTTATGTTCGTGTTCTTGTTCTTGGTCTTCATGTCCATTTGTACTCTAAAAAACAACCCTTCTTTAGTTAATAGATGTGGACCGAGTTCCAAAATGCAAGATTCTGATCTGTATTTCCAGGAAATCGGCAAAGTCAAAAGTGAAGACGATACTACGTCGTTCCAGACCACTACCACCGCTTATACCAGAAGAAAACTAGGCGGCCCTGGATCATCGCCGCCACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

131 aa · TkA01G592990|TK1151|PROTEIN

MSTPTKPQSRLMFMFVFLFLVFMSICTLKNNPSLVNRCGPSSKMQDSDLYFQEIGKVKSEDDTTSFQTTTTAYTRRKLGGPGSSPPRCAWKCGRCTPCRPVHVPVPPGTPVTAEYYPEAWRCKCKNKLYMP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G592990`
TK1151 ID	TkA01G592990
OH-1004 ID	LXL04_000703
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.864 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G592990

位置 Chr01:149266594-149270859 (+)

描述 Similar to EPFL6: EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30370`	主要作为花序生长的正调节剂。	Regional specification of stomatal production by the putative ligand CHALLAH.2010 · DOI: 10.1242/dev.040931 Generation of signaling specificity in Arabidopsis by spatially restricted buffering of ligand-receptor interactions.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086637 Regulation of inflorescence architecture by intertissue layer ligand-receptor communication between endodermis and phloem.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1117537109 Regulation of plant vascular stem cells by endodermis-derived EPFL-family peptide hormones and phloem-expressed ERECTA-family receptor kinases.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert196
`At4g14723`	主要作为花序生长的正调节剂。	Generation of signaling specificity in Arabidopsis by spatially restricted buffering of ligand-receptor interactions.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086637 Regulation of inflorescence architecture by intertissue layer ligand-receptor communication between endodermis and phloem.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1117537109 Regulation of plant vascular stem cells by endodermis-derived EPFL-family peptide hormones and phloem-expressed ERECTA-family receptor kinases.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert196
`At3g22820`	控制气孔图案。	Generation of signaling specificity in Arabidopsis by spatially restricted buffering of ligand-receptor interactions.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086637 EPIDERMAL PATTERNING FACTOR LIKE5 peptide represses stomatal development by inhibiting meristemoid maintenance in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1271/bbb.130145

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000703 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0010052 guard cell differentiation 生物过程

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080086 stamen filament development 生物过程

GO:2000122 negative regulation of stomatal complex development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30370

ath:AT3G22820

ath:AT4G14723

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.739

排名 1 · TkA01G592990 · TK1151

细胞膜0.108

排名 2 · TkA01G592990 · TK1151

内质网0.090

排名 3 · TkA01G592990 · TK1151

细胞质0.056

排名 4 · TkA01G592990 · TK1151

高尔基体0.041

排名 5 · TkA01G592990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17181EPF36-39 aa

PF17181EPF81-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G592990	`PF17181`	EPF	36	39	3.8e-19	69.1
TkA01G592990	`PF17181`	EPF	81	131	3.8e-19	69.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PEY6`	拟南芥	sp\|Q1PEY6\|EPFL6_ARATH EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6	48.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2V3I3`	拟南芥	sp\|Q2V3I3\|EPFL4_ARATH EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 4	67.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LUH9`	拟南芥	sp\|Q9LUH9\|EPFL5_ARATH EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 5	64.900%	Swiss-Prot	低置信

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