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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G588180
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 147951960-147954007 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1943 bp · TkA01G588180|TK1151|cDNA

TTCACACACACACACATAATGAACTAGAAATGACACTATATAATAATATTTTTATCTCACCACATAGCATCATCATTCTCTTTTTCTCTAAAACCCACACATCCATATGCTTTGCTTCTTTCACTGTCTGAATCTTGAAAAAAGATAGTAATGGAAATCTAGCAGAAAAAGAACACAATCACACTGTGTGTTCGTCTTTTCTTGGCAACGGTCATCGTCTTCTTCACGCAATCTTCTTTTTTTTCAACAAAACCCCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · TkA01G588180|TK1151|CDS

ATGGCGAAAAGCGGGGTGTTTGAAAGGGATCCCACCGCCGCAACGAAGGTGGCCACCGACAACTTGAAGAAGGAATTACAGCGACTTGTTAATTCGATTGTGGAGGGATCTTCACCAGATGAAGAAAACGGATTTGGATTTACGGATTGTATTGATAGAGCTACTCAAACTTTACAGAGTTTGAAGGATTTGAAACATCGATCATTAGATAATACGAGTTTTGATTCGTGCCCTAAAGAATTCAACTGCCCCCTTTCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

461 aa · TkA01G588180|TK1151|PROTEIN

MAKSGVFERDPTAATKVATDNLKKELQRLVNSIVEGSSPDEENGFGFTDCIDRATQTLQSLKDLKHRSLDNTSFDSCPKEFNCPLSKEIMRDPVIISSGETYDRASIQKWLKAGNRSCPKTKQVLSHTILTPNQLVRDMITQWCKNRGVRLPGPLHYSDQNPATEPNHSVFLSLLNKLSSTLSDQKEAASSLRSLTKRVPSFRAYFGESNDAIPQLLAPLSGIKTETETHRDLQEDLITTLLNLSIHDNNKKLVAETPIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G588180
TK1151 IDTkA01G588180
OH-1004 IDLXL04_000789
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)92.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G588180
位置Chr01:147951960-147954007 (+)
描述Similar to PUB9: U-box domain-containing protein 9
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g07360 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
Interactions between the S-domain receptor kinases and AtPUB-ARM E3 ubiquitin ligases suggest a conserved signaling pathway in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123380
At5g18320 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g18340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g18330 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g01830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000789 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G07360
ath:AT3G46510
ath:AT5G18320
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560
排名 1 · TkA01G588180 · TK1151
细胞核0.449
排名 2 · TkA01G588180 · TK1151
细胞膜0.108
排名 3 · TkA01G588180 · TK1151
内质网0.046
排名 4 · TkA01G588180 · TK1151
线粒体0.039
排名 5 · TkA01G588180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20669Exo70_N17-31 aa
PF08429PLU-124-67 aa
PF20669Exo70_N38-71 aa
PF04564U-box78-146 aa
PF11789zf-Nse80-120 aa
PF13445zf-RING_UBOX83-119 aa
PF08429PLU-1103-236 aa
PF13646HEAT_2115-139 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G588180PF20669Exo70_N17310.08913.8
TkA01G588180PF08429PLU-124670.03414.0
TkA01G588180PF20669Exo70_N38710.08913.8
TkA01G588180PF04564U-box781468.4e-2174.6
TkA01G588180PF11789zf-Nse801200.0005620.4
TkA01G588180PF13445zf-RING_UBOX831190.09913.4
TkA01G588180PF08429PLU-11032360.03414.0
TkA01G588180PF13646HEAT_21151390.06114.3
TkA01G588180PF20669Exo70_N1691890.08913.8
TkA01G588180PF25808TPR_LAA1_C1722920.001918.9
TkA01G588180PF04826Arm_21721890.005716.9
TkA01G588180PF25598ARM_PUB1743471.1e-1558.6
TkA01G588180PF00514Arm1741966.9e-1039.3
TkA01G588180PF24768ARM_ARMC52263172.3e-0524.6
TkA01G588180PF13513HEAT_EZ2282504.38.7
TkA01G588180PF00514Arm2312456.9e-1039.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRT0拟南芥sp|Q9SRT0|PUB9_ARATH U-box domain-containing protein 955.300%Swiss-Prot高置信
Q3E9F7拟南芥sp|Q3E9F7|PUB46_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4636.800%Swiss-Prot中等置信
Q3E9F5拟南芥sp|Q3E9F5|PUB48_ARATH U-box domain-containing protein 4833.600%Swiss-Prot中等置信
Q3E9F6拟南芥sp|Q3E9F6|PUB47_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4731.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LZW3拟南芥sp|Q9LZW3|PUB16_ARATH U-box domain-containing protein 1630.200%Swiss-Prot中等置信

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