TkA01G579780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G579780

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 145884453-145889256 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1790 bp · TkA01G579780|TK1151|cDNA

TCTCATTTCAGTCTTCCCTCCACCGAAACTGCAATGAACATTCCAACTTCCAAGTTGATTTCACACCCAACCTGCCCCACGCACAGCCCCACAACCACCCGTAACAGGCCTTAAACCCAAATTCCCCCATTAATTTCATTATATATACATACATCGCCGCGTGTGCGATCTGTTACAACGCAGTGCAGAAATCGATTTAAAAAAAATTAGCATCAGCGAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · TkA01G579780|TK1151|CDS

ATGGATAAAGCCATTAACAGACAGAGGATTTTGCTTCAGCACCTTCAACCTACTTCTTCTTCTAATCATTGCCATGAATCTACCATCTCTGCTTCAACTTGTTTAGCTGGCAATACCACAACTGCCTCTAGAGATGATGTTGTTATTGTTGCTGCATACCGTACAGCTCAATGCAAATCCAAACGTGGCGGTTTTAAAGACACTCTTCCTGATGATTTACTCGCAACTGTTCTAAAGGCAGTAATAGAGAAGACAAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

435 aa · TkA01G579780|TK1151|PROTEIN

MDKAINRQRILLQHLQPTSSSNHCHESTISASTCLAGNTTTASRDDVVIVAAYRTAQCKSKRGGFKDTLPDDLLATVLKAVIEKTNVSPSEIGDIIVGTVLAPGSQRAIECRMAALYAGFPDTVPLRTVNRQCSSGLQAVADVAAYIKAGFYDIGIGAGVESMSTDQIGPLSTVNPKADEFAQARDCLLPMGITSENVAQRFGVTRQEQDQAAVESHRRAAIATSSGKFKDEIVPVHTKIVDPKSGEVKAVTITVDDGIR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G579780`
TK1151 ID	TkA01G579780
OH-1004 ID	LXL04_000865
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G579780

位置 Chr01:145884453-145889256 (+)

描述 Similar to PED1: 3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33150`	在发芽和随后的幼苗生长过程中的糖异生之前参与长链脂肪酸β-氧化。	Evidence supporting a role of jasmonic acid in Arabidopsis leaf senescence.2002 · DOI: 10.1104/pp.010843 Gene-specific involvement of beta-oxidation in wound-activated responses in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039925 Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA thiolase-2 (KAT2), an enzyme of fatty acid β-oxidation, is involved in ABA signal transduction.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr008 2,4-Dichlorophenoxybutyric acid-resistant mutants of Arabidopsis have defects in glyoxysomal fatty acid beta-oxidation.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.2.183
`At1g04710`	在发芽及后续幼苗生长期间，胚胎糖异生前参与脂肪酸β-氧化。	暂无已核实直接文献
`At5g48880`	可能参与萌发期间及随后幼苗生长前的新陈糖异生中的长链脂肪酸 β-氧化。	Requirement for 3-ketoacyl-CoA thiolase-2 in peroxisome development, fatty acid beta-oxidation and breakdown of triacylglycerol in lipid bodies of Arabidopsis seedlings.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01095.x Gene-specific involvement of beta-oxidation in wound-activated responses in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039925

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000865 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0008206 bile acid metabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010111 glyoxysome organization 生物过程

GO:0010124 phenylacetate catabolic process 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0031408 oxylipin biosynthetic process 生物过程

GO:0033540 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04710

ath:AT2G33150

ath:AT5G48880

hsa:30

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.575

排名 1 · TkA01G579780 · TK1151

线粒体0.283

排名 2 · TkA01G579780 · TK1151

细胞质0.132

排名 3 · TkA01G579780 · TK1151

细胞核0.050

排名 4 · TkA01G579780 · TK1151

质体0.039

排名 5 · TkA01G579780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00108Thiolase_N47-302 aa

PF08545ACP_syn_III129-164 aa

PF08545ACP_syn_III284-301 aa

PF02803Thiolase_C310-433 aa

PF22691Thiolase_C_1335-366 aa

PF08541ACP_syn_III_C342-427 aa

PF22691Thiolase_C_1377-427 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G579780	`PF00108`	Thiolase_N	47	302	3.7e-76	256.7
TkA01G579780	`PF08545`	ACP_syn_III	129	164	0.11	13.1
TkA01G579780	`PF08545`	ACP_syn_III	284	301	0.11	13.1
TkA01G579780	`PF02803`	Thiolase_C	310	433	6.5e-49	165.4
TkA01G579780	`PF22691`	Thiolase_C_1	335	366	0.0082	16.6
TkA01G579780	`PF08541`	ACP_syn_III_C	342	427	0.052	14.4
TkA01G579780	`PF22691`	Thiolase_C_1	377	427	0.0082	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56WD9`	拟南芥	sp\|Q56WD9\|THIK2_ARATH 3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal	77.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LF48`	拟南芥	sp\|Q8LF48\|THIK1_ARATH 3-ketoacyl-CoA thiolase 1, peroxisomal	76.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q570C8`	拟南芥	sp\|Q570C8\|THIK5_ARATH 3-ketoacyl-CoA thiolase 5, peroxisomal	73.900%	Swiss-Prot	高置信

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