TkA01G590390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G590390

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 148563830-148568976 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2877 bp · TkA01G590390|TK1151|cDNA

CGAAAACCCTACTCCATCTAGCAACCTCAAGTTCTCAGGTATATAGGAGGTTTCTGGTGTTCAAATTATTTGTCTCGATTCAGTTCACACTCATCCCATTTCGATTGGAAAGAAACGACAATGGAATATACTCTAAAGGAATATTTCGGGTTTTCAACCTTTCGACCGTATCAGAAGGAGATAATCGAGAAGATTTTAGAGGGAAGAGATAGCTTGGTCGTTATGGCTACCGGCAGCGGCAAGTCCCTATGTTATCAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2559 bp · TkA01G590390|TK1151|CDS

ATGGAATATACTCTAAAGGAATATTTCGGGTTTTCAACCTTTCGACCGTATCAGAAGGAGATAATCGAGAAGATTTTAGAGGGAAGAGATAGCTTGGTCGTTATGGCTACCGGCAGCGGCAAGTCCCTATGTTATCAAGTTCCTCCATTAATTGCAAACAAGACTGCTGTCGTTATAAGCCCTCTTATCTCTTTGATGCAAGATCAGGTGATGGCTCTTAAAGAAAGGGGCATTAAAGCTGAACATCTATCCACTGCCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

852 aa · TkA01G590390|TK1151|PROTEIN

MEYTLKEYFGFSTFRPYQKEIIEKILEGRDSLVVMATGSGKSLCYQVPPLIANKTAVVISPLISLMQDQVMALKERGIKAEHLSTAQTNTSAQKNAESGQYDLLYMTPEKACNIPNSFWSRLLNTGICLVAVDEAHCISEWGHDFRVEYKQLYKLRDVLVDVPFVALTATATEKVRNDIIGSLMMKNPHIAIGSFDRKNLYYGVKSINRGVSFIDELVAQISKYLETAGSTIVYCTTIKDVQEVARSLCDGGINAAMYHG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G590390`
TK1151 ID	TkA01G590390
OH-1004 ID	LXL04_001352
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 71.009 / OH-1004 58.528 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G590390`
位置	Chr01:148563830-148568976 (-)
描述	Similar to RECQL4A: ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001352` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程 GO:0000706 meiotic DNA double-strand break processing 生物过程 GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程 GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0000725 recombinational repair 生物过程 GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程 GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程 GO:0000732 DNA strand displacement 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006265 DNA topological change 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G10930 ath:AT1G60930 dme:Dmel_CG6920 sce:YMR190C spo:2541620 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.714

排名 1 · TkA01G590390 · TK1151

细胞质0.331

排名 2 · TkA01G590390 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA01G590390 · TK1151

细胞膜0.029

排名 4 · TkA01G590390 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA01G590390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII13-170 aa

PF00270DEAD15-176 aa

PF00271Helicase_C55-88 aa

PF00271Helicase_C221-323 aa

PF00270DEAD229-285 aa

PF22590Cas3-like_C_2229-322 aa

PF16124RecQ_Zn_bind335-397 aa

PF09382RQC401-497 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G590390	`PF04851`	ResIII	13	170	4.3e-09	37.2
TkA01G590390	`PF00270`	DEAD	15	176	5.1e-28	98.6
TkA01G590390	`PF00271`	Helicase_C	55	88	8.1e-23	81.5
TkA01G590390	`PF00271`	Helicase_C	221	323	8.1e-23	81.5
TkA01G590390	`PF00270`	DEAD	229	285	5.1e-28	98.6
TkA01G590390	`PF22590`	Cas3-like_C_2	229	322	0.00054	20.9
TkA01G590390	`PF16124`	RecQ_Zn_bind	335	397	8.7e-16	59.1
TkA01G590390	`PF09382`	RQC	401	497	5.1e-22	78.6
TkA01G590390	`PF00270`	DEAD	463	490	5.1e-28	98.6
TkA01G590390	`PF00570`	HRDC	540	605	6.8e-14	52.3
TkA01G590390	`PF14493`	HTH_40	649	743	1.1e-16	61.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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